在国自然项目和文章中，为了证明基因
A
对基因
B
的调控，我们一般都会分析一下基因
A
与基因
B
之间的表达相关性，
如果结果显示基因
A
与基因
B
之间存在显著强相关性（
P<0.05
，一般相关系数的绝对值需要大于
0.3
），这个相关性的数据可以作为
A
调控
B
表达的一个支持性证据：
当然，基于
A
调控
B
表达的假说，也可以一开始从数据分析进行筛选，而相关性分析一般也是其中一个筛选的指标，
然后基于相关性就可以初步筛选可能调控基因
B
的候选基因
A
了。
当然，在后续实验验证（比如把
A
沉默、过表达、抑制或者激活后检测基因
B
的表达）的时候就会出现题目中的问题：
虽然基因
A
与基因
B
表达上呈现强相关，但是怎么都验证不出来基因
A
对基因
B
的调控关系。
我们假定实验结果没有问题，即基因
A
沉默后确实没有影响基因
B
表达，然后简单分析一下可能的原因。第一个原因相信大家都能想到：
基因
A
在基因
B
的下游，而非上游
。这个比较好验证，反过来干预基因
B
以后看看基因
A
表达就可以了。
我们主要说一下其它影响基因表达相关性的一个重要原因：
基因
A
与基因
B
可能被共同的调控因子
C
所影响
，即转录因子
TF
同时调控了基因
A
与基因
B
的转录，
特别是很多在功能上成簇的基因，以及在染色质位置上很近的基因：
