不用R如何作热图

本期为大家介绍一种不用R也能作热图的方法。这时需要用到HemL这个软件。

1. 软件的下载。我们可以通过网址http://hemi.biocuckoo.org/进行该软件的下载。可以看到，各个系统的版本都有，点击相应的链接进行下载即可。

2. 软件的安装。这个就不多说了，一步一步安装就行，选择默认选项。安装完的图标如下图所示。

3. 下面我们简单演示一下如何用这个软件做热图。

3.1 打开软件后如下图所示，点击左上角File选项里的Load导入数据（数据可以提前保存为csv格式）。

3.2 导入文件后会出现如下图所示那样，因为这里的演示数据中行和列都有了名称（行名称可以认为是不同基因的名称，列名称可以认为是不同的样本），我们将下方Y-axis title, X-axis title都选中（代表热图里的横纵坐标的名称），选择Auto select，它就直接选中了数值部分（下图黄色阴影部分）。

3.3 点击Finish，最原始的热图就出来了，如下图所示。

3.4 图形调整。

下方可以调整整个图形的角度，横纵坐标名称的位置（处于上方还是下方、左方还是右方）、角度等。

右侧的Set可以设置颜色，比如表达量低用什么颜色，表达量高的用什么颜色等。

另外一个比较重要的可以对图形进行调整的就是左上角的Option选项，该选项里有3个选择，分别为Statistics, Note和Bar。

Statistics可以选择聚类时的不同算法；

Note可以调整每个基因或者每个样本名称的颜色；

Bar这个选项里可以将颜色人为地赋予适当的值。

大家在使用这个软件时需要注意的是，点击完调整的选项后，必须点击右侧的REFRESH，才会显示出调整之后的图。

有需要的小伙伴可以尝试一下。

参考文献：

Sun Y , Wang C , Sun X , et al. Proteomic analysis of differentially expressed whey proteins in Guanzhong goat milk and Holstein cow milk by iTRAQ coupled with liquid chromatography-tandem mass spectrometry[J]. Journal of Dairy ence, 2020.