听说最近转录因子小姐跟某基因先生走到了一起，并共同购置了爱巢，双宿双栖起来。娱媒圈（科研圈）沸腾了，经过EMSA、 DNase1足迹实验、甲基化干扰实验、体内足迹实验、Chip-on-chip等方式，终于落实了某转录因子跟某基因的关系，执着的娱记们哪肯松懈，继续探索转录因子跟该基因的启动子的爱巢（结合位点）在哪里？
第一步，要确定到他们的爱巢在哪条街？（怎么确定启动子？
一般查阅外文文献，老外把从转录起始位点开始上溯2K－3K的区间算做是启动子。
）
第二步就是要确定家门牌号？（启动子这么长，怎么知道具体的结合位点序列？
如何预测转录因子小姐跟某基因先生的爱巢（启动子结合位点）在哪里？这个活一般的娱记是干不了，还是得听小鱼我的。
干货来了，看这里了（敲黑板！）
以转录因子Nf-KB和Ankh基因为例，用UCSC在线网站锁定启动子范围，
在左栏选择Table browes。
在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH,在track中选择RefSeq Genes，在output format中选择sequence,点击get output,根据需要选择序列，选择genomic-submit。
选择Promoter/Upstream by 2000 bases，选Exons in upper case, everything else in lower case（外显子大写，其他小写）。
结果如下：大写字母是基因外显子区，大写字母前面的2000个小写字母就是预测的启动子区，复制粘贴保存到文本中。
当我们锁定了这一条街道以后，接下来就是敲定门牌号了，好紧张！
打开PROMO数据库，业界良心！首页就来送助攻：查找转录因子结合位点操作步骤。
如助攻提到的，先点击黄色左栏SelectSpecies,选择物种, 点击Submit。
再点击黄色左栏SelectFactors，选择转录因子, 点击Submit。
接着点击SearchSites,将之前锁定的启动子区序列粘贴到指定位置，点击Submit。
目标出现！
结果中的一个位点TGGGAAATACCT就是预测到的nf-kb结合在Ankh启动子的最佳位点。
同一个基因的启动子都是可长可短的，只是不同长度可能启动子的活性不一样。真核生物一般都是认为在第一外显子上游的2kb以内（也有2kb以外的）。转录因子不同的预测方法（除了PROMO，还可用Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC等数据库）结果都不一样，最终只有实验验证的才准确。
