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“营改增”是近年来最重要的税收制度和最重要的改革成果。自去年5月以来，国家下了很大决心来推动“营改增”，社会各界也积极配合。目前来看，“营改增”工作取得了一些成效，这也意味着中国税制改革有了实质性进步。事实上，增值税从社会是一条产业链（也可看作是运输链或物流链）的视角出发，有助于避免重复征税。进项税和销项税的相互抵扣具有其合理性，制造业或类制造业（比如物流业）的运行环节本身就是一环扣一环，对进项税进行抵扣可以大大减少企业税负。因此，增值税的完整抵扣有助于促进服务业的专业化分工，加速了生产型服务业从制造业外包分离，解决了企业长期以来形成的“大而全”、“小而全”的问题。
不过，在政策实行的这段时期里，一些企业也反映了一些问题，今后还需要继续改进。各行各业都存在由多个运行环节构成的行业链条，对链条中每个环节征税的模式并不完全适合所有经济领域，比如金融，金融机构是实体经济和金融市场运行的载体，产品覆盖全社会，参与者也很广泛。而金融业的每个交易环节都是以资金为对象，虽然以虚拟形态存在，但却是社会财富的实际载体。从每个环节上抽去一定税收的话，可能会影响这个系统的正常运转，降低市场的活跃性。因此，我们不能简单地套用实物环节的征税模式。
全面推开“营改增”试点一年来，根据财政部门和税务总局的减税口径，全年减税总规模超过5000亿元。但是，也有测算显示，“营改增”带来的实际减税额度，在2016年只有2000亿-3000亿，2017年大约是3000亿-4000亿。两个数据之所以不同，有两个方面的原因：一是在消费环节价格基本不变的情况下，增值税减税红利转变为企业税前利润，按照25%的所得税率计算，企业实际得到的减税规模仅剩余四分之三。二是财税部门计算的减税幅度是对比改革前后法律法规文件所得的结果，并非不同税制下实际交税数额的对比。由于增值税的实际征管力度强于营业税，会扩大税基，“营改增”试点行业的实际税负可能不降反升，比如金融业中实施一般税法的银行业机构，实际税负一般增加15%-20%，最高增加31.62%。如果进一步完善营改增试点税负，增加行业的税负政策，可能减税额还能增加500亿-1000亿元。
金融业是全面推行“营改增”的四大行业之一。有商业银行反映，从政策发布时间和11个月的实施情况来看，本次银行业增值税改革推行时间较为仓促，减税效果不明显，并未解决增值税抵扣链条隔断的问题，导致政策博弈激烈，税收政策补丁不断。所有行业税负只减不增是本次“营改增”税改的基本原则，但从实际执行情况来看，商业银行本次税改之后税负并未下降。同时，在进项端可抵扣数额较少，一方面，存款利息支出不得计算进项抵扣；另一方面，作为智力密集型行业，商业银行的成本费用60%为人力费用，而人力费用也不得抵扣进项。此外，征税范围大幅度扩大（主要是同业业务和金融债），也大幅提高了银行业的实际税负。
对于这些问题外资银行也有同感。“营改增”从发文到正式实施，一共只有36个工作日。银行不可能收到发文才着手做，实际上，提前一年半银行就开始进行相关的投入。有外资行表示，当年投入的系统加上人力成本，总额大概是2400多万，这些都不可以抵扣，因为是在2015年发生的成本。当然，“营改增”后的46号文和70号文确实让银行和一些同业，在参与市场时，享受了更多的免税。
在细节上也存在一些值得注意的问题，比如银行的开票。包括税务人员也没有开票的经验，出台政策的人也不会太关注细节。从现在打票这方面来看，银行业代销业务是否需要开票？比如在银行代销基金产品时，投资者希望就其投资全额开具发票。但是银行在其中只是销售方，难以实现。再比如银行出售衍生金融产品时，没有办法判断对方公司的状况，也很难针对该金融商品进行开票。
目前物流行业税负增长比较快。物流业增值税税负一直是比较重的，主要有两个税目：一是增值税抵扣，货运企业需要给货主开11%的增值税发票，但是货运企业多是无车承运人，实际上让个体司机承担业务，所以只能按照小规模纳税人开3%的增值税发票，而且只能在车辆注册地之内开发票，在车辆注册地之外则不能开具发票。这就导致物流企业进项税抵扣不足。二是通行费抵扣问题，按照现行抵扣政策，经营性高速公路按照3%的税率进行抵扣，一级、二级公路桥按照5%税率抵扣，而政府还贷的高速公路无法提供增值税发票，物流企业反映大概50%左右的通行费拿不到发票，即使拿到票据按照3-5%的税率进行抵扣，和11%的货物运输税率相比，差距依然很大，所以物流行业税负增长比较快。
“营改增”对一些地方政府的收入带来一定的压力。“营改增”政策通过放水养鱼，对提高企业竞争力，加快产业转型升级起到积极促进作用。但是对地方政府来说，企业税负减轻意味着税收收入减少，这对地方财政收入造成直接冲击，而且由于不同地方产业结构和发展程度不同，“营改增”在一定程度上导致了区域性和行业性的税负差异。以黑龙江某市为例，该市四大行业营业税减收超过2亿，对于经济总量小，又处于经济转型攻坚阶段的地方政府来说确实是不小的压力。此外，改革红利和政策面并不大，实行“营改增”后，该市六个行业纳税人有1.15万户，占全省纳税人“营改增”总数的3.4%，规模比较小，不能抵扣进项税款，能够真正享受到的税收改革红利并不多，带动地方经济发展的作用不够明显。
此外，从操作层面看，推行“营改增”也存在一些困难。有些企业反映，如果税收始终具有较大的不确定性，说不清到底哪个能抵扣，哪个不能抵扣，到底应该交多少税，应该在什么时候交，应该在项目所在地交还是在项目注册地交，这就会带来很大的不确定性。这一方面体现在企业层面，另一方面也体现在税务机关层面。因此一个确定的税率和抵扣项对于税务机关和企业来讲都更具操作性，也有助于降低成本。
第一，补充增值税税收优惠措施，扩大免税业务范围。具体包括四个方面：一是对公司信用类债券利息收入免征增值税，鼓励直接融资市场发展。二是采取权责发生制原则，票据贴现业务按照持有时间缴纳增值税。三是对90天以内应收未收利息征收增值税后，逾期90天后转表外，应允许银行冲减当期利息收入，待实际收回时再缴纳增值税。四是对国内金融机构境外发债免征增值税等预提税，这样既可以降低金融机构的融资成本，又可以通过降低0.5个单位的税负吸引100个单位的资本流入，稳定汇率预期。
第二，减少进项税抵扣障碍，实现应抵尽抵。具体包括两个方面：一是针对财务年度比营改增试点时间差异导致的抵扣难题，出台统一的税收抵扣政策。二是政府部门收取的各项费用，比照农产品发票、通行费发票，按照政府收费凭证注明的金额计算扣除进项税。
第三，从制度层面确保银行业税负只减不增。即使采用上述前三条建议，受贷款义务、 税率上升等因素影响，营改增后，银行业金融机构总体税负仍将有所上升。为确保银行业税负只减不增，短期内对超过营业税税负水平的，部分实施税收返还，即即征即退的政策，从中长期看，应尽早实施借款利息可抵扣进项税的政策，彻底打通增值税抵扣链条。最后，还应注意降低税收征管操作成本。
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