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Circos圈图和分组百分比堆积柱形图怎么画?一键出图教程来啦!

代谢组metabolome  · 公众号  ·  · 2023-11-21 02:12

正文

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微科盟生科云 (https://www.bioincloud.tech) 旨在帮助客户 简化 分析流程, 助力 科研的基础上,开发了 全自动化 一键式 宏基因组数据分析流程和 单个分析 小程序,不仅方便一键化获得打包结果,而且方便客户灵活分析。


微科盟生科云平台优势:


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4. 针对客户需求,可 自行更改 样本名称、分组方案,并可进行 图片优化 剔除异常样本 等,以满足不同 个性化分析


下面给大家详细介绍一下 宏基因组 分析中的 Circos圈图 分组百分比堆积柱形图


Circos圈图 是将丰度表 可视化 ,用连线的宽度代表丰度值的大小,可用于展⽰每个样本各个基因(丰度前10)的比例,以及每个基因在各个样本中的比例,可直观显示不同样本的基因/物种丰度大小。 分组百分比堆积柱形图 可以在 物种 基因 功能 水平上进行 注释 ,可直观展示 不同分组间 不同水平 上的 注释 情况。

两者分析流程只需准备好 丰度表 分组信息表 两个输入文件,便可完成Circos圈图及分组百分比堆积柱形图的制作,更高效的挖掘基因、物种及其功能的信息!接下来我们一起来看看具体的操作流程吧!


一、导入丰度表


制表符分隔的文本文件表格; 第一行应包含样本名,唯一 (不可重复),与分组信息表第一列相对应 (顺序可以不一样); 第一列为组学feature名 (如微生物,代谢物,基因,表型名),唯一 (不可重复),推荐使用绝对丰度表,reads数表等,总体数值过小(小于1)可能导致无法出图,示例表格以功能丰度表为例:



二、导入分组信息表


制表符分隔的文本文件表格;第一列为样本名,唯一 (不可重复),第二、三列为分组方案,其中,第一列的行名必须和丰度表的列名相对应,示例文件如下:

注: 1.输入文件不应该包含 特殊字符 ,推荐使用字母数字下划线和点编辑表格;2. 输入文件行名 (第一列),和列名 (第一行)不能有 重复 的值;3. 表格中有 缺失值 的地方可以空着,但行名 (第一列) 和列名 (第一行) 以及最后一列不能有 缺失值 (不能空着),否则 无法 通过客户端检查。

三、选定分组方案


可选择分组信息表中的某一的分组方案,示例如下:



四、是否使用分组均值绘制圈图及用于画图的feature个数


若不使用分组均值绘制圈图,则展示所有样本中组学features的组成情况;若使用分组均值绘制圈图,则展示各样本中组学features的组成情况;


五、选定用于画图的feature个数


选择不同feature个数,可对丰度最高的feature画图,feature个数一般选择默认值即可,或按照个人需要进行调整,但不建议太多。

六、提交任务


点击提交任务,可选择任务完成时发邮件提醒,可避免等待运行时间,运行结束后可预览结果图,并下载结果文件。

七、结果展示


上面的文字太多,是不是眼花缭乱了?不慌,下面可以看看我们的 视频讲解 呦!




更多小工具和一键化程序上线


微科盟生科云本次 升级 ,还增加了 宏基因组 扩增子 相关分析的小工具及 一键化 程序分析,如:RDA分析、分组上色KEGG通路图、Bray-Curtis PCoA分析、宏基因组可视化分析和扩增子可视化分析等,有需要的老师,赶紧试试吧!

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