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FASTA序列可视化操作步骤详解

VG生信软件  · 公众号  ·  · 2017-09-06 16:36

正文

今天,对FASTA序列一些常见的操作方法介绍一下,用到的软件是一款可视化软件:Bioedit,无Linux基础的生信小白们都可以轻松驾驭

对于有生信基础的,可以用Linux版本FASTA序列处理神器Seqkit等。



Bioedit

1.下载地址:

http://www.softpedia.com/get/Science-CAD/BioEdit.shtml


2.基本用法:

1)序列载入。可以通过Files->Open实现将FASTA序列(蛋白,核酸均可)载入。



下面是载入后的结果



2)序列编辑(Edit)功能。主要的功能如下菜单栏:



Copy (Copy sequences)

可以复制窗口中的任何一条序列。

Paste (Paste Sequence(s))

将复制的序列粘贴到窗口中。

Copy Sequences(s) to clipboard (Fasta formatted):

可以从窗口中父子选中的序列到其他编辑软件如word, excel,editplus等等

Cut  Sequences(s)

从窗口中剪切掉序列。

最下方还有选择的一些选项,大家都可以用!


3) Sequence菜单




下方的Protein和Nucleic Acid有一些对核酸和蛋白操作选项。

上图右边是蛋白操作选项。

下图右边为核酸操作选项,包括碱基组成统计,获取互补序列,反向序列,反向互补序列,ORF寻找等等。



此外Sequence菜单下还有Edit Seqence编辑序列,Select Position选择序列指定位置等。



4)Accessory Application菜单,可以实现ClustalW多序列比对







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