专栏名称: 生信师兄
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新的一年!师兄带你从零开始学单细胞转录组!

生信师兄  · 公众号  ·  · 2025-01-06 09:08

正文

封面

熟悉师兄公众号的都应该清楚,师兄之前的推文主要集中在各种类型的科研绘图上!但是不少粉丝小伙伴们还是反应,只知道绘图,数据不会分析,还是不行的呀!没错,拿不到可靠的分析结果,只知道绘图,这当然是远远不够的!因此, 学习各种常用的生信数据分析则必然成为了每一个生信人必须要经历的事情。 因此,后续的推文中,师兄会尽可能地多更新一些有关数据分析的内容,可能包含的系列包括《R语言数据处理基本技巧》、《从零开始学单细胞转录组》、《从零开始学空间转录组》等;

本系列,师兄将 从单细胞转录组学开始 ,带领大家一起 从零开始学单细胞 !系列内容可以详见下方大纲!

说明: 由于本系列教程还是强调 面对完全零基础小白 ,所以很多内容师兄会介绍的非常细,对于部分已经入门的老手来说可能比较多余,所以 大家选择性阅读即可!

本系列主要内容目录,请看Part 1;

本系列配套《生信师兄单细胞学习交流群》详情,请看Part 2;

合作服务器推荐及生信师兄粉丝专属优惠详情,请看Part 3;

Part 1 《从零开始学单细胞转录组》

1.1 系列简介

本系列一共包含3个主要章节,其中:

  • 第一章:认识了解单细胞转录组 ,在本章中,师兄会详细介绍单细胞测序的产生背景、应用前景,以及单细胞测序技术的基本原理、质控标准以及上游分析流程!
  • 第二章:常用的单细胞转录组学分析 ,单细胞转录组学的分析内容非常广泛,从基础的细胞聚类分群、差异富集,再到细胞通讯、CNV、轨迹分析、RNA velocity、转录因子等高级分析;其中的每一种分析都需要深入理解底层逻辑才能更好地使用它们,很多时候,只是复制粘贴别人的代码,套到自己的数据上却得到了完全错误的结果,这很可能就是因为你并没有理解每一步在干嘛?为啥这么干?因此,本章会从每一种分析的背景、逻辑、算法原理、代码实操等多个维度对其进行详尽地阐述。以帮助各位小伙伴能够准确无误地使用本系列代码!
  • 第三章:单细胞文献精讲与主图复现 ,这部分师兄会通过一篇CNS级单细胞转录组学文献的主图复现,带着大家将前面所学到的知识更好地应用在实际课题当中!实现真正的学以致用!

以上就是本系列教程的内容简介,需要指出的是, 目前,师兄还没有太多的时间抽出来录课 ,因此暂时只是整理了 本系列全部分析过程的笔记和代码,以及所有示例数据! 但是,我相信通过详尽地笔记教学及交流群的充分讨论,大部分同学还是能够轻松入门的!当然,如果后续有时间和精力,并且各位小伙伴迫切需要的话,师兄也会尽可能抽时间来录课!届时补差价即可

1.2 内容大纲

单细胞转录组系列教程目录

Part 2 生信师兄单细胞学习交流群

当然了,好的学习过程离不开详尽地交流讨论和重难点答疑!因此,在发布教程的同时,师兄也成立了 《生信师兄单细胞学习交流群》 用于本系列内容的学习交流。需要的小伙伴可以扫描下方二维码,添加师兄微信后备注 “单细胞学习交流群” 后付费加群!

师兄微信

2.1 群内资源:

  • 本系列所有免费及付费内容的配套学习资源、代码资源及示例数据;
群内资源(以上图课程目录为准)
  • 师兄会在群内提供不定时答疑,满足答疑要求的问题师兄会尽可能抽时间回答;

2.2 答疑要求及入群费用

关于答疑,这里先提几点要求:

  • 不在要求范围的问题,不做解答(丑话说在前面!!!);

  • 代码报错: 如果是 师兄提供的系列代码和示例数据的报错,答疑完全覆盖,保证你能完整跑通代码 ;但是 如果是你自己的数据,师兄只能尽可能答疑,不保证有问必答 ,因为每个人的数据和代码都五花八门,如果逐个解决着实是忙不过来;

  • 背景知识理解及代码理解: 这里首先强调下研究生阶段自主学习能力的培养,如果 在你进行了能力范围内地思考、搜索,仍然无法解决,师兄会在答疑时间内尽师兄的能力答疑 (因为师兄也不能保证啥都会,有些算法的细节,你来问我,我可能也需要细看文献才能理解!)

  • 提问要求: 如果想要得到更好地答疑,首先需要 确保你描述清楚了问题 ,很多人就发个报错信息,你的代码背景是啥?数据是啥?都不提供!这种只能说爱莫能助了!因此, 提问前尽可能整理好解决这个问题可能需要的其他材料 ,尽可能让答疑者详尽地理解你的问题,从而实现更好地解答!

  • 群内自由交流讨论: 群内随时都可以自由交流讨论, 三人行必有我师 !因此,多交流,多帮助! 帮助他人的过程,也是提升自己的过程!

入群费用

  • 入群费用: ¥299元(最先入群的前50名,可以享受¥199元优惠价格,以群聊人数为准!)

视频教程

  • 目前,师兄还没有足够的时间进行视频课程的录制,所以本系列不包含视频课程,但是如果大家需要,师兄也一定会尽可能抽时间录制课程!

  • 如果后续推出视频课程 ,还是和《R语言科研绘图进阶版视频教程》一样, 加群的小伙伴届时可凭借入群截图,抵扣购课差价。 所以,早入群早享受吧!

2.3 声明

  • 是否加群,纯属自愿! 本系列的大部分内容会是免费阅读, 所以完全支持白嫖! 但是看完还请动动你的手指, 点个赞!点个在看!如果能转发那就太感谢了!

  • 加群可以 获取本系列所有付费部分内容,代码,示例数据,以及定期答疑的交流群

  • 如果考虑好加群,就 早加早享受,随着群内资源的增加,入群的费用也可能会随之增加

  • 优惠方式 点赞 + 在看,并转发这两个系列任意一篇文章至朋友圈,集赞30个,即可立减30元入群(不可与前50名入群同享)!

Part 3 合作服务器及粉丝专属优惠

考虑到大家进行单细胞分析,特别是高级分析,例如细胞通讯、RNA velocity等,往往是需要用到服务器的。那么师兄在这里也和西柚云服务器达成了合作,给各位粉丝小伙伴谋得了一份福利!

3.1 服务器基本介绍

  • 西柚云深耕生物信息学云服务器多年( 十年技术沉淀 ),深知用户所想所需,强大的技术团队,多年累积的经验以及紧跟热点需求的 定制 和升级服务,打造了可支持各种使用场景的云计算平台(目前已装机 100PFLOPS 算力,储存量 7.63PB )。 定制版 独享服务器对比同配置下的其他品牌, 价格更低 、产品性价比高。以 12核128G内存 5T磁盘、500M带宽 的独享配置为例,西柚云定制独享版本只需 5800元 /年(当然还有性价比更高的,但不是纯独享服务器:),相同配置下其他品牌的独享版本,费用高达万元/年。







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