代码分享|| 单细胞上车尤未晚！囊括了单细胞分析方方面面包括大类注释、亚群分析、细胞通讯、轨迹分析、生存、多因素cox分析等

生信技能树 · 公众号 · · 2024-07-11 08:15

正文

本次分享的文献是一篇 2024年3月份发表在NC上的单细胞转录组数据分析非常详细文献！！！此文献囊括了单细胞分析的方方面面，包括亚群大类注释，亚群分析，细胞通讯分析，轨迹分析，差异分析，生存分析，多因素cox分析，基因打分等！单细胞此次上车还不晚，快来学习！

unset unset 数据和代码 unset unset

bulk RNA-seq ： GSE173855

处理后的单细胞数据 ： GSE18873725, GSE18222726, and GSE234933

原始单细胞数据 ：GSA HRA004648 https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA004648

代码： https://github.com/hedyBao/HNSCC_scRNA/tree/main

可以看到作者将每一步骤的分析代码都整理好了： 亚群大类注释，亚群分析，细胞通讯分析，轨迹分析，差异分析，生存分析，多因素cox分析，基因打分等 基本上都囊括进来了，用此篇文献作为单细胞学习再好不过了~

Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer

unset unset 文章主要内容 unset unset

头颈部鳞状细胞癌是世界上第六大最常见的癌症，具有高度的异质性和令人不满意的结果。为了更好地描述肿瘤进展轨迹，我们对 正常组织、癌前组织、早期、晚期癌症组织、淋巴结和复发肿瘤组织样本 进行了单细胞RNA测序 。我们 确定了恶性上皮细胞的转录发育轨迹和TFDP1调节的致瘤性上皮亚群 。此外，我们发现随着肿瘤的进展，POSTN+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的浸润逐渐增加;它们的相互作用或与恶性细胞的相互作用也逐渐增加，形成促结缔组织增生微环境，对恶性细胞进行重编程，促进肿瘤进展。此外，我们证明在淋巴结转移过程中，高CXCL13表达的耗尽CD8+ T细胞与肿瘤细胞强烈相互作用，以获得更具侵袭性的结外扩张表型。最后，我们描述了原发性和复发性肿瘤中恶性上皮细胞的不同特征，为肿瘤不同阶段精确选择靶向治疗提供了理论基础。综上所述， 本研究对头颈部鳞状细胞癌的发生、发展、淋巴结转移和复发过程中上皮和微环境重编程提供了一个全面的视角和深入的见解 。