对大家来说，我们常常面临的一个问题就是：如何根据自己关心的疾病或者研究主题选择信号通路以及分子，今天我们先来介绍一个网站来解决这个问题。
网站名字叫
WikiPathway
：http://www.wikipathways.org
上面是文章的主页，我们可以搜索也可以浏览相关的通路，比如我们想看与心脏发育有关的通路和分子，在Search这个搜索框中输入heart development就好了：
这是出来的结果：
这里我们就看到了116条相关的通路，其中不仅有人类的，还有牛和小鼠的：
这个是人心脏发育有关的通路，我们看到这个列表里面不仅有基因的，还有miRNA的名字（蓝框标注）。另外，页面下面是这条通路中的基因：
这个是搜索功能，简单好用。
下面我们接着来介绍另外一个功能：
如何把基因表达的结果在信号通路图里面标注出来
，即自己绘制下面的图：
使用的工具是Pathvisio：
下载地址：
https://www.pathvisio.org/downloads/，下载安装后这是主界面：
我们需要使用一个文件
tutorial_files
下载链接：
http://www.pathvisio.org/data/tutorials/tutorial_files.zip
这个是文件的内容：
excel文件的内容是基因的表达结果：
接下来我们把excel保存为txt格式的文本文件：
下面我们首先打开通路：
file——
open，选择Mm_Apoptosis.gpml文件，是这样的：
然后我们把表达的数据导入：
然后选择刚才转换的txt文件，Gene database选择Mm_lite.pgdb文件：
接下来的操作默认选择即可，最后的界面：
一共识别了1307个基因，对应的通路图也变成了这样：
接下来我们进行设置：Data-Visualization options:
重点来了：在下面的候选框里面选择log Fold EBvsES，是EB和ES
两组的表达倍数结果，然后在color set右侧的下三角处选择modify：
选择红绿色显示：
单击OK后就变成这样了：
这里我们标注的是基因表达的倍数在通路里面的结果，其中一个基因出现多个颜色是因为多条探针对应到这个基因，而这些探针的结果则是不同的。
当然还可以标注P值和校正的P值：
通路图就变成这样了：
左侧的红绿图是倍数，右侧的蓝黄色是P值。
最后，我们安装PathVisio的插件后还可以直接看各种通路图：
小鼠里面与细胞周期cell cycle相关的通路找到87条：
可以直接双击查看：
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