今天要给大家分享一篇基于单细胞和生信分析发表的5分文章。这篇来自南京医科大学附属金陵医院的相关最新研究《Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing》发表于《Cancer Cell International》。文章通过单细胞 RNA 测序等技术，分析食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境，构建预后模型并探索潜在生物标志物，为 ESCC 治疗提供新思路。下面跟小编一起来看看这篇文章的主要内容和思路。
一、研究背景介绍
食管癌是全球范围内常见且致命的癌症，其中食管鳞状细胞癌（ESCC）在我国尤为高发，占比超 90%。多数 ESCC 患者确诊时已处于晚期，错过了手术根治的最佳时机。目前，新辅助放化疗（NCRT）是局部晚期 ESCC 患者的常用治疗手段，但患者五年总生存率仅 2.0 - 37.6%，复发率高达 30 - 40%。近年来，免疫治疗为癌症治疗带来新希望，在 ESCC 治疗中也初露锋芒。肿瘤微环境（TME）在癌症发展中起关键作用，其中癌症相关成纤维细胞（CAFs）是 TME 的重要组成部分。然而，CAFs 在 ESCC 中的具体作用机制尚不清楚，亟待深入研究。
二、研究方法与结果
数据收集与预处理：
收集 ESCC 患者的单细胞 RNA 测序和批量 RNA 测序数据，经严格筛选、复杂处理和质量控制，为后续精准分析提供可靠数据支持。
细胞亚型全面解析：
解锁肿瘤细胞奥秘：对肿瘤细胞和 CAFs 进行亚型鉴定。从 NCRT 样本中识别出多种肿瘤细胞亚型和 CAF 亚型，详细分析其标记基因，揭示不同亚型的特征与功能。
细胞通讯深度挖掘：
利用专业工具分析发现，ESCC 细胞与 CAF 亚型间存在广泛的配体 - 受体相互作用，这些相互作用在肿瘤发展和治疗抵抗中意义重大。
预后模型构建验证：
基于细胞亚型标记基因构建预后模型，经多轮验证，该模型能有效预测患者预后及对免疫治疗的反应，为个性化治疗提供依据。
免疫微环境深入剖析：
深入分析不同评分组的免疫微环境，发现高评分组免疫细胞浸润增加，为免疫治疗联合其他疗法提供理论支撑。
临床样本实验验证：
在临床样本中对关键基因进行验证，发现部分基因表达与治疗方式和预后相关，有望成为 ESCC 诊断和治疗反应预测的生物标志物。
三、文章图
图1：细胞聚类图谱，呈现样本细胞差异
图2：肿瘤细胞亚型解析图，展现细胞异质性
图3：功能富集分析图，揭示亚型作用机制
图4：CAF 亚型特征图，明确关键细胞亚型
图5：细胞相互作用图，解析肿瘤微环境调控
图6：预后模型构建图，预测患者预后情况
图7：预后模型验证图，夯实模型可靠性
图 8：免疫浸润分析图，探索免疫治疗潜力
图 9：临床样本基因表达图，挖掘潜在生物标志物
四、总结
本文整合单细胞及批量 RNA 测序数据，深度剖析食管鳞状细胞癌肿瘤微环境，精准鉴定多种细胞亚型及其相互作用，构建并验证有效预测预后和免疫治疗反应的模型，还在临床样本中确定潜在风险相关基因，为食管癌治疗研究提供新思路与潜在靶点 。
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