专栏名称: 小张聊科研
聊聊跟科研有关的感想心得,如基金,文章和实验。
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免费课堂:不想做实验,如何发一篇5分的文章?

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-05-08 18:56

正文

近期在 Nature 子刊 Scientific Reports 上看到一篇不错的文章。整个文章中,作者没有做任何“ 湿实验 ”,却顺利地发了一篇5分的文章,试问这又是如何做到的呢?



今天, 依凡 就带领大家,从“数据挖掘”的角度一起来看一下作者是如何实现的吧。


从题目中我们看到,作者研究的研究对象是lncRNA,所用的样本是多种肿瘤组织,研究方法是 共表达网分析 (co-expression network analysis)。


面对这样的题目,我们大家肯定会想到几个问题

第一, 如何获得肿瘤样本? 特别是多种不同肿瘤?临床工作者如果要收集肿瘤样本,一般是在自己科室完成,而很难去其他科室收集到不同肿瘤组织。

第二,就算是克服重重困难,获得了肿瘤组织,那下面又该 如何研究下去呢? 如何获得肿瘤组织中lncRNA的表达?要做全转录组测序吗?

第三,即使花了大价钱,做了测序,那又该 如何从这些海量的数据中获得自己想要的信息呢? 共表达网络分析又是什么鬼?


面对以上的这些难以克服的难题,作者是如何做的呢?


首先,为了解决数据来源的问题,作者从SRA, ERP这些著名的公共数据库上下载了4个数据集:


然后从数据集出发,开始后续的分析。


从简单的分析入手,例如寻找不同肿瘤组织中共同表达的基因:



找到差异表达基因,绘制热图:

以及高级的共表达网络分析:

以上的这些分析,有些是常用的分析手段,有些是较为高级的分析方法。

是不是觉得很简单很有趣呢,那么问题来了:我们 该如何理解这些图表;关键是我们自己如何才能实现这些图表呢?


那么,重点来咯!!!

依凡大大于 本周四 5月11号 晚上20:00-21:30,以腾讯课堂的形式先为大家带来一场 直播课 对该文进行重现。

依凡 希望借此能带领大家一起领略 数据挖掘的魅力 ,让你不做实验也能发文章哦。


心动不?激动不?期待不?

快快加入预报名群吧!!!







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