基因大数据的可视化分析正带领生物信息学服务进入2.0时代。
《环球科学》记者 吴兰
人物概况
姓名：郑洪坤
头衔：百迈客生物科技有限公司董事长兼 CEO
生命科学与信息科学已经发生了不可割裂的融合。随着基因测序技术成本大幅下降，基因数据大量积累，生物信息学产业进入跨越式发展阶段，革新着我们的健康与医疗。
但变革最大、获益最多的，仍是科研领域。一个面向生命科学工作者的信息服务产业应运而生。作为中国最初一批生物信息学创业公司，成立于 2009 年的百迈客生物科技有限公司在这场变革中扮演了重要角色。经过八年的发展，百迈客沉淀下了丰富的科研成果与技术产品，也对生物信息学产业的未来产生了深刻的洞见。在接受《环球科学》采访时，百迈客董事长及 CEO 郑洪坤以“基因科技服务2.0时代”，定义和描绘了生物信息学产业当下的发展方向。
《环球科学》：生物信息学目前在业界有哪些应用方向，现状如何?
郑洪坤：首先尝试生物信息学新技术的是科研领域，这个市场目前相对成熟，商业模式相对清晰、需求稳定，公司比较多，对技术类型的要求会更加多样化。
第二便是与医疗检测相关的生物信 “百迈客云”挖掘数据，同时省去了搭建息学业务，包括肿瘤、遗传病的检测和用药指导，以及产前检测。这一类业务，知识积累比较完善，已经有成熟的技术，需求市场早已存在。
面向个人的生物信息学业务，更多偏向健康管理，这部分业务市场潜力较大，但相对来说，目前用户对这类服务的需求并不刚性，发展速度也相对较慢。
《环球科学》：百迈客成立已经八年， 这八年间，生物信息学行业发生了哪些变化?
郑洪坤：生物信息学是随着高通量测序技术发展起来的。百迈客成立之时是高通量测序进入稳定和快速发展的初期。当时测序成本高，数据种类和数据量少。近年来测序的成本急速下降，数据种类和数据量因此指数级增长，这是最大的变化。
成本降低为行业创造了机会。八年前，国内真正从事生物信息学的企业只有几家，现在发展到几百家，市场竞争更充分，对企业核心竞争力的要求变得更高了。百迈客因此瞄准了生物数据解读领域，以及生物云、特别是基因大数据的可视化分析，这是我们目前在国内领先的核心业务。
《环球科学》：有人提出，生物信息学服务已经进入 2.0 时代，这意味着什么?
郑洪坤：生物信息学服务的 2.0 是百迈客第一个明确提出来的。1.0与2.0的不同表现在两个方面 :第一是数据的规模，第二是数据分析的可视化程度。
1.0 阶段数据量较少，服务以人工为主，用户只能用自己的数据进行分析。发展到 2.0 阶段，科研领域可用的基因大数据大概在十几个 P 的量级。2.0时代，科研工作者不仅需要服务公司帮助解读数据，更希望自己可以进行更深入的解读 :2.0 模式的内涵，就是将生物信息工具可视化，让所有人都有能力挖掘基因大数据。我们因此搭建了一个 2.0 的生物信息学服务系统 :百迈客云。
1.0 就像 Dos，需要懂程序的人敲复杂的代码；而2.0模式提供了一个Windows界面，生命科学专业的学生就可以使用“百迈客云”挖掘数据，同时省去了搭建机房、买服务器、雇佣工程师的成本。
“百迈客云”同时也是一个数据云端，包含生物信息学公共数据库，以及百迈客客户数据库。以往研究者只能够分析自己的数据，“百迈客云”让科研工作者可以利用其他更多相关的数据，挖掘出有价值的信息。
《环球科学》：和已有的一些生物信息学工具相比，“百迈客云”的优势在哪里?
郑洪坤：之前的工具或者平台，最大的特点是单纯的工具性。生命科学研究者只知道自己的研究目的，很难理解这些工具的本质。比如他们可以找到美国国立生物技术信息中心（NCBI）的小工具，但在面对复杂的生物信息学问题时，往往不知道该以什么样的方式使用哪些。
“百迈客云”根据八年的服务经验，提炼出用户对分析工具的需求，按照一定的逻辑，把工具分类、整合展示出来。做生物信息学研究时，研究人员需要的工具不会跳出这些分类，因为这是成千上万的科学家一同思考和创新的结果，只是最后由我们开发成了产品。
“百迈客云”的模式，有两个重要特点。一是深度了解生命科学研究者的需求。很多生物信息学公司从事“主流程”这种相对标准化的开发，没有对需求进行更多归纳，用户需要自己建模块并对其进行串联，才能开展生物信息学分析，这使得服务的对象变为了生物信息从业者，而不是普通的生命科学研究者。
“百迈客云”的另一个特点，是拥有大量科研项目订单，足以验证产品是否符合研究者的需求，较快地实现功能的完善，并投入应用。
《环球科学》：“百迈客云”上现在一共有多少个生物信息学分析产品?
郑洪坤：我们从高通量测序的数据作为出发点，目前大概设计了二三十个产品，包括转录组、小RNA、环状RNA、linkRNA、外显子、目标区捕获、遗传图谱、全基因组关联分析等，涵盖了与高通量测序相关的全部主流分析。
科研人员对生物信息云产品的接受度不断上升，“百迈客云”目前已经积累了一万多名科研用户，这些用户总体的反馈比较积极，也配合我们的技术团队、生物信息团队、技术服务团队，参与到
产品的迭代优化中。基因大数据与科研服务相结合的模式，已经对生命科学研究产生了明显的支撑作用，下一步我们会继续向海外推广服务。
