【6月16-18日】生信多组学数据整合挖掘与分析培训班

【6月16-18日】生信多组学数据整合挖掘与分析培训班

背景介绍

2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿，与甲基化相关的有213项，金额8748万，与突变相关的有190项，金额7410万；

如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。

目前，多组学整合分析是一个非常热门且创新的方向。通过多组学整合分析我们可以更加快速、准确的找到与研究方向关联的biomarks。它的核心原理是期望通过高通量数据，找到所有基因在不同组学水平中的变化并进行分析，获得关键基因在各个组学都有显著作用。

多组学整合分析的原始数据来源有两种：（1）自己采集样本做高通量测序/芯片/质谱等；（2）使用公共数据库中的组学数据（比如TCGA、GEO、EBI、SRA、CGGA、PRIDE等）。

会议内容

1. 多组学分析常用数据库；

2. 多组学分析常用软件和工具；

3. 教授对应的图片制作方法（包含但不限于聚类热图、火山图、富集分析图、Venn图、pathwaymap）

主讲老师

宋伟博士

成果 ：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向 ：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历 ：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。

适合对象

各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校硕/博士研究生等（尤其适合初学者和无基础的学员，无需任何基础，也无需学习任何编程语言）。

学习安排

第一天晚上 19:00~22:00

第1节：组学简介及生信概述

（1）近年国自然中组学相关项目解读

（2）组学原始数据的来源及质量判断

（3）高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。

（4）文献案例解读

第2节：软件安装（R语言软件包安装）

R简介及R包安装、R基础讲解、R函数、R包

第二天上午 9:00~12:00

第3节：组学公共数据库

（1）TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)及数据下载。

（2）GEO数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载。

（3）EBI数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载。

（4）GEO2R工具使用。

第4节：转录组差异基因筛选及功能富集分析

（1）计算差异基因 -R limma包 或Excel公式。

（2）主成分分析（PCA)图制作。

（3）聚类热图（heatmap）的制作——R pheatmap包 。

（4）火山图（volcanoPlot）——R ggplot2包 或 Excel制作。

（5）箱式图（代码 或无代码制作）。

（6）R clusterProfiler包富集分析。

（7）基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具。

（8）功能富集分析 柱状图、条形图、气泡图、饼状图的R代码及Excel制作。

第二天下午 13:30~17:30

第5节：多组学数据与临床预后分析

（1）基因突变分析工具——cbioportal

（2）在线预后分析工具——Ualcan

（3）本地生成KM曲线图——R survival包

（4）相关性分析及散点图制作

第二天晚上 19:00~22:00

第6节：转录组与蛋白组整合分析

（1）Venn 图制作

（2）蛋白与蛋白互作关系预测——STRING工具

（3）网络图构建与美化——cytoscape软件

（4）转录组与蛋白组整合关联分析思路文章实现

第三天上午 9:00~12:00

第7节：蛋白组与代谢组整合分析

（1）代谢物功能富集分析——metaboanalyst工具

（2）KEGG 数据库介绍及使用

（3）pathway map制作

（4）蛋白组与代谢组整合分析思路文章实现

第8节：全转录组整合分析

（1）各类RNA简介及ceRNA介绍

（2）miRNA测序报告解读

（3）circRNA测序报告解读

（4）miRNA分析工具

（5）lncRNA分析工具

第二天下午 13:30~16:00

第9节：其他组学整合思路

（1）肠道菌群宏基因组与代谢组

（2）表观组与转录组整合

总结及答疑

注意事项：必须携带win10以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。

会务信息

时间地点：

2023年6月16-18 网络研讨会

使用腾讯会议客户端进行在线会议（非录播）

注册费用： 3200 元/人

可开具会务费、会议费、科研培训费、数据分析费、测序费、检测费等发票；

优惠政策：

1.提前 确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料。

2.三人组团报名，每人优惠100元。

3.四人组团报名，每人优惠200元。

4.六人组团报名缴费，可免1人会务费。

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。

缴费账号：

方法A：企业银行转账

账户名称：上海遐锦生物科技有限公司

账户号：31050179400000001610

开 户 行：中国建设银行上海马陆支行

付款备注： 写明姓名+多组学 ，便于核实

方法 B：支付宝转账

收款人：[email protected] 户  名:金永红

付款备注： 写明姓名+多组学 ，便于核实

方法C：公务卡支付

微信或支付宝扫描二维码支付，通过信用卡/公务卡扣款
报名后发送付款二维码
付款备注： 写明姓名+多组学 ，便于核实

备注：某些单位需提前借款的可先报名并索取pdf版邀请函，打印后用于向单位借款。缴费后请将汇款凭据截图或拍照，并发送报名微信告知详情以备核实。

主办单位：

医药加平台（ 上海遐锦生物科技有限公司 ）

报名咨询：

加微信发送以下信息：

姓名；邮箱；手机；单位；发票信息（发票抬头、税号、开票内容）， 有任何疑问，也可直接拨打 15301721511。

医药加范老师（手机微信同号）

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