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微科盟生科云 (https://www.bioincloud.tech)
旨在帮助客户
简化
分析流程,
助力
科研的基础上,开发了
全自动化
的
一键式
宏基因组数据分析流程和
单个分析
小程序,不仅方便一键化获得打包结果,而且方便客户灵活分析。
1.
操作
简单
、分析
范围广
;
2.
一键批量
生成
所有
主流
科研图表,帮助您节省时间,将更多的时间放在探究生物学意义上;
3.
除了一键化,还有更多
单个分析小程序
,方便客户灵活使用;
4.
针对客户需求,可
自行更改
样本名称、分组方案,并可进行
图片优化
、
剔除异常样本
等,以满足不同
个性化分析
。
下面给大家详细介绍一下
宏基因组
分析中的
Circos圈图
和
分组百分比堆积柱形图
。
Circos圈图
是将丰度表
可视化
,用连线的宽度代表丰度值的大小,可用于展⽰每个样本各个基因(丰度前10)的比例,以及每个基因在各个样本中的比例,可直观显示不同样本的基因/物种丰度大小。
分组百分比堆积柱形图
可以在
物种
、
基因
和
功能
水平上进行
注释
,可直观展示
不同分组间
在
不同水平
上的
注释
情况。
两者分析流程只需准备好
丰度表
和
分组信息表
两个输入文件,便可完成Circos圈图及分组百分比堆积柱形图的制作,更高效的挖掘基因、物种及其功能的信息!接下来我们一起来看看具体的操作流程吧!
一、导入丰度表
制表符分隔的文本文件表格;
第一行应包含样本名,唯一 (不可重复),与分组信息表第一列相对应 (顺序可以不一样);
第一列为组学feature名 (如微生物,代谢物,基因,表型名),唯一 (不可重复),推荐使用绝对丰度表,reads数表等,总体数值过小(小于1)可能导致无法出图,示例表格以功能丰度表为例:
二、导入分组信息表
制表符分隔的文本文件表格;第一列为样本名,唯一 (不可重复),第二、三列为分组方案,其中,第一列的行名必须和丰度表的列名相对应,示例文件如下:
注:
1.输入文件不应该包含
特殊字符
,推荐使用字母数字下划线和点编辑表格;2. 输入文件行名 (第一列),和列名 (第一行)不能有
重复
的值;3. 表格中有
缺失值
的地方可以空着,但行名 (第一列) 和列名 (第一行) 以及最后一列不能有
缺失值
(不能空着),否则
无法
通过客户端检查。
三、选定分组方案
四、是否使用分组均值绘制圈图及用于画图的feature个数
若不使用分组均值绘制圈图,则展示所有样本中组学features的组成情况;若使用分组均值绘制圈图,则展示各样本中组学features的组成情况;
五、选定用于画图的feature个数
选择不同feature个数,可对丰度最高的feature画图,feature个数一般选择默认值即可,或按照个人需要进行调整,但不建议太多。
六、提交任务
点击提交任务,可选择任务完成时发邮件提醒,可避免等待运行时间,运行结束后可预览结果图,并下载结果文件。
七、结果展示
上面的文字太多,是不是眼花缭乱了?不慌,下面可以看看我们的
视频讲解
呦!
更多小工具和一键化程序上线
微科盟生科云本次
升级
,还增加了
宏基因组
及
扩增子
相关分析的小工具及
一键化
程序分析,如:RDA分析、分组上色KEGG通路图、Bray-Curtis PCoA分析、宏基因组可视化分析和扩增子可视化分析等,有需要的老师,赶紧试试吧!
我们的云平台
持续升级
中,多个
组学
会陆续投入使用
,
请多多关注我们哦!
欢迎各位老师咨询使用方式,微科盟各组学老师联系方式如下:
注
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已经与其他微科盟各组学老师是微信好友的则联系各自的老师,否则联系多组学老师8。
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