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R txdb创建与读取

VG生信软件 · 公众号 · · 2018-04-16 17:30

正文

txdb初识

谈到txdb，不得不提两个包，"GenomicFeatures"和“Txdb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene”,这两个包都是用来创建Txdb对象。

有的人用的是hg19，这里我采用最新的hg38，操作函数都是一样的，只是所包含的信息更多。

使用R加载两个包

首先把这两个包安装起来，接下来一步步来看Txdb究竟是什么东西。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicFeatures")
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene")

查看GenomicFeatures所包含的txdb对象，实际上只是下面一个包的子集。
查看所有的信息，我们需要加载第二个包。

library('GenomicFeatures')
samplefile"hg19_knownGene_sample.sqlite", package="GenomicFeatures")
txdb

可以看到其只包含178个转录本，620个外显子，信息是很少的。

接下来要加载hg38全部基因组信息

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
txdb txdb

可以看到无论是外显子，转录本还是编码区都是最多的，因为这是hg38整理好的全部基因组信息。

这里面有几个最常见的函数：

genes(txdb)exons(txdb)
transcripts（txdb）
cds（txdb）

可以看到genes函数，提取24183个基因信息，

exons(txdb)

而用exons函数可以提取这个txdb对象的exons信息，共289969个exon

transcripts(txdb)

可以提取转录本信息，共197782个转录本

还有cds函数等来提取到cds的信息

这里的图片我就不一一展示了，感兴趣的同学，可以自己试一下，其他函数

注意一点：无论什么函数返回的对象都是一个Granges对象

如何创建txdb对象

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