神器：基因分析的瑞士军刀（视频版）

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用别人的数据来挖掘出一篇自己的文章哈，关键在哪里呢？找到差异基因么？当然，找到差异基因是一个关键。但然后呢？

其实，还可以在差异基因的基础上挖掘到更多内容。比如，调控差异基因的转录因子，miRNA，甚至还有激酶，还有差异基因的GO分析，Pathway分析等等……

好了今天要讲的是一个简单好用的神器 ，主要的功能呢，就是从差异基因中，分析出我们需要的内容。先看这个具体操作视频哈：

要是嫌视频流量大的话，就看下面的截图哈。首先，我们要找到一个差异基因，随便从GEO上分析个肺癌的哈：

打开GSE86607哈，我们再通过GEO2R，把分组是分一下：

然后分析出表达差异的前250个基因，这些其实都不用我说了，用什么方法都行，我们之前也讲过了各种能分析差异基因的神器了哈。我用GEO2R就是图个方便。

然后，我们把这些基因bia到这个神器里，按照惯例，我就先不告诉你们这网站叫啥名了哈：

获得的结果，就有下面几种，第一是GO分析的，是以图表形式出现：三种GO的分类，具体在哪些位置上聚集哈：

接着的几个是转录因子的结果，以输入的这个Gene List作为靶基因，它们是不是有相同的转录因子来调控呢？这里给出的结果，就是这些差异基因对应的转录因子。

还有它们所对应的miRNA：

和它们所对应的激酶：

可以看到，所有这些基因的转录调控转录后调控和翻译后调控都可以在这里找到了。

接着就是这些蛋白的互作关系：

但这样的基因PPI互作图是不是有点太密集呢，我们可以筛选中间比较明确互作的蛋白，缩小范围：

仔细看的话呢，这里面每个Node都是一个饼图，而这些饼图颜色所代表的，其实就是这些蛋白的GO term以及Pathway之列的属性了：

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士： 是不是觉得有点懵逼呢，没事，开头我们录了一个具体的操作视频，有兴趣的话呢，可以认真看一下哈。具体的网址，回复“ 万事屋棒棒哒 ”就给你提示，请按照提示展开你的冒险之旅吧，仅限前500个认真回复的人哦。好了，今天就先策到这里吧……

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