写在开头
小洁的课程真是常听常新！最近又在回顾小洁老师的数据挖掘课程，又学到了很多小知识！
之前基于24年5月份课程，学习整理的小知识已经剪辑好上传到B站和视频号
【R语言数据挖掘小知识点】 https://b23.tv/s5PLLVf
最新一期的课程也开始啦，需要系统学习的朋友可以了解一下——
生信入门&数据挖掘线上直播课3月班
这期想要分享的是：R语言中长脚本及实战项目管理方式，会使用单细胞数据分析项目作为实例
长脚本管理方式
1. 使用if条件语句
可以
使用if条件语句，将不需要重复运行的代码或者运行时间较长的代码包裹起来，运行一次即可
比如在单细胞多样品数据分析过程中，降维聚类分群步骤因为需要运行harmony以及多样品的降维等时间都较长，属于限速步骤，所以可以写在if语句里面，不需要重复运行
###### step3: harmony整合多个单细胞样品 ######
if(T){
dir.create("2-harmony")
getwd()
setwd("2-harmony")
source('../scRNA_scripts/harmony.R')
# 默认 ScaleData 没有添加"nCount_RNA", "nFeature_RNA"
# 默认的
sce.all.int = run_harmony(sce.all.filt)
setwd('../')
}
需要运行的时候更改if()中的参数，选择F就是跳过这段代码，选择T就是运行这段代码
或者一些下载数据的代码，需要保留下来，但是只需要下载一次就可以不用重新运行了，也可以放在if语句里面
2. 将运行步骤分成多个脚本，避免脚本过于冗长
在单细胞多样品分析实战中，我们会使用到一个scRNA_scripts文件夹，来管理用到脚本
通过不同的脚本，将分析流程中用到的代码分开进行管理：
-
qc.R
；质控用到的脚本——计算并可视化线粒体、核糖体等基因百分比，可视化之后设置合理的阈值进行过滤
-
harmony.R
：降维聚类分群系列代码脚本，会将降维聚类结果保存为rds文件存储起来
-
check-all-markers.R
；收集整理的系列marker基因，基于不同分辨率可视化之后可以辅助判断亚群
分成多个脚本之后，可以在运行时候直接
source('../scRNA_scripts/qc.R')
加载脚本中的函数，然后使用即可。这样可以大大缩短脚本的长度，也可有效避免运行时候由于代码太长看不仔细而出错！
小tips：将数据保存为Rdata或者Rds格式，方便读取使用以及衔接
实战项目管理方式
1. 使用Rproject管理工作目录
一般我们都会
在文件夹里创建一个Rproj文件，管理对应的工作目录。每次双击Rproj文件即可
2. 使用对应的文件夹管理输入或者输出文件
在单细胞实战分析中，
输入数据会放在单独的文件夹里面，方便批量读取
library(data.table)
dir='GSE171145_RAW/'
samples=list.files( dir ,pattern = '.counts.tsv.gz')
samples
test "GSE171145_RAW/GSM5219674_LJQ-T.cellname.list.txt.gz",data.table = F)
library(data.table)
sceList = lapply(samples,function(pro){
# pro=samples[1]
print(pro)
ct=fread(file.path( dir ,pro),data.table = F)
ct[1:4,1:4]
rownames(ct)=ct[,1]
ct=ct[,-1]
sce=CreateSeuratObject(counts = ct ,
min.cells = 5,
min.features = 300 )
return(sce)
})
其余在进行质控或者降维聚类分群时候，因为会有些结果文件需要保存，所以在每一步会创建一个文件夹用来存储结果文件
###### step2: QC质控 ######
dir.create("./1-QC")
setwd("./1-QC")
# 如果过滤的太狠，就需要去修改这个过滤代码
source('../scRNA_scripts/qc.R')
sce.all.filt = basic_qc(sce.all)
print(dim(sce.all))
print(dim(sce.all.filt))
setwd('../')
getwd()
3. 代码整理为R脚本或者Rmd格式文件
结合将长脚本分开为多个脚本的方式，可以在step1里面调用整理好的脚本进行分析
写在结尾
要养成整理代码和工作目录的好习惯，最好命名的时候按照一定的规律命名，方便后续查找使用
给个行走的反面教材小谢的反例：单细胞常见图表可视化系列推文对应的代码，全部在一个文件夹hhh，后续还要再花时间整理！
