法庭调查程序主要涉及以下重点问题：一是庭前准备程序与庭审程序的衔接机制。一方面，通过庭前准备程序解决程序性争议，确定庭审的重点。另一方面，通过庭审确认庭前会议对有关问题的处理结果，向当事人和旁听人员告知庭前会议情况。二是开庭讯问、发问程序。这个环节主要确定被告人是否自愿真实认罪，进而决定是否使用简化的审理程序，并固定控辩双方的争议争点。三是证人、鉴定人、侦查人员等人员的出庭作证程序。这是庭审实质化改革的重中之重。除了要明确出庭人员的范围外，重点是规范出庭作证的规则和相应的保障机制。四是物证、书证等证据的举证、质证程序。与有关人证出庭一样，这也是法庭调查程序的核心内容。立足现有法律规定，有必要进一步规范举证、质证的具体要求，通过这一程序充分发现问题、有效解决问题。五是证据认证规则。在举证、质证基础上，有必要进一步研究证明力的审查判断方法，明确各类证据的排除规则。
（一）庭前会议和法庭审理的衔接机制
庭前会议，因现有法律规定较为原则，当前的基本定位是庭审的准备环节，故一般认为不能处理控辩双方存在争议的实体性问题。但基于庭审准备的需要，在庭前会议中可以归纳控辩双方的争议焦点，并对可能导致庭审中断的程序性争议作出初步处理。
关于控辩双方争点的整理，是庭前会议的重要内容。无论是案件事实证据还是适用法律的争议，在庭前会议中予以归纳整理后，就将成为庭审的重点内容。相应地，对于控辩双方没有争议的内容，庭审可以简化审理。这是庭审以解决争议为目的的重要体现。
关于可能导致庭审中断的程序性争议，例如管辖、回避、非法证据排除、出庭证人名单等，法庭可以在庭前会议中作出初步处理。这种初步处理是指，法庭可以在了解情况、听取意见基础上，促使控辩双方在庭前会议中对有关程序性争议达成一致意见；对于控辩双方没有达成一致意见的事项，法庭可以归纳争议焦点，做好相应的准备，留待庭审中作出裁断。
由于庭前会议通常不公开进行，为落实审判公开的要求，对于召开庭前会议的案件，法庭调查开始前应当宣布庭前会议报告的主要内容。更重要的是，对于庭前会议中作出初步处理的事项，要在庭审中予以确认或者作出最终的处理：对于庭前会议中达成一致意见的事项，法庭向控辩双方核实确认后当庭予以确认；对于未达成一致意见的事项，法庭可以归纳争议焦点，听取控辩双方意见，并依法作出处理。概言之，庭前会议中初步处理的所有事项，最终都要通过法庭审理程序进行核实确认，这个核实确认程序既是对庭前会议功能的肯定，也能避免庭前会议处理结果面临不必要的争议。
（二）开庭讯问、发问程序
开庭之后，法庭首先要告知被告人依法享有的诉讼权利，这是诉权保障的基本要求。无论在庭前会议中是否涉及被告人的诉讼权利争议，法庭都要在开庭后告知诉讼权利。在公诉人宣读起诉书后，法庭应当询问被告人对起诉书指控的犯罪事实有无异议，并听取其供述和辩解。这是法庭调查的开端。这一环节对被告人进行讯问，主要是为了核实被告人是否认罪，进而决定是否适用简化的法庭审理程序。对于被告人庭前不认罪、但当庭认罪的情形，法庭要注意结合案情和在案证据，审查认罪的自愿性和真实性。为切实防范冤错案件，对于被告人认罪后又当庭反悔的，应当注意调查核实反悔的理由，并对与定罪量刑有关的事实证据进行全面调查。
对于有多名被告人的案件，为防止被告人串供、翻供，法庭应当基于分别讯问原则，依法固定各被告人的当庭供述内容。为维护被告人质证权，准确查明案件事实，对案件中多名被告人供述之间存在实质性差异的情形，法庭可以传唤有关被告人到庭对质。为规范对质程序，法庭在分别讯问基础上，可以传唤各被告人到庭，固定各被告人的争议焦点，控辩双方可以就供述的实质性差异向被告人讯问、发问，经法庭允许，各被告人之间可以互相发问、对质。
对于被害人参与诉讼的情形，法庭要注意审查被害人所扮演的不同诉讼角色。如果被害人陈述是关键的定案证据，考虑到被害人要一直参与庭审，为避免其他证据影响被害人陈述，有必要在出示其他证据之前，先由控辩双方询问被害人，及时固定被害人陈述的内容。这是现有法律规定的基本要求。如果被害人出庭仅是一般性参与或者旁听庭审，其陈述对于定案没有实际影响，那么，就案件事实和证据问题向被害人进行询问的方式，可根据案件审理情况相对灵活掌握。
（三）出庭作证程序
证人、鉴定人、侦查人员等人员出庭作证，是维护被告人质证权、解决庭审虚化等问题的关键举措。2012年《刑事诉讼法》修改，在出庭证人、鉴定人范围以及证人保护、补助等制度作出了新的规定。
为切实解决证人、鉴定人、侦查人员出庭率低的问题，首先要明确的是，任何证据，包括言词证据和实物证据，原则上都要有相关人员证实其来源、合法性和真实性，这是直接言词原则的基本要求。鉴于此，除了关键证人、鉴定人依法应当出庭作证之外，如果关键物证、书证等证据的来源、合法性和真实性等存在的疑问，需要由取证的侦查人员作出说明解释的，有关侦查人员就应当出庭作证。
为促使有关人员出庭作证，有必要在通知到庭基础上，建立控辩双方协助到庭、远程视频作证、强制到庭等合理衔接的多层次程序机制。其中，控辩双方协助有关人员到庭，是履行各自举证责任的内在要求，例如对于本方证人，控辩双方基于证明本方诉讼主张的需要，应当积极促使或者协助有关证人到庭。视频作证是出庭作证的重要替代手段，现已在司法实践中得到一定程度的应用，随着互联网和视频技术的发展，视频作证将有更大的应用空间。而强制到庭机制，则是证人出庭的最后手段，换言之，只有当通知到庭、协助到庭、视频作证等手段均不能实现预期目的时，才考虑强制到庭。
证人、鉴定人出庭后，法庭应当首先当庭核实其身份、与当事人以及本案的关系，审查证人、鉴定人的作证能力、专业资质，并告知其有关作证的权利义务和法律责任。其中，对证人应当重点审查作证能力，对鉴定人应当重点审查专业资质。向证人发问，实际上就是对证人证言的举证、质证过程。证人出庭后，首先应当向法庭陈述其所感知的案件事实，确保证人自然客观地作出陈述，避免受到控辩双方误导；随后根据其当庭证言的内容，先由对本方诉讼主张有利的控辩一方发问（即证人证言的举证），发问完毕后，经审判长准许，对方可以发问（即证人证言的质证）。这种先由本方发问、再由对方发问的证人询问方法，与其他证据的举证、质证方法是一致的。根据案件审理需要，如证人出庭仅证明某个特定的事项，也可以先由申请方发问。 向证人发问应当以解决争议为宗旨，控辩双方可以向证人进行多轮发问，为明确争议焦点，也可以归纳本方对证人证言的意见。一些国家实行交叉询问制度，并不禁止在反询问环节提出诱导性问题，鉴于我国尚未确立类似的交叉询问机制，故目前没有作出类似要求，该问题有待进一步总结经验深入研究。
基于直接言词原则的要求，证人出庭作证的，其庭前证言一般不再出示、宣读。但如果证人出庭作证时遗忘或者遗漏案件事实的关键内容，可以出示庭前证言给予必要的提示。同时，如果证人当庭证言与庭前证言存在矛盾，需要证人作出合理解释的，也可以出示庭前证言，作为当庭证言的弹劾证据。此外，为核实证据来源、证据真实性等问题，或者恢复证人记忆，经法庭准许，控辩双方可以在询问证人时向其出示物证、书证等证据。
需要指出的是，随着科学证据在诉讼中发挥越来越重要的作用，鉴定人和有专门知识的人出庭逐步成为司法的常态，这也是有效质证的基本要求。控辩双方可以申请法庭通知有专门知识的人出庭，协助本方就鉴定意见进行质证。有专门知识的人当庭并不提供单独的证据，只是对鉴定意见提出质证意见，法庭不能将其专门意见作为定案的根据，但可以基于其专门意见作为是否采纳鉴定意见的理由。
（四）物证、书证等证据的举证、质证程序
除了人证出庭作证程序外，对物证、书证等证据的举证、质证程序，法律和司法解释已有较为系统的规定。为解决司法实践中诸多证据捆绑质证等问题，对于可能影响定罪量刑的关键证据和控辩双方存在争议的证据，一般应当单独举证、质证；对于控辩双方无异议的非关键性证据，可以简化举证、质证，仅就证据的名称及其证明的事项作出说明。针对质证程序过于简单等问题，必要时，控辩双方可以对争议的证据进行多次质证。
为避免在法庭调查环节遗漏或者忽视关键证据，对于控辩双方随案移送或者庭前提交，但没有当庭出示的证据，法庭可以进行必要的提示；对于其中可能影响定罪量刑的关键证据，法庭应当提示控辩双方出示。相应地，对于案件中可能影响定罪量刑的事实、证据存在疑问，控辩双方没有提及的，审判长应当引导控辩双方发表质证意见，并依法调查核实。
为提高举证和证明的针对性，实现司法证明实质化，控辩双方出示证据，应当重点围绕与案件事实相关的内容或者控辩双方存在争议的内容进行。
〔4〕
出示证据时，可以借助多媒体设备等方式出示、播放或者演示证据内容。 需要指出的是，如果控辩双方对证人证言、被害人陈述、鉴定意见无异议，有关人员不需要出庭的，以及有关人员因客观原因无法出庭且无法通过视频等方式作证的，可以出示、宣读庭前收集的书面证据材料或者作证过程录音录像。 被告人当庭供述与庭前供述的实质性内容一致的，可以不再出示庭前供述；当庭供述与庭前供述存在实质性差异的，可以出示、宣读庭前供述中存在实质性差异的内容。这意味着，被告人庭前供述主要是作为弹劾证据使用。
