不但局所由督抚设置，受督抚管控，经由局所推行的事业所需要的经费，也往往受到督抚的直接监管。咸同军兴后就地筹饷、财权下移，晚清督抚绕过掌管一省钱粮的藩司，对善后局、牙厘局等涉及财政的局所直接派员监管。又因为善后、洋务诸事业多以省城为中心向外推广，省城许多事务的收支也处于督抚的直接管控之下。光绪前期，与省城、佛山巡缉相关的善后各款就由报销总局支给，经总督张树声造册报销。
其中，善后局在第一次鸦片战争后就已设置，长期负责管理各类饷捐杂款，对晚清广东财政结构的影响尤为深远。而善后局的支销范围虽然涉及全省，但大部分是19世纪中叶以降在省城及周边进行善后与新事业开拓所需的费用。比如，同治十三年（1874），善后局拨银组建八旗五营洋枪队，洋枪队及添防官兵应支薪粮亦由善后局按月支给。光绪初年，善后局又负责经办海防，改称海防善后局。据统计，省城勇营的口粮、保甲局巡防弁勇薪粮、驻扎广州各营练兵饷银，及制造局、采访局、谳局、保甲局等各局所薪水夫马费用等均由海防善后局支出。
而在善后局的饷捐收入中，赌饷最值得一提。晚清广东赌风弥漫，加上军需用度日增而地方财政困窘，在历任督抚对赌博或弛或禁的摇摆之中，赌饷逐渐发展成晚清广东独特且重要的财政收入。由于闱姓、番摊等赌博方式在省城最盛，省城的赌饷自然占据了赌饷的大部分。赌饷往往被抽取以作军费及兴办新事业之经费，主要由善后局管理。光绪二十六年（1900），有广州赌商因希望承饷而赴善后局禀请，而两广总督李鸿章将番摊赌规改归海防经费，由武员承缴，省城每年认缴70万元，政府各属缴饷50万元，均解交善后局。正是因为善后局与赌饷关系密切，“赌饷相承，颇招诟病”，清末广东谘议局曾提议禁赌并呈报裁撤善后局。面对谘议局的要求，两广总督袁树勋特别指出，虽然“善后局所收以赌饷大宗”，但善后局一开始之所以在各地设立，是因为军需刻不容缓，“中兴诸臣”可以不经藩司出纳而别立局所。这一说法，再次印证了督抚通过善后局等局所获得了绕过藩司直接监管各种财政经费的权限。
局所的出现，除了在财政收支层面形成了一种由督抚直接管控部分省城事务的运作回路，还在行政与司法层面造成了深远影响。在既有的行政体系中，南海、番禺两县知县一直是城厢基层行政管理的主体，但随着管理治安的安良、保甲、缉捕等局所扮演越来越重要的角色，两县的城厢内外事务在督抚的管控下得到一定程度的整合。而在这些局所中，又以保甲局与城市管理关系最为密切。同治五年（1866），两广总督瑞麟认为“城厢内外人烟稠密奸宄易于潜藏”，“设立保甲局，议定章程，委员认真稽查”。光绪元年（1875），广东保甲总局设立，在老城、新城、东南关、西关、河南设立了保甲分局，分段巡查街道。由于只设置在城厢内外与河南，保甲局在管理区域上带有明显的“城市性”。根据邱捷的研究，晚清广东乡村逐渐形成了一套由士绅主导的，以公局为中心的基层社会权力机构。而面对距离西关甚近的从桂公局，南海知县杜凤治就认为局绅吕元勋“喜管事渔利”，“下谕撤之，并令缴戳”，因“其地与西关保甲甚近，可以兼顾”。这一说法，既显示出杜凤治眼中西关保甲局的辐射范围，也能看出官方色彩更浓的保甲局与乡村公局的差别。
在具体运作上，虽然保甲局的设置溢出了既有的行政回路，但其运作与州县体系并行不悖。在用人、事权等方面，省城各保甲分局的委员常常互相调用，督抚也会在事务处理中直接对保甲局发出命令。比如，光绪十一年（1885），粤东大水，西关被害。在善后诸事中，除省级官员的统筹外，绿营汛官、安勇、知县、保甲局委员等均有介入，巡抚则直接谕令保甲局委员“每日将水势之消长随时禀报”。光绪十五年（1889），总督张之洞“饬总办保甲局务候补道刘楚镇添募壮勇三百名，分段巡察，以靖地方”。而在光绪二十一年（1895），因“新任督宪莅省，例由保甲总局详列省垣户口册呈递”，保甲局详细列明省城城厢内外街道户口呈报。同年，又因“省城辽阔，需多设分卡”，巡抚马丕瑶札保甲总局整顿，增设分卡，显示出省城城厢内外的治安与户口管理已是保甲局的常规业务，并且与督抚直接对接。不过，虽然保甲局参与了治安维持与户口管理的工作，但局勇捉拿不法之徒，或在缉捕行动中受伤后，会交与南海、番禺两县办理，可见知县在司法上的初审权未受到保甲局的侵夺。
而设立于20世纪初的巡警局，不但扩大了城市管理的内容，还较大地分割了包括司法在内的知县的管理权限。作为“市政”制度的先声，以天津为首的近代巡警制度的施行通常被视作从城乡合治到城乡分治的一大标志，其意义毋庸置疑。但从广州的情况来看，巡警局的设立过程，还不应忽视城市精英通过组织团练等方式参与城市管理并整合城市社区的努力，亦应考虑上文所述督抚控制下局所泛滥的这一19世纪中叶以降的制度脉络。
早在19世纪中叶反入城运动高涨时，城中在籍绅士许祥光等数人就通过发函的方式，组织了一场涵盖城厢内外与河南的大范围团练。虽然这场团练得到了官方表彰，但它只是以街约为单位的自发性的松散联合。及后，当大规模的城市团练在中法战争时期再度登场时，官方色彩浓厚了起来。光绪十年（1884）六月，督抚示谕地方官会同绅士办团，强调“官任其事而不用其财，民出其资而自用其力”，但在省城内外则强制征收了“房捐”。“房捐一项，始于光绪十年。查粤省房租一项，实为富户赀产大端，其时外警日闻，匪徒蠢动，西关及城外绅民佥请募勇巡护，因与局绅筹议，于省城、关外、河南三次阛阓繁盛处所，令业户捐房租一月，四乡皆未抽捐。官收七成，民留三成，以为局费。”虽然房捐曾一度废止，但强制抽取房捐等各捐并将其用于加强城市管理的做法逐渐成为惯例。
巡警局的建立，正体现了督抚等官方力量下团练与局所的统合。晚清广州绅商力量崛起，何文平将广东巡警的建立放在绅权扩张与官方干预的逻辑中进行了考察，但省城的特色需要再作细致讨论。光绪二十六年（1900），省垣各行商坐贾试图模仿“外洋警察局”，向总督李鸿章禀请在“省城内外”设立巡警局，仍旧采取组织团练时的捐租雇勇形式，“捐项归街董自行收支”，李鸿章称赞其做法“官绅皆不经手，尤为公允”。然而，1个月后设立的却仅是以西关绅士易学清、郭乃心为首的西关巡警局，各街所捐房租由爱育、广仁两善堂收管，意味着善堂绅商的介入。尽管巡警设置范围已从“省城内外”缩小至绅商更可控的“西关”，但该巡警局却连西关各街也未能完全整合，房捐的征收遭到一些街道的拒绝。
省城城厢内外的整合最终通过官方的强制力才得到一定程度的实现。两年后，随着新政下常备、续备、巡警三军的编练，官方办警，西关巡警局随之被归并。光绪二十八年（1902），署理两广总督德寿、广东巡抚李兴锐下令撤销广东全省保甲总局，将经费转用于筹办巡警。之后，广东巡警总局在老城飞来寺正式成立。总局设总办、会办、提调、坐办，其下设分局，从老城开始试办，下设五个分局，于安勇、巡勇及介字营中挑选巡目、巡丁，分派五局巡察。老城之后，依次扩展成立新城、东南关、西关、河南等分局。虽然巡警的设置伴随着绿营的裁撤与勇营的归并，最初费用也来自勇饷，有着军事制度改革的意义，但从推行的空间范围以及巡警设置后保甲局即行裁撤的情况来看，同样有着对保甲局职能继承的一面。及后，巡警总局改组为巡警道。而巡警分局的设置也日渐完备，老城五分局之外逐渐增加了新城六局、新城七局、河南一至四局、东南关一至五局、西关一至十二局。
在警费的收支方面，光绪三十一年（1905）以前由“善后局按月造册报销”，次年起所有报销册籍“由巡警总局办理”，“每月需经费除由善后局拨支外，不敷之款均系巡警总局自行筹支”。宣统元年（1909）巡警道下设置警务公所后，除了河南的正局与分局主要由地方筹办外，一切经费均按月由警务公所拨给。警务公所下设警捐所，“掌管核收房捐警费及各项捐务事项”。清末广州警费名目繁多，有房捐、房铺警费、陆段铺屋警费、满洲八旗房捐警费、汉军八旗房捐警费、牛屠警费、横水渡警费、省河各渡警费等名目。
正是因为有足够的经费支撑，尽管当巡警不力时往往有回归团练的举动，但在省城，整体上呈现出一个巡警逐渐取代团练的过程。总督岑春煊在广东办团练时曾提出，“办团之法重在乡而不在城。现在省城改练新军并办巡警，筹防严密，毋需借助民团”，“省团勇费由善后局指拨，乡团沙团各勇费……每田一亩酌收团费若干以资挹注”。巡警事业在省城推进还算顺利，很大程度上是有了官方的强制力与警费的保障，四乡则难以受惠，“粤城巡警开办五年，现已推广至河南，惟外县多未开办”。在推进巡警制度的过程中，省城办警，四乡办团（或将团练改编成巡警）已在各方妥协中逐渐达成共识。而随着巡警业务的不断拓展，巡警机构不仅负责城厢内外的治安维持与户口清查，还开设警察学堂与巡警教练所，并把管理内容扩展到交通、正俗、消防、清洁等受新观念影响而出现的新式事业，以及违警罪的处置上。城市巡警也因之距离乡村团练越来越远。
其中值得一提的是，巡警机构的设立还带来了司法方面的变化。巡警局初设时，知县在司法上继续扮演原来的角色。和保甲局类似，巡警局最初在捉拿罪犯后往往转交县衙审讯，而在居民与西关巡警局产生冲突时，也会“着人往南海县禀请莅验”。然而，随着违警罪等新型犯罪形式的划定以及巡警机构的权限扩张，知县的初级审判权逐渐被分割。清末司法改革，追求司法独立，但由于广州审判厅迟至1910年才设置，警务公所成立后即下设审判课（后裁撤），暂设预审处，“受理之民刑事案件，体察情形，或即予判決，或发交该管州县办理”。尽管“巡警司法一部只有假预审及判决违警罪之权”，但是“凡民刑事件分派承审人员随讯随结，以免人民久候废时。告诉告发之事日见其多，而由巡士逮捕之现行犯与准现行犯亦不为少”。宣统元年十二月（1910年1月）改章后，仍旧“附设预审处以执行假预审及处分违警罪犯兼理控诉案件，只有“情节较重之案件及罪犯”才发县办理。从宣统元年（1909）上半年省城司法警察事项统计来看，刑事罪犯定拟罪名人数1285人，判决民事诉讼244件，判决违警罪714人。巡警在城市的司法运作中扮演了重要的角色。
