Alport综合征有多种遗传模式,约80%的病例是由COL4A5基因突变引起的,并以X连锁显性遗传,该基因位于两条性染色体之一的X染色体上。在男性(只有一条X染色体)中,每个细胞中COL4A5基因的一个拷贝的改变足以引起肾衰竭和其他严重的疾病症状。在女性(有两个X染色体)中,COL4A5基因的一个拷贝中的突变通常仅导致血尿,但是有一些女性也会表现更严重的症状。X连锁遗传的特征是患病父亲不会将遗传病遗传给儿子。
在约15%的病例中,Alport综合征来自COL4A3或COL4A4基因的两个拷贝的突变,并且以常染色体隐性模式遗传。具有这种病症的患者的父母各自携带有突变基因的一个拷贝,称为携带者,有些携带者不受影响,另一些则发病不太严重,称为基底膜肾病,以血尿为特征。
约5% Alport综合征患者为常染色体显性遗传,该种类型患者在每一个细胞里或者COL4A3或者COL4A4基因上携带有一个突变。目前尚不清楚为什么同样在COL4A3和COL4A4基因的一个突变,有些人表现为常染色体显性遗传Alport综合征,而有些人仅表现薄基膜肾病(游侠补充最近发现在COL4A3和COL4A4存在双基因遗传,即患者携带一个COL4A3突变一个COL4A4突变)。