文献里那些一脸懵逼的图：转录因子

过完节了，要回到实验室了，当然，说不定，你都没出过实验室。

看文献的时候，很容易遇到一些你可能觉得比较怪的图，总是会一脸懵逼。

没关系，等你看多了文献…………自然就会习惯这种懵逼了。比如下面这种图：

这种图一般是出现在转录因子研究的文献中的ChIP-Seq图，那首先我们要看，啥是转录因子呢？

转录因子就是能结合在基因的启动子区域，可以启动基因表达，或者操纵基因表达，或者，应该有的可能会堵在前面阻碍基因表达的。

当然，在序列上转录因子不光会结合启动子区，还会结合在Enhancer，也就是促进子之类的元件上。

说简单点，就是转录因子，就是一种能结合在DNA上的蛋白。

于是就产生了这样的技术，用抗体固定在大珠子上，然后把转录因子的蛋白质沉淀下来。沉淀的过程中，把染色质的DNA消化成片段，这样就能顺带着转录因子，把它结合的DNA序列拉下来了，这个就是ChIP，染色质免疫共沉淀。

由于被拉下来的片段，即使是同一个区域，也有长有短。

所以会把这需要分析的片段上的蛋白先洗脱下来，然后去测序。测序结果会被拼回到染色体的基因组DNA序列上，这样，拼回去次数越多的片段，就会显示信号读值越高。自然结合这个转录因子的序列，在ChIP过程中会被拉下来更多，读值就会越高，不结合的话，ChIP就拉不下来，也不会有读值。

那问题来了，为啥这个图上还有负值呢？呃，那当然是结合在反义链上的咯～一般来说，文献中的这类ChIP-Seq图，就是可能也就是为了说明这么几种内容：

1）这转录因子能结合这基因启动子区

2）经过处理后转录因子结合能力变差

3）两种转录因子同时能结合在同一片段上，可能这俩有一腿

当然ChIP-Seq还会通过分析这个转录因子结合的最高的频次的基因序列，分析出大概的结合位点，就像这样：

这些都在JASPAR上可以查到，当然JASPAR也能分析序列。

李莫愁博士：转录因子的图能看懂了么？一般来说，转录因子研究的文献中大多都有类似这样的图。看懂了就能一眼扫过大概明白是什么意思了。好了，今天就先策到这里吧。

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