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硅谷在DNA线路中看到未来

蓝晶实验室BluephaLab  · 公众号  ·  · 2017-12-23 10:07

正文

原文以Silicon Valley Sees a Future in Circuits Made of DNA为标题 发布在2017年12月19日的Synbiobeta Synthetic Biology News上


原文作者:Ian Haydon

编译:邓婷月

校对:张浩千、张益豪、孟凡康

Nielsen的创业公司Asimov将会为合作伙伴提供精心设计、可靠稳定的基因线路,供其在生物技术领域中使用。Asimov还将利用生物物理模型模拟和机器学习来进一步强化基因线路设计策略。



电子信息和生物技术之间的界限日渐模糊。

Asimov是一家专注于基因线路设计的创业公司。2017年12月19日,该公司宣布获得了由硅谷大佬Andreessen Horowitz领投,DCVC (Data Collective), Pillar,和AME Cloud Ventures多家企业参投的种子轮融资,共计470万美元。

在硅谷,线路这一概念并不令人陌生。这些基本的计算单元整合在一起使计算机得以执行复杂逻辑操作,例如将简单的输入(一个键入)转化为复杂的输出(屏上显示一个字母)。

以DNA而不是硅片为载体的线路让我们能在细胞内加入相似的逻辑功能。具有特定功能的基因线路可以使有机体对环境作出适当的响应。例如,我们熟悉的植物昼夜节律现象就是由感光基因线路控制的。


为什么构建基因线路



“在自然界,生命体通过进化已经发展出成熟的‘基因线路’完成各种令人惊叹的功能,例如多细胞自组织形成特定图样,构建原子级别的精细材料,帮助机体抵御疾病等等。但目前基因线路在生物技术领域中尚未得到广泛应用,因为其设计仍面临着巨大的技术挑战。”Asimov的联合创始人兼首席执行官 Alec Nielsen 在媒体发布会上介绍。

Nielsen 在他的整个学术生涯中一直致力于攻克这一挑战。在MIT攻读博士学位期间,他通过挖掘细菌的基因组来寻找抑制子、终止子、启动子这些构成基因线路的基础元件。随后他将功能表征良好的各种元件与CRISPR系统结合,构建复杂的多输入合成基因线路。这些线路可以控制大肠杆菌吃什么,如何移动,以及它们对噬菌体的敏感度。

在其中一项工作中, Nielsen 将计算机与生物技术结合,通过设计基因线路把1.375个字节的信息永久记录在了细菌的基因组中——该信息存储量在活细胞中是破纪录的。

Nielsen 的创业公司Asimov将会为合作伙伴提供精心设计、可靠稳定的基因线路,供其在生物技术领域中使用。Asimov还将利用生物物理模型模拟和机器学习来进一步强化基因线路设计策略。


线路遇见线路



作为知名投资人,Andreessen Horowitz曾成功投资过Facebook,Twitter,Airbnb,Slack和Lyft这样的高科技公司。而近年来,他对另一类高科技产生了极大的兴趣:生命。

“Asimov改造生物的工程方法有巨大潜力,能够为众多能够接触和改善人们日常生活的领域带来变革。我们非常高兴能与Asimov团队携手。”Andreessen Horowitz的合伙人 Vijay Pande 博士在新闻发布会中表示,“就像如今半导体公司依靠电子线路的自动化设计来构建芯片,计算机辅助设计也会在生物工程中扮演越来越重要的角色。就生物的精准制造而言,我们已经到达了一个拐点。计算机辅助的生物设计将产生深远的影响。”









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