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顶刊速看:柳叶刀子刊eClinicalMedicine IF=18.9基于深度学习框架的自动肺部CT分割和急性呼吸窘迫综合征预测

AI与医学  · 公众号  ·  · 2024-10-03 09:22

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0 前言

选刊:大壮

整理:小帆,大壮


IF最新是9.6,学习一篇草稿箱里的稿子。研究使用深度学习实现了肺影响自动化分割和ARDS自动分类,适合模仿学习。


0.1 论文信息


0.2 期刊信息


0.3 研究背景

(1) 急性呼吸窘迫综合征 (ARDS)是一种在重症监护病房(ICU)中高发且致命的疾病。


(2) 期识别高危患者对及时干预和改善临床结果至关重要。 由于ARDS复杂的病理生理机制,早期预测具有挑战性。


(3) 研究利用深度学习技术对肺部CT图像进行自动分割,并预测急性呼 吸窘迫综合征(ARDS)。


1 研究介绍

1.1 目的

(1)急性呼吸窘迫综合征(ARDS)在重症监护病房(ICU)住院患者中具有很高的发病率和死亡率。


(2)开发一种人工智能(AI)模型,用于自动肺病灶分割和ARDS的早期预测,以便在重症监护病房中及时进行干预。


1.2 方法

(1)本研究纳入了2018年11月至2021年11月期间在中国三家中心的共928名接受胸部计算机断层扫描(CT)检查的ICU患者。


(2)开发了一种基于深度学习的 UNet Transformer (UNETR)模型框架。 采用各种 数据增强技术 ,使用医学开放网络人工智能(MONAI)框架。


(3)将深度学习框架的性能与基于Densenet的图像分类网络进行了比较,并在外部和前瞻性验证队列中进行了评估。


(4) 分割性能 通过Dice系数(DC)评估, 预测性能 通过接收者操作特性曲线下面积(AUC)、敏感性和特异性评估。


1.3 结果

(1)在 验证集 中,使用深度学习框架进行的分割任务达到了0.734 ± 0.137的DC。


(2)在 预测任务 中,基于深度学习的框架在内部验证队列、外部验证队列I、外部验证队列II和前瞻性验证队列中的AUC分别达到了0.916 [0.858–0.961]、0.865 [0.774–0.945]、0.901 [0.835–0.955]和0.876 [0.804–0.936]。


(3)在 预测准确性 方面,它优于基于Densenet的图像分类网络。


(4)ARDS预测模型识别出肺病灶特征和临床参数(如C反应蛋白、白蛋白、胆红素、血小板计数和年龄)是ARDS预测的重要贡献因素。


2 数据介绍


2.1 数据信息

(1)本多中心队列研究包括了来自三家医院重症监护病房(ICU)的928名患者。 整体患者群体 中,ARDS(急性呼吸窘迫综合症)的发生率为29.5%(274/928)。


(2) 纳入标准 (符合任一即可)

  • 被诊断为脓毒症或脓毒性休克;

  • 经历严重创伤;

  • 经历误吸;

  • 被诊断为重度急性胰腺炎;

  • 需要大量输血,定义为单次输血量超过患者自身血容量的1到1.5倍,或在1小时内输血量超过患者自身血容量的一半,或输血速率超过1.5 ml/(kg⋅min);

  • 被诊断为重度肺炎;

  • 吸入有毒气体。


(3)排除标准

  • 年龄小于18岁;

  • ICU住院时间少于48小时;

  • 无CT图像或CT图像质量低下。


(4)数据来源

①回顾性队列

  • 医疗中心1:提供了500名患者【 发生率为29 .0%(145/500) 】和149,508张CT切片的数据,其中350名患者的数据用于训练,150名患者的数据用于内部验证。 训练组和内部验证组患者的中位年龄为67岁。


  • 医疗中心2:提供了155名患者【 发生率为30.3%(47/155) 】和46,211张CT切片的数据,作为外部验证组I。


  • 医疗中心3:提供了92名患者【 发生率为34.8%(32/92) 】和26,785张CT切片的数据,作为外部验证组II。


前瞻性队列

从医疗中心1收集了181名患者【 发生率为27.6%(50/181) 】和54,119张CT切片的信息,用于前瞻性验证。


训练组和内部验证组患者的基线特征


2.2 方法细节

(1)ARDS的诊断

研究内容:急性症状发作、胸部影像出现双侧浸润未完全解释为积液、肺叶/肺萎陷或结节、呼吸衰竭未完全归因于心脏衰竭或液体超负荷、PaO2/FiO2比值≤300 mmHg,PEEP至少为5 cm H2O。


(2)成像预处理与CT图像手动分割

  • 手动分割 使用了3D Slicer,


  • 分割标签 选择了代表重症患者常见肺部CT病变的图像,包括磨玻璃影、实变、肺纤维化和胸腔积液。


  • 分割结果 由具有多年临床经验的资深重症医学医生进行标注和审核。


  • 使用NVIDIA开发的 医学开放网络(MONAI)框架 ,通过数据增强扩展数据集,提高深度学习模型的训练样本多样性。


  • 增强过程 包括尺度强度范围调整、随机裁剪、随机仿射变换、随机翻转、随机旋转和随机强度调整。

(3)自动化肺部CT分割框架

  • 采用 UNETR架构 作为自动化肺部CT分割框架的基础。


  • 在训练和评估自动化肺部CT分割框架时,使用 滑动窗口推断(SWI) 方法,将模型产生的分割输出重新组合,并与真实标签进行比较。


  • 使用 组合损失函数 ,将dice损失与加权交叉熵结合在像素级别。


  • 使用 AdamW优化器 ,初始学习率为1e-4,权重衰减为1e-5。

(4)肺部CT分类网络

  • 开发一个基于DenseNet架构的 3D图像分类网络 。该网络使用原始未分割的CT图像作为输入,并预测ARDS的风险。


  • 在研究过程中发展了ARDS的患者CT图像被标记为 阳性样本 ,而未发展ARDS的患者CT图像则标记为 阴性样本


  • 该网络使用 MONAI框架 实现,该框架针对高效医学影像任务进行了优化。


  • 模型利用 交叉熵损失函数 进行优化,并采用 Adam优化器 ,初始学习率为1e-4,以确保有效的学习进展。



(5)ARDS预测模型与数据整合及解释

  • 模型开发与比较(7种): 逻辑回归(LR)、K近邻算法(KNN)、高斯朴素贝叶斯(GNB)、随机森林(RF)、极端梯度提升(XGB)、AdaBoost(ADB)和梯度提升决策树(GBDT),以预测ARDS。

  • 肺部病变分割与3D重建: 开发肺部病变分割模型,并对分割CT图像进行了3D重建

  • 病变参数计算与数据整合: 计算病变参数,将病变数据与患者的临床信息和实验室检查结果整合在一起。

  • 模型性能评估: 评估七种机器学习模型的性能,确定预测ARDS的最佳准确度模型。

  • 结果可解释性: 使用Shapley解释图可视化


3 结果

3.1 自动化肺部病变分割模型的评估

(1)自动化肺部CT分割模型在25,000次迭代中训练损失逐渐下降,表明学习过程逐步进行并趋于 收敛

(2)在测试集中,自动化分割模型的DC为0.734,表明在病变边界描绘方面相较于人类专家具 有较高的准确性

3)肺野、磨玻璃密度、实变、肺纤维化和胸腔积液的DC值分别为: 0.967 ± 0.098,0.741 ± 0.131,0.756 ± 0.157,0.629 ± 0.018,和0.701 ± 0.201。


ARDS预测自动化AI分析框架


3.2 使用量化的肺部病变参数和临床数据预测ARDS

(1)在仅使用 肺部病变参数 的模型中,XGB模型表现最佳,AUC为0.860,95%置信区间(CI)为0.783–0.930。


(2)在 综合数据 的模型中,XGB模型的表现更为优越,AUC为0.916,95% CI为0.858–0.961。

(3)将一般临床信息和实验室测试结果纳入机器学习训练数据集中,可以显著提高ARDS模型的整体预测性能。


3.3 ARDS预测模型的外部和前瞻性验证

(1)该 模型 在所有验证队列中均表现出强劲的性能。

(2) 内部验证队列 AUC为0.916,95% CI为0.858–0.961。

外部验证队列I AUC为0.865,95% CI为0.774–0.945。

外部验证队列II :AUC为0.901,95% CI为0.835–0.955。

前瞻性验证队列 :AUC为0.876,95% CI为0.804–0.936。


3.4 ARDS预测模型的图形解释

(1)病变特征 是ARDS预测的重要贡献因素。

(2)几个临床参数(如C反应蛋白(CRP)、白蛋白、胆红素、血小板计数和天冬氨酸转氨酶(AST)水平)及一般临床特征(如年龄)也在ARDS预测中发挥了重要作用。


3.5  基 于Densenet的CT图像分类网络性能

(2)在内部验证集中, CT图像 分类网络实现了0.796的AUC,95% CI为0.712–0.879。

(3)混淆矩阵显示了良好的预测能力,但其性能明显低于基于综合患者临床信息和实验室测试结果的ARDS预测模型。

(4)通过DeLong检验,比较了Densenet模型和XGBoost模型的AUC值,P值为0.002,表明两模型的性能存在统计学上的显著差异。

4 学习心得

(1) 基于深度学习的AI模型,在自动化肺部CT图像分割和ARDS早期预测方面显示出了卓越的准确性和鲁棒性。

(2)未来的研究应关注通过 联邦学习 集成多中心数据,并将模型部署在边缘计算设备上,以增 强其在实际应用 中的适用性并改善ICU患者的预后


引用

[1]Zhou Y, Mei S, Wang J, et al. Development and validation of a deep learning-based framework for automated lung CT segmentation and acute respiratory distress syndrome prediction: a multicenter cohort study[J]. eClinicalMedicine, 2024, 75.


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— THE END —

排版:大壮

美工:大壮

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