1909年4月18日（以下阿拉伯数字月份为西历，汉字数字月份为旧历），东京小石川植物园集会所内举行了江户时代本草学家小野兰山逝世百年的纪念会。集会所内安置了兰山常用的桌子作为祭坛，上面摆放追赠从四位的证书、兰山生前爱用的文玩等。上午十点，大会正式开始。首先是神官主持追荐式，接下来，东京帝国大学理学部植物学教授三好学、医学史家富士川游等学者发表演讲，介绍兰山生平与著作。正午演讲结束，之后是兰山遗著、旧藏等展览会，共420余人参加。下午五点，活动圆满结束。
小石川植物园，小川一真摄，《东京风景》，小川一真出版部，1911年
参会者中，有一位东大理学部植物学专业的中国留学生黄以仁，他写了一首五言古体诗纪念此事。诗中引经据典，称赞兰山的学术成就之高与满门桃李之优秀，并表达自己愿为兰山异代私淑弟子的心意。（《己酉春，日本博物学家举小野兰山翁百年祭典于理科大学附属植物园，余陪末席，感赋》）据1940年出版的《东京帝国大学理学部植物学教室沿革》可知，1907年（光绪三十三年，明治四十年）9月，黄以仁成为该植物学教室植物专业一年级的“撰科”学生，也是当时该教室唯一一名中国留学生。1910年7月，他从撰科毕业。《中国植物分类学纪事》（2020年）称黄以仁1906年至1909年在东京大学学习植物学，时间稍有误。
东大留学时代的黄以仁，《日本东京帝国大学中国留学生同窗录》（1908年）
所谓“撰科”，又称“选科”，是日本旧制帝国大学的特殊制度。旧帝大有“本科”和“选科”，前者只能是旧制高等学校的毕业生，其他考生无论多么优秀，只能入“选科”。所谓旧制高等学校，可以理解为旧制帝大的预备校，只招男生，学制三年。如第三高等学校就是京都帝大的预备校，后改编为京大教养学部，即今京大综合人间学部的前身。选科学制虽与本科同为三年，但利用校内设施等方面多有限制，毕业时也不能获得学士学位。当然，撰科生在学期间如通过相关资格考试，也能转为本科生。近代著名哲学家西田几多郎就是东大选科出身，他曾这样回忆：
当时的选科生真的很惨。当然，从学校立场上着也是理所应当的事，但选科生非常受差别对待。如今二楼是图书室，正中的大空间是阅览室。但选科生不能在那个阅览室读书，只能在走廊下的一排桌边阅读。三年级时，本科生被允许进入书库检索图书，而选科生当然没这资格。（《明治二十四、五年頃の東京文科大学選科》）
郁达夫1915年考入旧制第八高等学校（名古屋大学前身），1919年考入东京帝大经济学部，就是正式的“本科生”，足见他非凡的考学能力。而郁达夫也知道黄以仁，他的长兄郁华（字曼陀）与黄以仁是好友。1914年，郁达夫自日本致信长嫂陈碧岑，提及黄以仁轶事一则：
黄任轩君尚在京师耶？弟现有日友某（泽田学士），系与黄同学，曾询黄近况。且云黄学英文植物名时，不记字母，但记英文字之形状，如a（哀）字则记作美人头，b（皮）字则记作敲破眼镜之半面等之类。弟为之抱腹笑倒者两日。不识果有其事否？若来时，可一问也。
任轩是黄以仁的号。郁曼陀1910年有诗《宴归偕黄任轩以仁过八幡宫山》，在小山坡远眺街市，仰望月华。微风拂动繁密的树枝，摇落漫天星光。八幡宫山即东京世田谷区的八幡山，海拔仅四五十米。
百余年前，无论中日，植物学绝非热门专业。当时赴日留学生多选择法政、医科、经济之类，如鲁迅所说，“在东京的留学生很有学法政理化以至警察工业的，但没有人治文学和美术”。植物学在理学部，乍一看似乎还好，但黄以仁是三好学、松村任三的学生，专治植物分类学，也并非实用性更强的果树园艺学。
日本植物学家三好学（1862-1939），黄以仁的老师（日本植物学会百年史编集委员会编《植物学会100年の歩み : 日本植物学会百年史》，日本植物学会，1982年，日本国立国会图书馆公开）
黄以仁为何会选择植物学？目前并未看到他的任何回忆或自述。他籍贯江苏省常州府金匮县，家住无锡县城内仓桥北首，留日期间住在小石川区林町六十五番地（《日本东京帝国大学中国留学生同窗录》）。小石川林町在江户时代是武家住宅区和幕府开设的小石川御药园（小石川植物园前身）所在地，后编入文京区千石地带。黄以仁的住所与小石川植物园近在咫尺，想必曾多流连园中。
东京都立博物馆藏东京帝国大学理科大学附属小石川植物园温室明信片
有关黄以仁赴日之前的经历，在他的好友蒋维乔回忆及日记中可以获得若干线索。黄以仁留学前就读于江阴南菁书院，在1901年正月十八、二十两日书院举行的甄别考试中，获“算学超等”（《南菁甄别案》，《申报》1901年3月26日）。1902年，蔡元培与蒋智由等人在上海组织“中国教育会”。此前，蔡致电时任南菁书院理化教习的钟观光，请他率学生入会。欣然追随入会者有蒋维乔、顾倬和黄以仁（蒋维乔《化学研究先去者钟观光》）。蒋维乔1902年三月日记云：
廿六日偕钟宪鬯先生、丁君芝荪、黄君子彦同舟渡江至沪，赴中国教育会。舟小风大，至中流浪高丈馀，振动殊甚。四人促膝长谈，言笑自若，亦殊壮甚。既渡江，而无轮舟，已不及与会，遂反。
钟宪鬯即钟观光，丁芝荪即丁祖荫，黄子彦即黄以仁。蒋维乔回忆和日记中追随钟观光赴沪的同学稍有不同，日记的记载应该更可靠。无论如何，黄以仁都在那场夜雨中慨然渡江。蒋维乔与黄以仁同为南菁子弟，意气相投。其时，南菁书院改为江苏全省高等学堂，开设理化、测绘、东文、西文、体操五科。1902年七月初五日，蒋维乔与黄以仁同游惠山。初六日，二人自锡赴上海，午后至苏州，由苏州乘船，过金鉴湖，即澄湖、淀山湖。湖中遍开白荷花，田田数十里，舟行其间，二人相顾乐之。初七日晨二人抵上海，拜访钟观光。晚间至黄浦江观灯。这一年，蒋维乔多次赴沪，结交新学师友。这年除夕夜，他回顾道：“盖中国现势在过渡时代，而余之身年方三十，亦在过度时代，而余之学新旧交换，亦在过渡时代也。惟过渡故，则有动力，故余今岁之动力为生平未有。”（1903年1月28日）想必黄以仁也有类似感慨。此间黄以仁似赴日游历，1903年十一月十二日与南菁同学顾倬同时回国。是年，蒋维乔进商务印书馆编译所工作，从事小学教材编写工作，主持小学师范讲习所。其时对博物学、植物学产生兴趣，编译植物学教材，多往植物园观察，并采集标本。黄以仁对植物学发生兴趣之始，当与蒋维乔相同，都是受到钟观光影响和启发。今国家标本平台（NSII）公开有第二军医大学植物标本室藏黄以仁1904年6月18日采集自四川峨眉山的台湾相思标本照片，这是他留日前受钟观光影响而有的植物学研究行为。
第二军医大学藏黄以仁1904年6月18日采集自四川峨眉山的台湾相思标本（国家标本平台公开）
黄以仁考入东大前的经历尚需更多考证，这姑且作为日后的功课。1907年12月，一年级新生黄以仁在同门师兄松田定久的介绍下加入了东京植物学会（今日本植物学会）。松田定久是东京士族出身，号舟山，擅汉诗文。东京雅文会主办的同人志《大正诗文》多载其诗，颇不俗。1884年4月毕业于东京高等师范学校中学师范学科，1888年考入东京帝大植物学教室，也是选科生，比黄以仁高十九届。但他修完选科课程似乎花了很长时间，其间曾往静冈、大阪等地的中学担任老师。1899年，松田被东大植物学教室聘为助手，与他同为助手的还有著名植物学家牧野富太郎。他专攻植物分类学，对中国植物定名深有研究。中国北方常见的旱柳拉丁名为Salix matsudana Koidz，“matsudana”即为纪念“松田”而来。1921年1月19日，松田因病去世，得年六十余岁，终生未婚。或许因为学历、出身等缘故，他至死都是助手职位，死后声名不显。推算起来，他应生于1860年代，也是幕末明治的新旧交替时期。
《植物学杂志》创刊号封面，1887年
松田定久在东京植物学会主办的《植物学杂志》发表了大量有关植物定名的文章，其中有若干提到黄以仁的记录，如1907年发表的《考定苜蓿称呼及中国产苜蓿属诸种》（《苜蓿（Medicago sativa L.）ノ稱呼ヲ考定シテ支那ニ産セル苜蓿屬ノ諸種ニ及ブ》251号）中，先引《植物名实图考》中野苜蓿条云“生江南废圃中”，又道：
驻留本邦的清人黄以仁氏云，在故乡常州、无锡，俗称金花菜，是野生植物。清明节时采食，即与日本所谓umagoyashi（M. denticulata）者同云云。常州乃江南之地，故所谓金花菜者当为《植物名实图考》中野苜蓿之一种。
数年后，黄以仁在《东方杂志》（第八卷第一号，1911年）发表《苜蓿考》，六千余字，旁征博引，辨析植物名实。开篇即指出，苜蓿两千余年前传入中国，仅播于秦晋齐鲁燕赵之地，而未及于江南，“今江南俗称为金花菜而佐盘餐而以壅田者，乃苜蓿属之一种，非西北之苜蓿也”。亦引松田定久观点，注云“松田氏为松村（任三）博士之高弟，现奉职于理科大学，兼擅歌诗”，并称许松田的考证接续吴其濬《植物名实图考》的研究成果，“乃于丙午（1906）之秋，博考中日两国由来之图籍，照之于实物，参之于番志，著为详论”。由此可知二人学术志趣相近，交流频繁。同年6月刊行的《植物学杂志》刊出松田定久的文章，介绍《苜蓿考》要旨，并云“黄氏久留学我邦，从松村（任三）、三好（学）两博士受业”。
日本植物学家松村任三（1856-1928），黄以仁的老师（日本植物学会百年史编集委员会编《植物学会100年の歩み : 日本植物学会百年史》，日本植物学会，1982年，日本国立国会图书馆公开）
1910年，松田发表的《关于孔明庙之柏》（《植物学杂志》第276号）中提到，1909年，黄以仁在常熟虞山曾采集柏树一种，制成标本后赠送松田，与成都孔明庙之柏同名异物。黄留学期间，回国之际曾往惠山、虞山、上海、无锡等地采集标本，寄赠东大植物学教室；松田定久也曾数度为之撰文整理、考证品名。1911年，松田发表《桉树（附椐木）为何》（同前，第290号），云“会员黄以仁君自上海寄来一册子，题曰《桉谱》，驻意大利清国使臣吴宗濂氏辑译，留法清国学生徐球氏参校”。此书1910年由商务印书馆刊行。《苜蓿考》称，1911年3月，黄以仁在上海附近采得数茎开花的草头（金花菜）。此年蒋维乔的日记中又开始出现黄以仁（此时黄常用字似为任年）的名字，如二月二十六日，“午后偕黄君任年及正慧至江湾”；三月初四，“午后偕黄君任年至龙华看桃花”；三月初十，“晚，黄君任年邀往海天村西餐，长尾、加藤、亚泉、宪鬯诸君皆在座。餐毕，余偕任年至沧浪亭洗浴”；三月十三日，“晚，黄君任年来谭”。则此时黄以仁已自日本留学归国，暂居沪上。
1910年九月，清廷学部考验游学毕业生，黄以仁获赏为格致科举人，郁华也在这年学成归国，获赏为法政科举人。次年五月，清廷引荐廷试游学毕业生，黄以仁被任命为七品小京官，按所学科目分部，俟三年俸满，作为候补主事。然而这已是民国前夜，举人和七品小京官的身份即将成为前朝旧事。
回国后的黄以仁仍与松田保持书信往来，如他曾致书松田告知庐山高度：
庐山高千八百米，约合日本尺度（中国尺度相近）六千尺。比诸华山、泰山、日本箱根之神山为高，而比嵩山、终难、太白、日本日光之男体、白根为低，而适约富士山之半。
松田也将出处一丝不苟地刊出，感谢黄以仁分享的信息。松田曾往富士山、户隐山、妙高山等日本各地群山采集标本，写过歌咏富士山顶冰雪烟云的汉诗。留学时代的黄以仁也曾随同门师友往东大理学研究科附属日光植物园采集标本，植物之外，二人应该也都喜爱登山。
1912年9月10日傍晚，黄以仁、虞和钦拜访蒋维乔。辛亥革命后，蔡元培任中华民国临时政府教育总长，蒋维乔应邀任教育部秘书长，时在北京。这一天黄以仁初到北京，次日仍来拜访蒋维乔，并借住在蒋家。因长年阔别，长谈至夜深。9月22日上午，郁华来拜访黄以仁，蒋维乔很早就听说过他的诗名，与之谈论良久。此时郁华就任京师高等审判厅推事、北京政府大理院推事。25日是中秋，月色甚佳，蒋维乔与黄以仁出门赏月，散步至顺治门才返回。26日，二人同往农事试验场游览。此后一段时期，黄以仁应在农事试验场工作。10月27日晨起，蒋维乔与黄以仁等友人赴西山，“半载在京，尘俗鞅掌，今日入山，顿觉心神清爽。山中树木葱郁，浓绿之中杂以红叶，晚秋景色撩人”。
1913年，黄以仁致信松田定久，讨论黄葛（即黄桷树）名实，自《格致镜原》抄出引自《叙州府志》《锦绣万花谷》中两条有关黄葛木的记载，供松田参考。1914年，黄以仁往芝罘采集标本，内有禾本科及莎草科植物，他将标本赠与松田，松田随后发表英文论文《黄以仁氏采集之禾本及莎草科植物目录》。
黄以仁采集自栃木县日光的莎草科植物（东京大学植物标本室薹草属植物标本数据库公开）
1914年，《植物学杂志》会员转居信息栏显示，黄以仁住址在“北京西单察院胡同自然草堂”。1920年，他的地址改为更详细的“北京西城察院胡同西头二五号自然草堂”。
1918年冬，一场大雪后，郁华来到农事试验场，有诗赠黄以仁：
农事试验场位于今西城区展览路街道西直门外大街，乾隆时期乐善园所在地，后为傅恒三子福康安私人园邸，民间多称三贝子花园。光绪三十二年（1906），兴办农事试验场，附设动物园。民国以后，清廷曾斥巨资修建的农事试验场由于经费不足而形同虚设，事实上成了供人游览的植物园。张中行说这里当年“游人很少，有野意，不像北海、中山公园，在城内，游人较多”（《农事试验场》）。郁华诗中“园吏稀”“官舍静”等语，是对黄以仁工作环境的冷清作出的写实性描述。察院胡同距农事试验场五公里有余，不知当年黄以仁以何方式通勤。
1919年3月，黄以仁据第七条会则成为东京植物学会的终身会员。据说植物学会会则只是一张单独印刷的广告纸，因为默认会员都知悉内容，并未将之刊入《植物学杂志》。会则几经修订，已不知当初第七条会则的具体内容，推测应该是终身会员的入会条件，比如终身会员费为几何。回国后的黄以仁以这种方式与东大植物学研究界保持联系。1921年松田去世后，《植物学杂志》里不再见到黄以仁的名字。或许东大植物学教室诸位师生里，与黄以仁私交最笃的只有同样生于新旧时代之交、擅长诗文的松田定久。
1918年2月，商务印书馆“集十三人之力，历二十年之久”，出版了《植物学大辞典》。黄以仁正是十三位编者之一，且是其中唯一一位植物学出身的学者。书中内容几乎都译自日本植物学知识，并多收录《植物名实图考》记载；图版都引自斋藤功太郎、佐藤礼介编，大日本图书1907年出版的《内外实用植物图说》。此书销量甚好，不过鲁迅批评称：“但那大辞典上的名目，虽然都是中国字，有许多其实乃是日本名。日本的书上确也常用中国的旧名，而大多数还是他们的话，无非写成了汉字。倘若照样搬来，结果即等于没有。”也可见辞典编纂团队专业人手之不足。
《内外实用植物图说》与《植物学大辞典》图版比较
编辞典的同时，黄以仁还翻译了三好学的《植物学讲义》（卷上1918年出版，卷中1920年，卷下信息不明），亦由商务印书馆出版，广告称之为“科学界之明星”。清末民初，中国各大学及高等师范学校等教育机构的植物学讲义，几乎都使用译自日本的教科书。
黄以仁编译、凌昌焕校订《三好学植物学讲义》（卷上）封面，商务印书馆，1918年
1920年代之后，一些留学欧美的植物学研究者取得学位归国，进入大学或研究机构工作。他们推进本土植物学研究与调查，编纂接轨国际学术标准的教科书与资料集，取代不甚规范的旧有教科书，并将本土植物研究的成果以英文发表于国际学术刊物。留日出身且早已不再是新锐青年学者的黄以仁在这样的学科风气转变之中，自然也没有留下太多声音和研究成果。1919年，他担任京师农商部渔牧司林务研究所办事技术上任事（《职员录 中华民国八年第三期》）；后为国立北平大学农学院（前身为京师大学堂农科大学，后几经改组更名）讲师（《国立北平大学校况简表》1930年5月）；1930年代，他担任河南大学农学院森林系教授。《河南大学第九届毕业同学纪念册》称他1936年时56岁，那么他应生于1881年前后，比郁华大三岁，比蒋维乔小八岁。
河大时期，黄以仁与平汉铁路局合作，展开平汉铁路局所属林场林区树种和森林植物分布的调查。据说1933年在平汉沿线李家寨采集的20余份标本，今存中国科学院植物研究所标本馆（《中国植物分类学纪事》），国家标本平台（NSII）公开了其中几份标本照片。
中国科学院植物研究所藏黄以仁1933年采集自河南的黑果菝葜标本（国家标本平台公开）
中国科学院植物研究所藏黄以仁1933年采集自平汉沿线李家寨的七星莲标本（国家标本平台公开）
1935年，黄以仁率森林系学生赴豫南李家寨、鸡公山等处采集标本，河南农业大学公众号载有当时一张师生合影，十多名学生或持杖或抱着标本夹，环绕着西装领带、戴眼镜的黄以仁。
1935年5月中旬，农学院黄以仁教授（右六）率领森林系学生赴豫南李家寨、鸡公山等处采集森林植物标本
抗战爆发后的1939年，开封沦陷，河南大学本部及文、理、农三学院迁至嵩山西部山区的潭头镇，黄以仁与家人也颠沛而往。1944年5月，洛阳沦陷，日军直逼潭头镇，河大师生再次踏上流亡之路。据河大校史介绍，黄以仁与妻儿逃亡途中在当地村民家中躲避达一月之久，其时黄以仁身患重病。病情稍有好转后，村民即雇人用担架将他抬至师生流亡大部队先已落脚的荆紫关，但他病势再度转沉，不久去世。校史说他当时“年已古稀”，而若河大毕业同学纪念册所记黄以仁年龄无误，那么他彼时其实才六十多岁。青年时代留学东大，采集大量标本寄赠东大植物学教室，长年与前辈师兄探讨学问，晚年竟这般离世，实令人悲恨不已。而五年前的1939年11月23日，黄以仁的挚友郁华已遭汪伪政权特务暗杀，郁华夫人陈碧岑有诗云：“政事日非倭寇侵，江山半壁亦沉沦。忠贞不屈身殉国，英烈千秋吊富春。”孰料数年后，她还要为遭日本宪兵暗杀于苏门答腊的郁达夫写下：“国破家亡作苦吟，埋名异域岂甘心。乍传捷报身先殒，忠骨茫茫何处寻。”
今东京大学植物标本室薹草属植物标本数据库中公开有一件黄以仁采集自栃木县日光的莎草科植物，日文名小针菅（Carex hakonensis Franch. et Sav.）。采集年代不明，应在他留学东大的1907年至1910年之间。东大标本室是否还藏有黄以仁采集的其他标本，黄以仁当初赠给松田定久的大量中国植物标本是否尚存人间？但愿草木有情，黄以仁采撷、收集、慷慨相赠的苦心不致湮没天壤之间。
