#分子模拟#Amber17的安装

由于现在我和白衣卿相都开始读博了，所以更新可能不是很稳定，先给大家说生对不起了，白衣卿相最近 沉迷美色无法自拔 ，可能过一段时间会继续开始写。

首先您可能需要安装CUDA和Openmpi 这里就不再详细说明，您阅读这篇文章时默认已经安装了这两个（可以阅读原文查看这两个东西的安装方法）

我们以将amber安装在/home/kangsgo/mdinstall/md下为例：

1.进入目录：

cd /home/kangsgo/mdinstall/md

2.解压

tar xvfj AmberTools17.tar.bz2
tar xvfj Amber16.tar.bz2
#（注意：amber16需要购买,购买amber16后可以使用GPU加速，价格为500美金）

#（注意:虽然AmberTools17，但解压以后为amber16文件夹）

3.设置环境变量：

export AMBERHOME=/home/kangsgo/mdinstall/md/amber16   # (for bash , zsh ,ksh,etc.)

setenv AMBERHOME /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16  # (for csh,tcsh 一般不是这些终端)

4.预编译：

sudo apt-get install csh flex gfortran g++ xorg-dev \
zlib1g-dev libbz2-dev patch python-tk python-matplotlib

5.进入目录：

cd $AMBERHOME（也可以输入：/home/kangsgo/mdinstall/md/amber16 绝对路径）

6.设置

一般采用默认安装即可：

./configure gnu

# (提示安装miniconda选择安装,不会与自己安装的conda发生冲突，因为其不会写入环境变量)

# 若是编写脚本安装可以输入yes自动接收协议，如下

yes | ./configure gnu

这一步不要安装并行选项，并行需要在后面第10步再进行安装。

7.设置环境变量：

source /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16/amber.sh # for bash, zsh, ksh, etc.
source /home/kangsgo/mdinstall/md/amber16/amber.csh # for csh, tcsh

8.安装：

make install

如果你没有amber16，那么最后会显示

/home/kangsgo/install/amber16/src/Makefile not found, or -noamber was set.

这是正常现象

9.测试：

make test

注:这一步我报错了，但是终端给了提示

test -f /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh && source /home/kangsgo/install/amber16/amber.sh

输入以上命令后再 make test就成功了