作者介绍
沈亦平,博士,美国哈佛大学医学院波士顿儿童医院遗传及基因组部助理教授,哈佛医学院医学遗传学培训课程主任,遗传诊断实验室医学顾问,麻省总院人类遗传研究中心研究员,美国医学遗传学专家委员会委员(FACMG), 2005年获美国医学遗传学专科(ABMGG)资质认证。中国医师协会医学遗传分会常委,中国遗传学会遗传咨询分会委员,中国出生缺陷干预救助基金会儿童代谢病专家委员会委员,中国医师协会青春期医学专业委员会常务委员,中国医师协会内分泌代谢学分会委员,中华儿科杂志编委, Pediatric Investigation 编委。上海交通大学医学院客座教授,研究员,博士生导师,上海市教委“东方学者讲座教授”, 广西“八桂学者”,上海儿童医学中心特聘教授, 医学遗传科主任,广西区妇幼遗传代谢中心实验室特聘技术主任。
多年来从事罕见遗传病基因诊断研究和实践,开发了多种临床检测技术和检测项目,致力于为遗传病患者提供最佳的分子诊断和遗传咨询服务,同时热衷于培养新一代临床和实验室的遗传学家和遗传咨询师, 关注遗传诊断及咨询的相关政策和策略,投入并促进建设与遗传诊断,遗传咨询相关的公共数据及知识库平台。同时从事与儿童智力及体格发育相关的临床及转化研究,已发表论著200余篇(SCI论文120余篇),总影响因子>1000,共引用>4700次, 并参与7本著作的编写。多次被邀在国际学术大会(ASHG,ACMG等)上做专题报告, 曾获哈佛大学首届转化医学奖,ACMA临床医学奖及MGH临床研究奖。
首先非常感谢沈亦平老师在百忙之中抽出宝贵的时间回答游侠的疑惑,如何提高临床基因检测确诊率这是很多同道努力的方向,下面为沈老师根据自己多年的工作实践总结的经验和看法,希望对年轻一代的临床遗传医生和第三方检验机构有所启发,能够让大家更好地为遗传病患者及家人服务。
第一点,
对检测对象需要有非常好的选择
。需要对有较明确临床或家系证据提示携带有孟德尔疾病特征的病人进行检测,我们才能够检测出单基因遗传病的致病基因。临床医生对孟德尔疾病需要有一定的鉴别把握的能力,能够从各种证据来分析这个家庭或者这个病人他是有孟德尔遗传病基础的,以前我在国内很多报告中都提到关于临床上有什么样的指征可以提高孟德尔遗传病的可能性。
第二点,
要选择合适的检测技术
。这一点在原理上已经不用多讲,但是在实际操作上面,我们的临床医生还远远没有这样的把握度。当然,对于不同的病人明确的知道用什么技术平台最合适,这也不是非常容易的,需要积累经验。特别是对一些有特殊机理,比如说动态突变,异常的甲基化致病的,对于这样的病人疾病的临床症状,要有能力进行临床识别,避免用现在常规的测序检测方法,如果使用的话自然地阳性检出率就不会高。
第三点,
实验室需要及时更新和提高技术平台的检测能力
。
要保证检测达到较高的质量标准,比如说,对这个全外显子来讲需要采用更新、覆盖度更好的试剂,更要保证测序深度和均一性。要尽量减少并明确覆盖度低的区域,并想办法进行补救,现在利用全外显子和
panel
也能比较准确的分析拷贝数的变异,所以实验室需要有这个能力。这样的话对一些因为拷贝数变异引起的疾病也可以通过测序的方式检测到。
第四点,
实验室有重新分析之前阴性病例的政策
。比如说每隔半年利用更新的致病基因列表进行重新分析,或者进一步了解病人的临床症状以后或者病人出现了新的临床症状,再进行重新分析,或者是又有了新的家庭成员,对他们进行测序以后再进行进一步分析,这样有助于找到新的答案。
第五点,
如果在不考虑成本的情况下面,检测其他家庭成员肯定有助于发现致病基因的变异
,我也希望利用“基因检测与解读”这个平台在这里
特别呼吁
:就是我们要对每个家庭每一次流产的胎儿,或者是夭折的孩子的生物组织进行保存,我们已经见到过太多的病例家系,虽然经历多次流产,但没有留下任何患儿的生物组织,在分析下一胎的时候就有很大的限制,我们
呼吁家长要主动有这样的意识和意愿、医院要有这样的机制和流程,系统性的保存流产或夭折的病患的生物组织
。如果有这样的生物样本库要充分的利用,比如要充分利用新生儿筛查的血纸片,这些血纸片一般都能够比较好地保存下来,我们可以抽提血纸片的
DNA
进行全外显子检测或是其他特殊的基因检测,是一个非常有效的
DNA
样本库。
第六点,
第三方和临床医生的沟通非常重要
。临床医生对疾病的临床表征的分析一定要到位和全面,但实际上在绝大多数情况下还差的非常的远,要做到这一点不容易,这是一个需要不断提高的过程,需要不断的训练和积累经验,那么实验室和临床医生,如果能够互相的充分沟通、能够互相启发,在临床表现方面互相能够提示,这样的话可以慢慢的还原这个病人的比较完整的症状。这个互相促进互相提高,互相沟通是一条成功的经验,已经是一再被证明了,所以一再强调这个临床医生的沟通非常重要。不管是医院的,还是第三方临床实验室都需要建立这样的密切关系。
第七点,
变异分析是一项不断需要提高的技能
。这个提高的关键是对基因和疾病要有感觉。需要了解基因和疾病,需要认识他们,当然这里面经验起到很大的作用。举一个简单的例子,早老症基因
LMNA
最常见的致病变异
c.1824C>T/p.G608G
是一个同义变异,如果不知道,这个变异很容易被忽视。
当然数据库
和知识库也是我们做好这项工作不可缺少的资源,一方面我们要充分利用好已经有的数据库和知识库,更重要的是要建立我们中国病人自己的共享的数据库和基于中国病人的知识库,这是一项战略性的工作,需要国家和整个行业的共同努力。
第八点,
对变异的功能分析将是诊断实验室的常规部分