专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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推荐三本学习R画图的免费好书

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2019-10-22 08:00

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絮叨几句近况

最近一直有点抑郁(至少3个月),于是在寻求心理咨询师帮助的同时,也积极寻找别的方法,比如一日一图。寻找现实生活的美,一方面也许可以让我更多将注意力转移到真实生活,而不是在自己对没发生的事情的焦虑中沉沦。另一方面,规律地做一些事情,据说可以增加对生活的掌控感,从而缓解焦虑。另外立下一个flag,每周一更,然而第3周,flag就倒了(捂脸哭)。

最近状态已然好了很多。原因未知。最近看到一篇文章 《我的时间我浪费》 ,不能同意更多了。

“有用”,主导了我一直以来的生活:我需要很有效率,这样才能做出成绩,做出成绩我才会有用,有用我才能在这个世界上存活下来。

在我过去的整个人生里,不论世界观还是价值观,“有用”都是一个特别重要的词汇,因为从小到大我听到看到的大人们处世法则,都是你有没有用,你提供了什么样的价值。
甚至我所处的很多圈子里,挺多人也是把“我要改变世界,我要提供价值”来作为最重要的事情去追求。因此,我一直不认为这个世界会允许一个“没用”的人生存得很好。

我更看重的是心境的自由自在,是平等,是公正,是善良。但同时,我又会担心,世界是否会因此觉得这样散漫的我“没用”?

对时间最好的利用,就是做自己想做的事情,并且全身心的享受每一刻。

emmm,扯远了。

我向来喜欢画图(画一个美美的图,很有成就感,有木有!有木有!),由于一些不足为外人道的原因,我想开始深入学习R(包括画图、统计、提高编程能力、机器学习,了解R的一些底层的逻辑等等),然后决定更一个系列。也许会跟着一本书,一路学下来,更一些笔记。也许会根据日常所需的一个图,学到了什么,然后记录。我不知道。也不知道会学多久或者写多久。但,我可以决定出发。

我也不介意是否有观众:一个人看过,10 个人看过,还是 100 个人看过,都无所谓。……把它留下来,这个过程本身,就足够了。
—— 《我的时间我浪费》

3本书学习R的好书

R Graphics Cookbook, 2nd edition(作者:Winston Chang)


  • 免费在线版: https://r-graphics.org/

有很多常用图(柱形图、线形图)的超过150个的具体案例代码,可以方便跟着学习实现或者当想实现一个图某些方面时候,用来查查。


现代统计图形(作者:谢益辉)

  • 免费在线版: https://bookdown.org/xiangyun/msg/

  • 对应代码-Github: https://github.com/XiangyunHuang/MSG-Book

同样有非常详实的案例和代码可供学习。


Fundamentals of Data Visualization

  • 免费在线版: https://serialmentor.com/dataviz/

  • 对应代码-Github: https://github.com/clauswilke/dataviz


Even though nearly all of the figures in this book were made with R and ggplot2, I do not see this as an R book. I am talking about general principles of figure preparation.








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