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Nature | 卫星DNA形态与雌性减数分裂的染色质包装

BioArt  · 公众号  · 生物  · 2025-02-10 17:30

主要观点总结

本文研究了染色体着丝粒周缘区域的卫星DNA对染色质包装的影响。研究发现,卫星DNA的形态会影响染色质的包装方式,并介绍了HMGA1蛋白在这一过程中的作用。文章还探讨了不同小鼠模型中卫星DNA的差异以及它们对着丝粒功能的影响。

关键观点总结

关键观点1: 卫星DNA的形态影响染色质的包装方式。

研究表明,卫星DNA的形态通过适配保守蛋白来影响染色质的包装。其独特的DNA形状可以影响染色质的组织和功能。

关键观点2: HMGA1能够识别主要卫星DNA中的A+T富集区域。

HMGA1作为一种染色质结构蛋白,能够通过其AT-hook结构识别DNA的狭窄小沟,并维持主要卫星DNA结构的刚性。

关键观点3: HMGA1的缺失会影响细胞分裂。

当HMGA1缺失时,染色质会发生拉伸,影响纺锤体的组装,最终导致细胞分裂失败。

关键观点4: 不同小鼠模型中卫星DNA存在序列丰度和DNA形状上的差异。

研究人员比较了家鼠和阿尔及利亚鼠的卫星DNA,发现它们在序列丰度和DNA形状上存在显著差异,这些差异影响着丝粒和异染色质的功能。


正文

撰文 | 染色体

尽管着丝粒在染色体遗传过程中发挥着重要且高度保守的作用,但着丝粒及其周围的卫星DNA在丰度和序列上正经历快速进化 【1】 ,其具体影响尚不明确。

近日,来自美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的 Ben E. Black Michael A. Lampson 共同在 Nature 期刊发表题为 Satellite DNA shapes dictate pericentromere packaging in female meiosis (卫星DNA的形态决定了雌性减数分裂中着丝粒周围区域染色质的包装方式) 的文章。 研究表明, HMGA1通过识别DNA序列形态来调控着丝粒周缘区域的包装,而HMGA1的缺失会导致着丝粒周缘结构异常,进而影响纺锤体的组装。卫星DNA通过适配保守蛋白,维持着丝粒功能的稳定性。


在家鼠 (M. musculus) 和阿尔及利亚鼠 (M. spretus) 中,着丝粒和着丝粒周缘区域分别形成于小卫星和主卫星 【2】 ,但两者卫星DNA的相对丰度和染色质包装机制存在差异 【3】 。这些差异提示DNA序列可能会影响染色质的组织和功能,但具体机制仍不明确。M. musculus和M. spretus提供了研究这一问题的自然模型系统。

卫星DNA对染色质功能的影响

首先,研究人员发现,M. musculus和M. spretus两种小鼠的主要卫星 (major satellite) 和次要卫星 (minor satellite) 在序列丰度和DNA形状上存在显著差异,他们探讨了这些差异对着丝粒和着丝粒周缘异染色质的影响。结果显示,M. spretus的次要卫星丰度远高于主要卫星,而M. musculus的主要卫星丰度则更高。通过染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 分析,研究人员发现着丝粒主要定位于次要卫星,并伴随CENP-A富集,这可能与次要卫星中CENP-B盒的存在有关。与此同时,着丝粒周缘异染色质优先形成于丰度更高的卫星:在M. spretus上是次要卫星,在M. musculus上是主要卫星。进一步的分析表明, 尽管两种小鼠染色体的着丝粒周缘异染色质数量相近,但M. musculus的核内会形成DAPI富集的染色质中心,而M. spretus则未观察到类似结构。 这表明DAPI染色强度可能反映了主要卫星DNA的独特性质,而非单纯的DNA密度。通过分析DNA序列中的四核苷酸组成,研究人员发现,主要卫星中存在更多连续的A或T碱基段,形成了较密集的狭窄DNA小沟。这种DNA形状的差异可能解释了两种卫星在染色质组织和功能上的不同表现,这表明主要和次要卫星在结构和功能上具有显著差异。

HMGA1调控DNA形状识别与着丝粒功能

进一步的研究表明,DNA的形态特征为识别特定DNA结合蛋白提供了线索。HMGA1作为一种染色质结构蛋白,优先结合A+T丰富的DNA,通过其AT-hook结构识别DNA的狭窄小沟。分析发现,HMGA1在M. musculus中的主要卫星富集程度为次要卫星的两倍,并且在M. musculus × M. spretus杂交卵母细胞中,M. musculus的着丝粒异染色质吸引了更多的HMGA1。这种差异与主要卫星中连续A或T碱基段的更高密度一致,表明HMGA1通过DNA形状特异性识别主要卫星。通过抗体介导的HMGA1急性降解实验,研究人员发现HMGA1的缺失会导致M. musculus主要卫星的着丝粒异染色质发生显著拉伸,而次要卫星较少受到影响。这种拉伸依赖于微管的作用,且会导致着丝粒和微管结合不稳定,从而影响纺锤体的两极化组装,最终导致细胞分裂失败。此外,HMGA1缺失还会降低关键微管结合蛋白HEC1的水平,并增加了着丝粒聚集现象。在杂交卵母细胞中,HMGA1对M. musculus主要卫星的作用显著强于对M. spretus次要卫星的影响。这些研究表明,DNA形态介导的染色质包装对于着丝粒与微管结合的稳定性至关重要,突出体现了HMGA1在维持着丝粒刚性和调控纺锤体组装中的关键作用。

综上所述,该研究 表明, 着丝粒周缘区域的卫星DNA通过其独特的DNA形状影响染色质的包装。HMGA1能够识别主要卫星DNA中的A+T富集区域,并维持其结构的刚性。当HMGA1缺失时,染色质会发生拉伸,进而影响细胞分裂。该研究强调了HMGA1在主要卫星DNA包装中的关键作用。

原文链接:
https://doi.org/10.1038/s41586-024-08374-0

制版人:十一



参考文献


[1] Alkan, C. et al. Genome-wide characterization of centromeric satellites from multiple mammalian genomes. Genome Res. 21, 137-145 (2011).
[2] Wong, A. K., Biddle, F. G. & Rattner, J. B. The chromosomal distribution of the major and minor satellite is not conserved in the genus Mus. Chromosoma 99, 190-195 (1990).
[3] El Yakoubi, W. & Akera, T. Condensin dysfunction is a reproductive isolating barrier in mice. Nature 623, 347-355 (2023).


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