为探究蛋白酶体降解产物在免疫反应中的作用，研究人员发现 PDDPs 可抗菌，为免疫研究及抗感染治疗提供新思路。相关论文发表在《Nature》杂志上。
在人体的免疫系统中，一直以来有一个谜团困扰着科学家们：蛋白酶体作为细胞内蛋白质降解的关键 “机器”，其产生的肽段难道仅仅只有呈递抗原，激活 T 细胞介导的免疫这一种功能吗？与此同时，抗菌肽作为抵御病原体入侵的 “先锋部队”，在适应性免疫反应启动之前就发挥着重要作用，可它们究竟是如何在细胞内产生的，这个过程背后的机制却始终模糊不清。这些未知就像一团迷雾，笼罩在免疫学研究的领域，阻碍着人们对免疫系统深入理解的脚步。
为了驱散这团迷雾，来自以色列魏茨曼科学研究所（Weizmann Institute of Science）等多个机构的研究人员踏上了探索之旅。他们开展了一系列深入研究，最终取得了令人瞩目的成果，相关论文发表在《Nature》杂志上。
这项研究意义重大，它不仅揭示了蛋白酶体在先天免疫中的全新功能，还为开发新型抗感染疗法提供了潜在的方向，就像在黑暗中点亮了一盏明灯，为后续的研究和治疗开辟了新的道路。
研究人员在这项研究中用到了多个关键技术方法。首先是生物信息学分析，通过检索多个公开数据库获取抗菌肽（AMPs）序列，并进行 BLAST 分析、保守性分析等，从海量数据中挖掘潜在信息。其次是质谱分析技术，利用 MAPP 分析来捕获蛋白酶体降解产物的信息，还通过液质联用（LC-MS）对蛋白质和肽段进行分析鉴定。另外，细胞和细菌实验技术也不可或缺，如使用多种人类细胞系和细菌菌株进行感染实验、抗菌活性检测等，从细胞和微生物层面探究相关机制。
蛋白酶体驱动抗菌防御
研究人员通过比对已验证的 AMPs 和人类蛋白质组，发现人体蛋白质中存在许多潜在的 AMPs，且部分在进化中较为保守。通过计算机模拟蛋白酶体切割人类蛋白质组，发现大量具有抗菌特性的肽段，即蛋白酶体衍生防御肽（PDDPs）。细胞实验表明，抑制蛋白酶体后，细胞内细菌感染增加，说明蛋白酶体在抗菌防御中发挥重要作用。
重组 PDDPs 具有抗菌活性
利用 MAPP 技术鉴定出多种细胞中蛋白酶体切割产生的肽段，其中部分与已知 AMPs 相似。合成高评分的 PDDPs 进行抗菌实验，结果显示它们能抑制或杀死多种革兰氏阳性和阴性细菌，且呈剂量依赖性，作用机制是破坏细菌细胞膜。动物实验也证实，PPP1CB 衍生的 PDDPs 在体内能有效对抗细菌感染，减轻组织损伤，降低死亡率。
诱导产生的 PDDPs 减轻细菌感染
研究人员利用 dTAG 系统诱导 PPP1CB 蛋白降解，发现其降解产物可减少细菌生长，且激活该系统能显著减轻细胞内细菌感染。这表明靶向蛋白降解可诱导产生具有抗菌活性的 PDDPs，为抗菌治疗提供了新的思路。
细菌感染增强 PDDP 形成
感染沙门氏菌后，研究人员通过 MAPP 分析发现，细菌感染会使蛋白酶体产生的独特肽段频率和评分增加，且蛋白酶体的切割模式发生改变，胰蛋白酶样活性增强，产生更多具有阳离子末端的肽段，而糜蛋白酶样活性降低。
PSME3 驱动感染后阳离子 PDDP 的切割
免疫沉淀和质谱分析发现，细菌感染后 PSME3 与蛋白酶体的结合显著增加。PSME3 是蛋白酶体的调节亚基，它可增强蛋白酶体的胰蛋白酶样活性，促进抗菌肽的产生。PSME3 缺陷细胞感染细菌后，感染程度增加，进一步证明了 PSME3 在抗菌防御中的重要作用。
研究结论和讨论部分指出，该研究揭示了蛋白酶体是组成性和诱导性 AMPs 产生的核心来源，发现了一种新的细胞自主先天免疫途径。这一发现将细胞蛋白酶体定位为免疫保护的关键调节者，其介导的免疫机制连接了先天免疫和适应性免疫。从进化角度看，这一系统为细胞防御提供了新的模式。此外，PSME3 参与 PDDPs 的生成，其在多种免疫相关疾病中的作用值得进一步研究。同时，PDDPs 作为天然抗菌剂，有望成为传统抗生素的替代品，为治疗感染性疾病提供新的策略。这项研究为蛋白酶体生物学和免疫学领域带来了新的突破，也为未来的研究和临床应用奠定了坚实的基础。
