今天,对FASTA序列一些常见的操作方法介绍一下,用到的软件是一款可视化软件:Bioedit,无Linux基础的生信小白们都可以轻松驾驭
对于有生信基础的,可以用Linux版本FASTA序列处理神器Seqkit等。
Bioedit
1.下载地址:
http://www.softpedia.com/get/Science-CAD/BioEdit.shtml
2.基本用法:
1)序列载入。可以通过Files->Open实现将FASTA序列(蛋白,核酸均可)载入。
下面是载入后的结果
2)序列编辑(Edit)功能。主要的功能如下菜单栏:
Copy (Copy sequences)
可以复制窗口中的任何一条序列。
Paste (Paste Sequence(s))
将复制的序列粘贴到窗口中。
Copy Sequences(s) to clipboard (Fasta formatted):
可以从窗口中父子选中的序列到其他编辑软件如word, excel,editplus等等
Cut Sequences(s)
从窗口中剪切掉序列。
最下方还有选择的一些选项,大家都可以用!
3) Sequence菜单
下方的Protein和Nucleic Acid有一些对核酸和蛋白操作选项。
上图右边是蛋白操作选项。
下图右边为核酸操作选项,包括碱基组成统计,获取互补序列,反向序列,反向互补序列,ORF寻找等等。
此外Sequence菜单下还有Edit Seqence编辑序列,Select Position选择序列指定位置等。
4)Accessory Application菜单,可以实现ClustalW多序列比对