Science今年9月13号推出一篇文章：Autoregulated splicing of TRA2β programs T cell fate in response to antigen-receptor stimulation。主要讲的是T细胞如何通过RNA结合蛋白TRA2β的剪接来响应抗原受体刺激。
这篇文章就做了1个机制——可变剪接，可变剪接是啥大家还记得吗？
可变剪接是指DNA基因序列在转录后，其前体mRNA（pre-mRNA）在剪接过程中可通过不同的方式切割和重新连接，从而产生多种不同的成熟mRNA剪接异构体，这些异构体翻译后可以产生结构和功能不同的蛋白质。
查询可变剪接中标基金，发现虽然中标数量不多，但每年稳步增长。
下面我们首先带着这几个问题看看他们是怎么做可变剪接的：
问题3：怎么把可变剪接与T细胞功能联系上的？
这里他们针对性地研究RNA结合蛋白（RBP），原因有二：
1 RBP具备剪接功能：前期研究发现RBP对pre-mRNA的可变剪接与T细胞活化有关。
2 RBP自我剪接功能：许多RBP的基因中存在毒药外显子（PE），PE含有提前终止密码子，当RBP的pre-mRNA的PE被可变剪接掉，RBP才能正常表达。
因此如果研究RBP的话，可以得到这样的调控轴：RBP的PE被可变剪接，导致RBP表达升高，RBP接着剪接靶基因的pre-mRNA，调控靶基因表达。问题2：为什么要研究T细胞响应抗原受体刺激？
1 TCR敏感性如何被调节尚不明确
在免疫反应过程中，T细胞克隆扩增、效应分化和存活是由MHC分子呈递的抗原衍生肽引起的，这些肽被T细胞受体（TCR）识别，TCR的敏感性决定了T细胞对抗原的反应。然而，T细胞如何调节TCR敏感性仍是一个悬而未决的问题。
2 RBP介导的可变剪接可能调节TCR敏感性
前期研究结果表明：
1）共刺激信号诱导RBP进行转录后选择性剪接，从而产生特定的RNA异构体变化，从而优化CD8+T细胞效应功能。
2）中断RBP诱导的选择性剪接会破坏T细胞活化.
因此，TCR敏感性可能由RBP介导的可变剪接在转录后进行调节。
问题3：怎么把可变剪接与T细胞功能联系上的？
1 找到与T细胞功能最相关且具有PE的RBP
他们利用CRISPR-Cas9技术敲除CD8+T细胞中的10个候选RBP，找到了可以促进T细胞扩增且具有PE的TRA2β和SRSF1。
2 验证PE的可变剪接是否与T细胞响应抗原刺激有关1）T细胞经抗原刺激前后，RBP的PE是否发生可变剪接。
通过分析初始T细胞和效应T细胞的RNA测序数据，发现在效应T细胞中，Tra2β的PE区域显著被剪接掉。
2）RBP-PE可变剪接对T细胞响应抗原刺激的反应有何影响？
这里他们通过ASO技术阻断TRA2β-PE元件的剪接，发现TRA2β-PE ASO可减少TRA2β蛋白产生，抑制T细胞的激活、扩增和细胞因子产生。
以上提示TRA2β-PE的剪接是TRA2β蛋白的产生以及人类T细胞响应抗原刺激所必需的。
问题4：T细胞经受抗原刺激后，TRA2β-PE为何会被剪接？
前面提到TCR的敏感性决定了T细胞对抗原的反应，因此这里他们关注受TCR信号强度调节的mTOR信号。
他们利用Torin抑制mTOR信号，证明TCR触发的mTOR信号诱导了Tra2β-PE的剪接。
问题5：TRA2β-PE被剪接后，是如何影响T细胞功能的？
为了确定TRA2β蛋白可能调控的基因，他们对CD8+T细胞的TRA2β进行敲除，使用RNA测序确定了TRA2β影响的可变剪接变化（TRA2β蛋白本身具备剪接pre-mRNA的功能）。最后发现，TRA2β通过剪接RNA来调节参与TCR信号通路的基因转录本。
当T细胞受体TCR接收MHCⅠ类分子呈递的抗原，RNA结合蛋白TRA2β的毒药外显子PE区域经可变剪接被移除，TRA2β蛋白表达升高，TRA2β介导TCR传导信号pre-mRNA的可变剪接，促进T细胞的激活、扩增和存活。看完这篇文章，如果做可变剪接，我们该怎么设计？
1）选择具有剪接功能的分子：如RBP，其他的还有剪接体、Serine/arginine-rich （SR）蛋白和剪接因子等等。
2）利用ASO技术抑制剪接过程，分析剪接是否与疾病有关：反义寡核苷酸（ASO）可以通过与pre-mRNA的特定区域结合，影响剪接因子的识别和结合，从而改变pre-mRNA的剪接模式，导致不同剪接异构体的产生。
3）调控剪接分子表达，找到剪接分子的靶基因。
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