柱层析是世界各地实验室中最常用的纯化技术。如果做得好，它可以简单快速地从混合物中分离出所需的化合物。但是，与许多化学实践一样，快速有效地设置和运行色谱柱可能需要数年才能掌握。在这里，小编将提供了一些柱层析的小tips和技巧，对柱层析过程中常遇到的一些问题进行故障排除并给出替代方案。
1、装柱
装柱子（添硅胶）时，常用的有两种方法：即湿法装柱和干法装柱，二者各有优劣。不论干法还是湿法，硅胶（称为固定相更为广义）的上表面一定要平整，并且硅胶（固定相）的高度一般为15cm左右（长度没有绝对之说，根据自身情况而定，制备的大柱可以长达一米），太短了可能分离效果不好，太长了也会由于扩散或拖尾导致分离效果不好。
湿法装柱是先把硅胶用适当的溶剂拌匀后，再填入柱子中，然后再加压（土方法可以用养鱼的氧气泵加压或是用氮气，当然不加压也可以）用淋洗剂"走柱子"，本法最大的优点是一般柱子装的比较结实，没有气泡。（我一般都用湿法装柱）
干法装柱则是直接往柱子里填入硅胶，然后再轻轻敲打柱子两侧（湿法也要敲的，效果好点），至硅胶界面不再下降为止，然后再填入硅胶至合适高度，最后再用油泵直接抽，这样就会使得柱子装的很结实（一般柱子不敢用油泵抽，怕把柱子抽裂了）。接着是用淋洗剂"走柱子"，一般淋洗剂是采用TLC分析得到的展开剂的比例再稀释一倍后的溶剂。通常上面加压，下面再用油泵抽，这样可以加快速度。干法装柱较方便，但最大的缺陷在于"走柱子"时，由于溶剂和硅胶之间的吸附放热（可以用手摸柱子明显感觉到）（梯度洗脱时，湿法装柱也会出现该情况，比较不好处理，可以缓慢改变溶剂，且置于通风处），容易产生气泡，这一点在使用低沸点的淋洗剂时如乙醚（用乙醚最最明显），二氯甲烷更为明显。虽然产生的气泡在加压的情况下不易察觉，但是，一旦撤去压力，如在上样、加溶剂等操作的时候，气泡就会释放出来，严重时，整个柱子变花，样品不可能平整地通过，当然也就谈不上分离了。解决的办法是：
第一、硅胶一定要压结实；
第二、 一定要用较多的溶剂"走柱子"，一定要到柱子的下端不再发烫，恢复到室温后再撤去压力。
也有介绍在硅胶的最上层填上一小层石英砂(我一般垫张滤纸，撒上石英砂，再放些棉花)，防止添加溶剂的时候，使得样品层不再整齐。但我的感觉是如果小心上样，添加溶剂，则没有这个必要。
湿法上样
1. 将样品溶解在最少量的溶剂中（5-10滴）。此处允许使用比洗脱溶剂稍微更极性的溶剂。如果您需要使用二氯甲烷或更强的溶剂，可能优选下述干法上样方法。
2. 使用注射器或吸管将样品直接滴到硅胶的顶部。尽量不要扰动硅胶表面，理想情况下，样品应在表面上均匀分布，以便形成薄的水平带。
3. 添加完整个样品后，让色谱柱排出，使溶剂水平接触二氧化硅顶部。
4. 小心地添加一层沙子（约2-5毫米）。这将有助于防止二氧化硅表面因添加更多溶剂而受到干扰。
5. 使用移液器小心添加更多溶剂，使溶剂水平高于沙子顶部约10 mm。
