尽管德国的医疗卫生服务体系比较完善，但近些年来仍然一直在不断推行各项改革。进入新世纪以来，德国在2004年、2007年、2011年、2012年、2013年进行了5次比较重大的医疗改革。其医疗改革的基本目标包括减少政府财政支出、强化医疗服务提供者的竞争、提高医疗服务质量与效率、减少医疗服务的不平等性等方面。
2004年医改：减少法定医保基金赤字
由于法定医疗保险基金赤字严重，法定医疗保险费率不断增加，从2001年占总工资的13.5%到2003年占总工资的14.3%，再加上医疗服务效率与质量问题，德国在2004年1月1日正式实施《法定医疗保险现代化法》，拉开了2004年医改的序幕。
2004年医改措施包括：（1）减少成本或转移费用。如减少法定医疗保险受益项目，包括购买非处方药、眼镜以及某些病人的交通费用等项目。（2）对于药品部门的费用进行控制。例如，对专利药物设定参考价格（非处方药价格可自由设置）、引进药品电子商务、药剂师附加费固定为8.10欧元等。（3）设立联邦联合委员会。
此外，德国2004年医疗改革措施还包括增强病人的个人权利与集体权利、重组较小的地区法定医疗保险医师协会并要求所有协会配备全职经理等。
德国2004年医疗改革被认为是二战后德国社会保障制度一次较大规模的改革，旨在减少医疗保险基金赤字，稳定法定医疗保险费率，并且提高医疗服务的效率与质量。通过这次医疗改革，德国医疗保险费率得到了降低，从2003年占总工资的14.3%降到了2006年占总工资的13%，而且医疗保险开支也有所降低。许多法定医疗保险基金开始扭亏为盈。
2007年医改：结构性改革兼顾效率与公平
以2007年4月1日实施的《法定医疗保险强化竞争法》为标志，德国开始了新一轮医改。这次医改方案是大联合政府中两派政治力量妥协的产物。德国总理默克尔对大联合政府就医疗改革基本达成一致表示高兴并指出，通过医疗系统的结构性改革，国家将会节省大量资金。
2007年医改措施包括：（1）增加法定医疗保险服务目录。更多、更新的医疗服务形式出现在法定医疗保险的服务目录中，例如被保险人能够得到诸如家庭医生集中方式的医疗服务、预防注射、个性化的医疗服务管理和老年人健康恢复服务。（2）设立健康基金。医疗保险费由疾病基金负责收取，并最终统一交到于2009年建立的健康基金即“中央再分配池”。（3）确立医疗保险普遍义务，采用标准化保险费率。（4）建立风险结构平衡机制。为了平衡一些疾病基金因特定严重、慢性、疑难疾病而增加的资金支出，此项改革调整了风险结构补偿方案，建立了风险结构补偿机制。另外，《法定医疗保险强化竞争法》扩大了联邦联合委员会的监管职权，在质量保证、专业的姑息门诊护理、免疫接种等方面，联邦联合委员会具有监管权。
德国2007年的医疗改革既强调效率，也强调公平，不仅减轻了国家对疾病基金的财政投入负担，强化了疾病基金之间的竞争，而且保障了少数患有严重、慢性、疑难疾病的病人的权利。
2011年医改：建立更加公平、透明高效的医保体系
由于德国老龄人口的不断增多，再加上由于失业人数增加导致缴费人群减少，许多疾病基金仍然是入不敷出。尽管德国政府每年为法定医疗保险投入高达约140亿欧元的补助，但仍然是不够的。为了解决法定医疗保险的财政亏空问题，并且建立一种更加公平、透明高效、稳定的法定医疗保险体系，经过激烈讨论，联盟党、自民党执政联盟终于就法定医疗保险改革方案达成了一致。
2011年医改措施包括：（1）统一设定医疗保险费率。医疗保险费率不再由联邦政府每年进行设定，而是统一为15.5%，即被保险人缴纳税前收入的8.2%，雇主缴纳7.3%。（2）重新规制附加费用。（3）引入社会补贴金。为了减轻低收入者的经济负担，允许在平均附加费用的基础上进行调整。（4）进一步强化不同疾病基金之间的竞争。（5）调整了药品生产商对药品的折扣规定，规范了新药的报销规定，颁布了《药品市场改革法》。
