即使用抗逆转录酶病毒治疗，艾滋病毒感染似乎也会损害生长中的孩子的大脑：根据神经解剖学的前沿报道，即使在生命早期接受抗逆转录酶病毒治疗，艾滋病毒感染也会改变幼儿的大脑发育状况。暴露于艾滋病毒但未感染艾滋病毒的儿童似乎大脑发育也持续发生变化。
虽然艾滋病毒治疗的进展使数百万人的生活更加健康，但艾滋病毒阳性婴儿和儿童的治疗仍然很复杂。艾滋病毒已被证明会导致儿童大脑发育异常，但是治疗性干预措施也可能伤害不断增长的儿童。虽然儿童一直有资格接受治疗，但自2008年以来，只有在接受艾滋病病毒早期抗逆转录病毒(CHER)临床试验的儿童后，新生儿的治疗才成为标准。现在，在早期治疗的时代，研究人员正在努力更好地了解艾滋病毒感染如何影响儿童的发育——特别是其神经发育。
“尽管在早期接受了抗逆转录病毒治疗，我们仍然在患者7岁时观察到白质损伤，5至7岁之间出现新的损伤，”研究的作者南非开普敦大学研究员Marcin Jankiewicz说：“艾滋病毒阳性儿童的这些观察指出，不管是否在早期进行抗逆转录病毒治疗和病毒抑制，白质发育都在持续中断。”
研究人员使用先进的磁共振成像技术，也称为扩散张量成像，观察65种HIV阳性组和46名未感染7岁儿童组之间的称为白质的脑组织的差异。白质在传递不同脑区之间信息方面起着至关重要的作用。最新的研究证实了受感染和未感染儿童之间某些细菌的微观结构差异。
所有艾滋病毒阳性的儿童在开普敦和南非索韦托的CHER试验中开始了18个月的抗逆转录病毒治疗。最近的一项研究是针对孩子5岁时所做的类似观察。
Jankiewicz说：“CHER队列是在生命头两年内接受抗逆转录病毒治疗的儿童中规模最大，成绩最好的试验之一。”由于年龄和社区匹配的未感染婴儿并发登记，斯坦伦博斯大学的同事们在这些孩子的脑部发育早期过程中进行了神经发育分析，“通过最先进的神经影像学评估，我们有一个惊人的发现”。
神经发育子研究还包括暴露于艾滋病毒但未被感染的儿童(例如母亲在怀孕期间感染，但感染没有转移到胎儿或婴儿)。这些孩子在本研究中形成了未感染组的一个子集，提供了一个机会，看看在没有感染的情况下是否有艾滋病毒和抗逆转录病毒暴露的后果。不幸的是，这些孩子的白质发育似乎也在不断变化。
