在
解放军总医院《
JCI
》研究:聚焦膀胱癌免疫逃逸机制,层层递进揭示天冬氨酸代谢的关键作用
的文章介绍中,不晓得大家留意没有,在研究结果中并不是所有的数据都是阳性的,而是阴性结果与阳性结果一起说。
俗话说,外行看热闹,内行看门道。
我们就从阴性结果的角度,抛砖引玉,讨论一下其中的
“
门道
”
。
先看看文章中提到的阴性结果,第一个部分在这里:
“
研究团队首先在体外敲低了膀胱癌细胞中的ASNS基因,
发现其对细胞增殖和迁移能力并无明显影响
。这一结果提示研究团队,
ASNS
可能在肿瘤细胞的其他功能中发挥作用,而非直接参与细胞增殖。”和“
为了进一步探索
ASNS
的功能,研究团队在
免疫缺陷小鼠和免疫正常小鼠中分别进行了
ASNS
敲低的肿瘤细胞移植实验
。结果显示,
在免疫缺陷小鼠中,
ASNS
的敲低对肿瘤生长没有影响,但在免疫正常小鼠中,
ASNS
敲低显著抑制了肿瘤生长。
这一结果表明,
ASNS
的功能可能依赖于完整的免疫系统。
”
简单来说,
ASNS
基因并
不直接影响肿瘤细胞增殖
(
阴性结果
),但
还是通过
CD8+T
免疫细胞间接发挥了功能
,机制是通过天冬氨酸代谢
-RIG-I
最终影响
IFN-I
信号通路和
CD8+T
细胞浸润(
阳性结果
)。
这里还有一个细节:“
研究团队通过流式细胞术分析了
ASNS
敲低肿瘤中的免疫细胞浸润情况,发现
CD8+ T
细胞的浸润显著增加,
而其他免疫细胞如
CD4+ T
细胞和
NK
细胞并无明显变化。
”
这个结果
不仅回答了
ASNS
基因影响
CD8+T
细胞的浸润
,还回答了另外一个问题:
为什么不选其它的免疫细胞(如
CD4+T
细胞和
NK
细胞)?
所以,如果要让文章或者基金中的表述更严谨,从而解决审稿人或者评审专家的顾虑,“
不仅说为什么选择
A
,还要说为什么不选
B
”,这样会不会更好一些?
到这里我们再想一下这个问题:
当我们的实验结果发现
ASNS
基因并不直接影响肿瘤细胞增殖的时候,会怎么办?
我想很多人会做这两个选择吧:
a
是换个基因做,就不做
ASNS
了;
b
适当的“修饰”一下,变成阳性结果,对吧?
但是,
如果文章中的结果都是符合预期的阳性结果,是不是太“幸运”了呢?
文章中,还有一个地方:“
为了进一步探索
ASNS
如何调节
IFN-I
信号通路,
研究团队发现
ASNS
敲低显著增强了
RIG-I
的蛋白表达,
但并不影响其
mRNA
水平
。
”
这里的阴性结果是:
ASNS
敲低并不影响其
mRNA
水平
;阳性结果是:
ASNS
敲低显著增强了
RIG-I
的蛋白表达。
既然是阴性结果,那这个描述有什么意义呢?
这是用来确定后续机制探索往哪个方向做的
,
我们看中心法则:
不考虑从
RNA
到
DNA
的逆转录过程,
从
DNA
到
RNA
再到蛋白的过程就像一条从上到下的河流,现在我们知道这条河流被污染了
(
RIG-I
蛋白表达下降了
),那污染点(调控节点)在哪里呢?
那就取样检测,蛋白和
RNA
就是两个取样(检查)点:
因为
RNA
在上游,所以如果
RNA
这个点都被污染了(表达改变了),那下游蛋白其实就可以先不看了
(后续大概率改变,但是也不排除“污染被清理
”
的情况);
但是如果
RNA
这里还没污染(表达无改变),但是蛋白这里污染(表达改变)了
,那要首先考虑的是不是
从
RNA
到蛋白的翻译(
translation
)过程
?所以我们就能理解“为什么
RNA
没变化,蛋白有变化的时候”,
很多团队做翻译机制的调控了
,比如“
ASNS
基因通过天冬氨酸代谢调控
RIG-I mRNA
的翻译效率,从而使得
RIG-I
蛋白被翻译的更少
”,这样其实也能解释