慢性淋巴细胞白血病的全基因组队列分析

研究背景

慢性淋巴细胞白血病（CLL）是最常见的血液肿瘤，其临床异质性显著，但现有的分子标志物（如TP53突变、IGHV突变状态）对个体化预后的预测能力有限。既往研究多聚焦于编码基因突变，而全基因组测序（WGS）在CLL中的应用仍较少。本研究通过对485例临床队列患者的全基因组测序，系统性分析编码/非编码突变、结构变异（SVs）、拷贝数变异（CNAs）及全局基因组特征，旨在揭示CLL的完整基因组图谱及其临床关联。

研究方法

• 患者或样本 ：485例CLL患者，部分患者配对复发样本。
• 测序 ：肿瘤与正常样本WGS（测序深度109×和36×），部分样本RNA-seq（n=73）和ATAC-seq（n=24）。

• 体细胞突变 ：用 Strelka2 找体细胞突变，SNVs 和 Indels，然后进行 VEP 注释和过滤。结构变异 SV 则使用了3个工具：Delly 、Lumpy、Manta

• 其他分析 ：拷贝数变异分析（Canvas、Manta），驱动基因筛选（MutSigCV、OncodriveFML等）、突变特征分析（SigProfilerExtractor）等。

研究结果

驱动突变事件 ：鉴定58个候选驱动基因，包括36个已知（如TP53、ATM、NOTCH1）和22个新发现基因（如IRF2BP2、SMCHD1）（Fig1 ab）。

拷贝数变异和结构分析：