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“高大上”却不靠谱的基因解读

癌图腾  · 公众号  · 医学  · 2017-08-20 06:00

正文





剑桥博士惊人发现,基因解读真的不靠谱

        基因,一个神秘而高大上的高科技,从十几年前的花费30亿美元测出第一个完整的人类基因组,到今天的几千元甚至几百元就搞定,带动了科研和医学的飞速发展,也带来无限商机。在马云的一句,“下一个比我富的人一定来自健康领域”和比尔盖茨的一句“下一个世界首富将来自基因行业”的感染下,国内外风起云涌,专业的或不专业的公司像雨后春笋般发展起来,谁都想咬一口大健康的蛋糕,奔着无数个小目标去推销基因产品。


       面向消费者的基因检测和解读,第一个吃螃蟹的是2006年成立于美国的23andme公司,中文翻译是“23和我”,取意于人有23对染色体。这家公司的创始人也算是一个真正的白富美,安妮·沃西基(Anne Wojcicki)耶鲁大学生物系科班毕业,是谷歌联合创始人谢尔盖·布林(Sergey Brin)的妻子(2007年结婚,2015年离婚)。目前国内的面向消费者的公司也或多或少模仿这家公司,有的名字都类似,比如刚刚宣布获得4000万元融资的23魔方公司。其实不少公司自己也承认,就是模仿美国的23andme,或者公司的目标就是要做成中国版的23andme。 

        本人早在2012年的时候,就体验了美国23andme公司的基因检测,虽然没有发现什么太有用的信息,但这家公司做事还是透明公开的,比如我可以登陆到它们的官网随时下载我的全部基因检测数据,也能清楚的看到每一个检测指标的风险是怎么算出来的,这些都是完全公开的。可是,根据我的研究和调查,目前国内还没有一家公司是把基因检测的原始数据提供给用户的,也没有一家是把自己的算法完全公开的。可能这些公司怕别人抄袭它们的“核心技术”。但是,不要忘了,那些算法的依据都是国际公开发表的文章,哪有什么核心机密? 医院如果跟你说你有高血压,但不告诉你具体的血压值,你能接受吗?既然,面向消费者的基因服务公司是要给老百姓测基因要揭开每个用户的生命密码,你告诉人家是怎么算的总是应该的吧?


        本人阅读了23魔方的很多微信推文,觉得里面的很多内容写得很有趣。比如 “这对双胞胎,一个亲生的一个非亲生的,这玩笑开大了吧”,“点击这个功能可能会怀孕”,还有“我跟你讲哦:人类睡觉这件事,真的很复杂的呀”。用段子手风格的文章来普及科学,寓教于乐,这是一件好事。可是,科学毕竟不是娱乐。据报道,23魔方通过两轮融资,拿到了6000万元,成为目前国内消费级基因检测领域融资规模最大的企业。我想该公司应该是要成为国内最大的基因科技公司,而不是国内最大的基因娱乐公司吧。新闻报道中说,23魔方发布全球生命科学巨头塞默飞世尔联合定制的70万+位点生物芯片。本人不知道跟塞默飞联合定制芯片是一件多么有难度的事情,最起码塞默飞也主动找过我要帮我定制。去年,我发起了一个“百万芯片团购”活动,目的也是想让这些外国公司在中国少赚点,让中国的科学家和消费者更有发言权。塞默飞的芯片是能检测70多万个基因位点,可是目前的基因公司能解读其中的几个位点呢,他们又能提供几个位点的原始数据给用户呢?


        不调查就没有发言权,本人在两个月前就亲自体验了23魔方的产品。登陆23魔方的APP后,我看到了93项遗传风险的报告。由于这里面都是一些概率,比如说我的抑郁症风险是中国人群平均的1.18倍,我的精神分裂症风险是中国人群平均的1.5倍,目前我也没有办法去验证真假。可是,作为一个8年前去哈佛大学医学院专门研究抑郁症和精神分裂症基因的学者,今天看到23魔方报道我的风险比中国人群的平均水平都要高,这下我可坐不住了。

        首先说抑郁症,23魔方报道了两个位点,引用了两篇文章,见上图。这两篇文章一篇发表于2012年,另一篇发表于2014年,都是来自一个叫 “Journal of Affective Disorders”的杂志,在医学界应该是排不上号的。由于23魔方选择的两个位点,一个给我的结果是“正常”,另一个是“偏高”,没有具体数字也没有显示具体计算方法,那我先就不去细究他们的算法了。先说一下他们给我检测的基因位点,rs7997012。这个位点确实是在他们引用的第二篇文章里出现过。可是,可是,那篇文章研究的是某一个基因和治疗抑郁症的药物的有效性,并不是研究这个基因跟抑郁症的风险关系!并且这篇文章研究了三个基因位点,23魔方报道的这个rs7997012的统计P值只有0.044。由于一下研究了3个点,这个P值0.044乘以3之后,其实是没有显著性的。我自己早在2012年在美国精神疾病杂志上发表了一篇关于精神分裂症和抑郁症的基因研究文章(Cross-Disorder Genomewide Analysis of Schizophrenia, Bipolar Disorder, and Depression,被应用160次,影响因子12分)。2015年7月16日,国际权威的《自然》杂志报道了华大基因、牛津大学、弗吉尼亚联邦大学和中国五十多家医院组成的国际联盟发现的两个与重度抑郁症相关的遗传变异的文章,也没有被23魔方采用。


        再来说精神分裂症,23魔方也是选了两个基因位点,也引用了两篇文章,一篇是2010年发表的,另一篇是2008年发表的,这两个杂志的影响因子加起来还不到10分。而在2014年由国际权威的《自然》杂志发表的一篇精神分裂症的文章“Biological insights from 108 schizophrenia-associated genetic loci”,报道了108个基因位点跟精神分裂症相关,目前已经被引用超过1500次。


        比起抑郁和精神分裂症,不可思议的是23魔方还报道我的高甘油三酯血症的风险还更高,是人群平均的两倍。本人在研究完精神疾病后一直在研究心血管疾病,包括在国际著名的 Framingham Heart Study工作了3年,以第一作者在国际著名的《血液》和《循环》杂志上发表过基因和心血管疾病的风险的文章多篇。更离谱的是,请见下图,对于这个指标,23魔方引用了两篇文章,一个高中生都能看出来,这其实是一篇文章!

        写到这,我也心平气和了很多,因为我完全有理由不去相信我真的比别人更容易患抑郁症或精神分裂症或高甘油三酯血症。这样的基因报告,至少我认为是不严谨不可靠的。作为消费者和业界学者,我以完全客观的事实为依据,希望我这个客观的挑刺,能为中国的消费者基因检测带来一点鞭策和警醒,让高科技真正为咱老百姓服好务。毕竟大多数老百姓没有这个时间和专业知识,像我这样来解剖基因解读。

黄捷博士

黄捷博士,先后获得北京大学医学学士、北京体育大学教育学硕士、美国密西根大学信息科学硕士、美国北卡大学卫生管理学硕士、和英国剑桥大学生物科学博士、哈佛大学医学院博士后。黄捷博士有着在中、美、英三国名校长达20年的学习和工作经历,是不多的全面懂得医学、健康学、基因学、大数据分析的跨学科跨专业人才。黄捷博士曾任波士顿荣军医院资深科学家、人群研究中心生物信息学主任、哈佛大学医学院讲师、深圳华大基因客座教授,在国际著名期刊《自然》等杂志发表文章40余篇,具有广阔的国际视野和对最新的科学与技术的深度领会.

        基因论剑,以武会友! 黄博士开通“基因的名义”微信公众号和微博,详细讲解正确的基因解读算法,并开创性的发起“共享基因”,共享基因的算法,共享基因的资源,让高大上的基因解读不再神秘,让所有提供基因检测和解读的企业为每一个用户提供真正权威和经得起检验的产品和服务,让基因产业在阳光下绽放!



(来源: 深圳市生物医药促进会 2017-08-10)