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多为内源性感染，以 泌尿系感染 为主，如 尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎 。

也可引起 腹膜炎、胆囊炎、阑尾炎 等。

婴儿、年老体弱、慢性消耗性疾病、大面积烧伤患者， 大肠杆菌可侵入血流，引起败血症。 早产儿，尤其是生后30天内的新生儿， 易患大肠杆菌性脑膜炎。

某些血清型大肠杆菌能引起 人类腹泻 。其中 肠产毒性大肠杆菌 会引起婴幼儿和旅游者腹泻，出现轻度水泻，也可呈严重的霍乱样症状。腹泻常为自限性，一般2～3天即愈，营养不良者可达数周，也可反复发作。 肠致病性大肠杆菌 是婴儿腹泻的主要病原菌，有高度传染性，严重者可致死。

细菌侵入肠道后，主要在十二指肠、空肠和回肠上段大量繁殖。此外， 肠出血性大肠杆菌 会引起散发性或暴发性出血性结肠炎，可产生志贺氏毒素样细胞毒素。