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生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

生信宝典 · 公众号 · 生物 · 2017-07-24 07:00

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我是谁？我在哪儿？我在查什么？

在信息爆炸的时代，相信很多小伙伴在查文章时会因信息量太大而抓狂。今天带来一款设计简洁、功能全面的基因功能查询工具，助你事半功倍，心情倍儿爽。

EVEX在线查询数据库（http://evexdb.org/）是一款以基因为检索对象，以PubMed和PubMed Central中 发表文章的摘要和全文 为依据的文本挖掘（text mining）数据库。由于检索结果都是以被检索的基因为中心，因此条理非常清晰，大家来感受下：

以小鼠 Oct4 基因为例，想知道与 Oct4 相互作用的基因有哪些？只需在 EVEX 上搜索到小鼠 Oct4 基因。

点开之后即进入检索结果，可以看到有四类基因，包括被 Oct4 调节的 71 个基因、能够调节 Oct4 的 80 个基因、与 Oct4 有结合的 133 个基因、以及与 Oct4 共同参与调节的 1336 个基因。

以第一类为例，点开之后可以看到具体的被 Oct4 调节的基因，以及 Confidence 最高的支持这一调节关系的原文。

以 Oct4 调节 Nanog 为例，点击 Show more 之后可以看到所有支持这一调节关系的原文以及相应的PubMed链接。

此外，EVEX数据库还可以同时检索两个基因，这将显示这两个基因之间的调节关系。以小鼠的 Oct4 和 Nanog 为例：点击 Show interactions 之后可以看到 Oct4 和 Nanog 之间的各种调节关系。可以直接查看，也可以导入 Cytoscape 绘制调控网络图。（后台回复 cytoscape 可获取对应文章）

最后，重要的事情说三遍：一定要去看原文， 一定要去看原文 ， 一定要去看原文 。文本挖掘是机器读取的结果，而 EVEX 也不是 AlphaGo 。因此难免会出错。 EVEX只是一个基因功能查询工具，最终下结论的人还是你。