如何下载MSigDB数据库糖代谢相关基因

我们接到一个生信入门马拉松授课学员的提问，怎么办！！！当然是宠她啊！ 提问如下：

首先，我检索了一下相关资料

使用关键词在微信搜索中查找： MSigDB数据库糖代谢相关基因 。搜到一篇 2022 年 10 月发表在 Frontiers in Endocrinology 杂志上的文章： Identification of risk model based on glycolysis-related genes in the metastasis of osteosarcoma 。这个文章中用的是糖酵解相关基因集：

We obtained 5 glycolysis-related pathway gene sets from MSigDB, namely：

• BIOCARTA GLYCOLYSIS PATHWAY
• GO GLYCOLYTIC PROCES,
• HALLMARK GLYCOLYSIS,
• KEGG GLYCOLYSIS GLUCONEOGENESIS,
• REACTOME GLYCOLYSIS.

我感觉应该不止5个基因集！

又看到了另一篇 2023 年 8 月发表在杂志 Cancer Cell Int 的文献《 Glycolysis-related biomarker TCIRG1 participates in regulation of renal cell carcinoma progression and tumor immune microenvironment by affecting aerobic glycolysis and AKT/mTOR signaling pathway 》， 还给出了具体的如何从 MSigDB 数据库中查找糖代谢相关的基因：

我们当然可以直接下载这个文章的附表 table2，但是 MSigDB 数据库在 2024 年进行了一次大更新，见文章： 获取msigdbr数据库中的基因集失败是什么原因？ ，我们还是 推荐用最新的数据看看 ！

文章找到的21个通路：

看看如何用代码实现

我们要用关键词 glycolysis 查找 MSigDB 数据库 ： https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp 。

先将整个库下载下来，文件不大不到30M：

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(GSEABase)

## === 所有通路
geneset "msigdb.v2024.1.Hs.symbols.gmt")
length(unique(geneset$term))
head(as.data.frame(table(geneset$term)))

总共有 个 34837 基因集：

只查找到13个通路，比上面的文章少，看了一下上面的通路，里面有一些基因集的名字中没有 glycolysis 关键词：

# 查找糖代谢相关的基因集：glycolysis
geneset_select "glycolysis", geneset$term,ignore.case = T),]
str(geneset_select)
as.data.frame(table(as.character(geneset_select$term