一年半之后的一九四〇年四月,批判再次开始。与第一次将顾颉刚与胡适“绑在一起”进行批判不同,这次的批判完全是针对顾颉刚个人的。
一九三九年二月十三日,辗转来到西南的顾颉刚在《益世报·边疆周刊》第九期发表了《中华民族是一个》,在此文的结尾,他大声疾呼:“我们从今以后要绝对郑重使用‘民族’二字,我们对内没有什么民族之分,对外只有一个中华民族!”由于此文所论触及了当时人人共同关注的民族救亡的历史重大问题,故一经发表,便引发了抗战期间有名的关于“中华民族是一个”的学术论争。这场论争引起了翦伯赞的关注,他在看了顾颉刚答费孝通的文章后,撰写了一篇题为《论中华民族与民族主义——读顾颉刚续论〈中华民族是一个〉以后》(《中苏文化》一九四〇年第六卷第一期)的文章。他先是指出,顾颉刚把中华民族当作一个问题而提出,在当时是非常重要的,但是,“问题这样的提出似乎就不太正确”。因为,这一命题“就包含着否定国内少数民族之存在的意义,然而这与客观的事实是相背离的”。之后则认为顾颉刚的民族理论也存在一些“错误”。这些“错误”分别是:“民族”与“民族意识”的混同,“民族”与“国家”的混同,“民族混合”与“民族消灭”混为一谈,“种族”与“民族”的错误解释,以及未能看到“民族”形成的本质。总之,在翦伯赞看来,顾颉刚提出的“中华民族是一个”,是一个有着现实意义的关键性问题,但他的具体看法则存在很多的“错误”。
这里有必要指出的是,面对唯物史观派的不断挑战,史料派往往都会采取置之不理的态度。与其他史料派代表人物一样,顾颉刚也没有对翦伯赞的这两次批判做出任何的回应。推论此中原因,可能是因为顾颉刚并没有看到《历史哲学教程》和《论中华民族与民族主义》。退一步讲,即使顾颉刚看到了这些论著,也不会予以反击。因为,就《历史哲学教程》而言,顾颉刚不仅早在二十世纪二十年代便出版了颇受好评的《本国史》,而且往往借助“甲骨金石文字”进行古史研究,故翦伯赞所言及的“他始终没有力量写成一部中国的古史”以及“拒绝研究甲骨金石文字”的说法,可谓无从谈起。再就《论中华民族与民族主义》来说,诚如有学者指出的:“翦伯赞对顾颉刚的批评也存在一定的片面性,对顾氏观点的合理成分没有给予应有的肯定,个别论断也有点简单化。”(周文玖、张锦鹏:《关于“中华民族是一个”学术论辩的考察》,见《民族研究》二〇〇七年第三期)总之,面对翦伯赞的这两次批判,非顾颉刚不答也,实在无须辩护也。