问题描述

今天在使用 Seurat 包跑数据的时候，画PCA图，tSNE图和UMAP无论如何也不出图报错如下

DimPlot(scRNA, group.by = "orig.ident", reduction = "umap", label = T)
Error in Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc) : '==' only defined for equally-sized data frames

问了gpt照着他的说法去做依旧没结果：

最后调用 DimPlot 函数时，代码中会出现错误。错误消息“== 仅针对相同大小的数据帧定义”表示两个数据帧的大小不同。DimPlot 函数用于可视化主成分分析 (PCA) 的结果，选项 group.by="orig.ident" 指示函数根据“orig.ident”元数据对数据进行分组。如果 scRNA Seurat 对象的元数据中缺少“orig.ident”字段，或者该字段中的行数与 scRNA 对象中的行数不匹配，则可能会发生此错误。为了解决这个问题，我建议您：

1. 确认元数据中存在“orig.ident”字段。您可以使用 colnames([email protected]) 打印出元数据的列名称。
2. 检查“orig.ident”字段中的行数是否与 scRNA 对象中的行数匹配。您可以使用 nrow([email protected]) 和 length([email protected]$orig.ident) 打印并比较这两个数字。
3. 如果这些检查都不能解决问题，则可能是在数据处理阶段发生了错误。在这种情况下，您可能需要更仔细地检查数据或检查预处理步骤。

最后在 Github 找到了答案[1]，是因为安装了最新版的 ggplot2 3.5.0版本导致 Patchwork 包工作异常，不能正常出图，把 ggplot2 降级到3.4.4就可以正常工作了！