热灭活处理的低病毒载量SARS-CoV-2样本会导致核酸测试假阴性
2020年5月15日
北京疾病预防控制中心、北京市预防医学研究中心、首都医科大学、中国医学科学院老年医学研究院、中国医学科学院北京协和医学院、北京医院
北京疾病预防控制中心、北京市预防医学研究中心、首都医科大学等机构的科研人员在Clinical Chemistry期刊发表题为“Potential False-Negative Nucleic Acid Testing Results for Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 from Thermal Inactivation of Samples with Low Viral Loads”的文章。
文章指出，核酸检测（NAT）在诊断和管理COVID-19患者中发挥了重要作用。在某些情况下，建议核酸检测之前，在56°C下热灭活SARS-CoV-2。但是，此程序理论上可能会破坏该单链RNA病毒的核酸完整性，并在实时聚合酶链反应（RT-PCR）测试中造成假阴性。
研究方法：研究人员调查了热灭活是否会影响病毒核酸检测的结果，检查了热灭活对SARS-CoV-2定量RT-PCR结果的影响，特别是低病毒载量样本的假阴性率，研究了不同样本类型、保存时间和化学灭活方法对核酸检测的影响。
研究结果：在热孵育后RT-PCR测试中，来自确诊COVID-19患者的标本Ct值升高。此外，在至少一次平行测试中，热灭活后约一半的弱阳性样本（15个样本中的7个，占46.7％）是RT-PCR阴性的。与热灭活相比，使用胍基裂解法保存这些样本对RT-PCR结果的影响较小，假阴性较少（15个样本中有2个，占13.3％），Ct值的增加也明显更少。
研究结论：热灭活对RT-PCR的SARS-CoV-2检测效率产生不利影响。鉴于化学灭活剂的适用性有限，需要考虑确保实验室人员得到全面保护的其他方法。
原文链接：
https://academic.oup.com/clinchem/advance-article/doi/10.1093/clinchem/hvaa091/5815979?searchresult=1
社区环境COVID-19检测中使用唾液样本的检测灵敏度低于鼻咽拭子
2020年5月17日
美国Helix公司、加州大学圣地亚哥分校等
美国Helix公司等于5月17日在medRxiv预印平台上发表题为“Saliva is less sensitive than nasopharyngeal swabs for COVID-19 detection in the community setting”的文章。文章指出，在动态环境中，使用采集的唾液检测SARS-CoV-2相比使用鼻咽拭子（NPS）检测有几大优势，包括易于自行采集和减少了个人防护设备的使用。此外，唾液样本在建议康复期患者自我隔离一段时间后是否能够复工方面也具有优势。研究人员在88名患者的前瞻性诊断队列和24名患者的康复队列中调查了唾液样本在社区环境中的实用性。在诊断性队列中，研究人员发现唾液样本的灵敏度（不到30%）比NPS低。而在康复队列中，对于距出现症状大于8天且小于21天的患者，研究人员发现唾液相对于NPS大约有50%的灵敏对。研究人员指出，这些研究结果表明，在开始使用唾液作为测试基质进行大规模筛查之前，应在目标人群中进行严格的研究。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.11.20092338v2
2020年5月16日
首都医科大学附属北京地坛医院
首都医科大学附属北京地坛医院多个科室的科研人员在Open Forum Infectious Diseases期刊发表题为“Differentiating between 2019 novel coronavirus pneumonia and influenza using a non-specific laboratory marker-based dynamic nomogram”的文章，旨在建立一个列线图来识别COVID-19。
文章指出，当前缺乏非特异性实验室指标作为定量标准，以区分COVID-19和甲型或乙型流感病毒感染。研究人员使用从中国457例患者（181例COVID-19患者和276例甲型或乙型流感患者）收集的数据建立了列线图。列线图使用年龄、淋巴细胞百分比和单核细胞计数来区分COVID-19与流感。
研究结果：列线图预测了AUROC为0.913（95％CI，0.883-0.937）的COVID-19概率，大于淋巴细胞与单核细胞的比率（0.849，95％CI，0.812-0.880；p = 0.0007）、淋巴细胞百分比（0.808，95％CI，0.768-0.843；p <0.0001）、单核细胞计数（0.780，95％CI，0.739-0.817；p <0.0001）或年龄（0.656，95％CI，0.610-0.699；p <0.0001）。根据校准曲线，预测的概率与COVID-19的实际观察结果相符。
研究结论：研究人员发现，年龄、淋巴细胞百分比和单核细胞计数是对COVID-19患者进行早期预测的危险因素。因此，该研究为医生区分COVID-19与流感提供了有用的测试。
原文链接：
https://academic.oup.com/ofid/advance-article/doi/10.1093/ofid/ofaa169/5838239?searchresult=1
体外鉴定出靶向SARS-CoV-2受体结合域的合成纳米抗体
2020年5月16日
瑞士苏黎世大学、瑞士Linkster Therapeutics AG公司、瑞士伯尔尼大学
bioRxiv预印平台于5月16日出版了瑞士苏黎世大学等机构的文章“Sybodies targeting the SARS-CoV-2 receptor-binding domain”。文章指出，SARS-CoV-2的高传播性，加上缺乏人群免疫力和普遍的严重临床结局，促使有效治疗对策的快速开发。
该文章中，研究人员报道了针对SARS-CoV-2受体结合域（RBD）的合成纳米抗体（称为sybodies抗体）的生成。在仅12个工作日的快速开发过程中，使用核糖体和噬菌体展示，从三个大型组合文库中进行了sybodies体外筛选。研究人员获得了针对分离的RBD的6个高度富集的sybody池，并确定了63个独特的抗RBD sybodies，其在全长SARS-CoV-2刺突蛋白胞外域中也相互作用。在选定的sybodies中，发现有6种以两位数的纳摩尔亲和力与病毒刺突蛋白结合，其中5种还显示出对RBD与人血管紧张素转化酶2（ACE2）的相互作用的显着抑制。此外，研究人员鉴定了一对可同时与RBD结合的抗RBD的sybodies。文章表示，可以预料的是，诸如这些sybodies之类的紧密型结合剂可能会被开发成可吸入的药物，可以用作预防COVID-19的简便方法。此外，通过将针对RBD的抗体与识别次级表位的其他小分子结合物融合，可以产生多价抗病毒药物，从而可以增强治疗潜力并防止突变。文章表示，其研究提供了已识别的sybodies的完整序列信息和详细草案，作为可免费访问的资源。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.16.045419v2
SARS-CoV-2氨基酸替换突变主要位于结构蛋白的高度保守片段中
2020年5月17日
西班牙巴塞罗那自治大学
5月17日，bioRxiv预印平台发表了题为“SARS-CoV-2 amino acid substitutions widely spread in the human population are mainly located in highly conserved segments of the structural proteins”的文章。
SARS-CoV-2大流行为研究病原体在人类种群中的引入和进化提供了一个独特的机会。本文中发现并分析了SARS-CoV-2大流行早期几个月世界范围内突出的氨基酸突变。研究团队在病毒基因组中发现了8个突变，大多位于结构蛋白的保守片段中，并且在冠状病毒内表现出较低的变异性，这表明它们可能对功能产生影响。在撰写本文时，这些突变在SARS-CoV-2病毒群体中表现出不同的成功率，从spike蛋白中的变化变得普遍存在，到核衣壳蛋白中的2个突变表现出约为25%的频率，以及基质蛋白的1个突变达到20%频率后几乎消失等。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.16.099499v1
