西湖大学人工智能研究创新中心CAIRI药物建模小组实习招聘

实验室简介：

西湖大学人工智能研究创新中心（CAIRI）是由西湖大学讲席讲授，IEEE Fellow李子青领导的人工智能实验室，专注于AI4Science交叉。目前，在分子生成，抗体设计等生物化学领域，多篇文章已经被顶会接收。

导师简介：

李子青（Stan Z. Li），西湖大学人工智能讲席教授，IEEE Fellow，曾任微软亚洲研究院lead researcher、中科院自动化所模式识别国家重点实验室资深研究员。发表论文400+篇，著作9部，Google Scholar他引71000+次、h指数143。

研究方向（1）基础算法研究：3D网络架构与3D点云生成模型；（2）AI+学科交叉应用（结构生物学，药物设计等）。

https://www.westlake.edu.cn/ffaculty/stan-zq-li.html

研究内容：

1. 生物功能分子的生成与设计，包括但不限于蛋白质/多肽/小分子等。

2. 分子的性质预测（成药性，可合成性，结合能，ADMET等）以及预训练大模型。

3. 功能分子的优化与改造。

4. 基础理论模型，包括3D图网络，生成模型，预训练与知识蒸馏等。

实习要求：

• 至少实习时间有6个月，时间较长优先考虑

• 熟练掌握pytorch深度学习框架

• 有深度学习/生物信息顶会顶刊投稿经验或科研经验

优先考虑的资格 ：

• 有3D点云 / 图神经网络 / 生成模型的顶会顶刊论文

• 有计算生物背景/分子建模的顶会顶刊论文

简历投递：

对实习感兴趣的候选人，可投递简历至：

Email: [email protected]

联系时请备注：姓名 + 岗位

近2年成果展示 ：

目前，我们组的主要博士生共四名包括：

吴立荣 / 林海涛 / 黄余飞 / 刘云帆

已在顶会顶刊上发表的相关文章包括 ：

生物分子相关：

[1] H Lin, O Zhang, H Zhao, D Jiang, L Wu, Z Liu, Y Huang, SZ Li, PPFlow: Target-aware Peptide Design with Torsional Flow Matching, ICML 2024

[2] H Lin, L Wu, H Yufei, Y Liu, O Zhang, Y Zhou, R Sun, SZ Li, GeoAB: Towards Realistic Antibody Design and Reliable Affinity Maturation, ICML 2024

[3] L Wu, Y Tian, H Lin, Y Huang, S Li, NV Chawla, SZ Li, Learning to Predict Mutation Effects of Protein-Protein Interactions by Microenvironment-aware Hierarchical Prompt Learning, ICML 2024

[4] Y Huang, O Zhang, L Wu, C Tan, H Lin, Z Gao, S Li, S Li, Re-Dock: Towards Flexible and Realistic Molecular Docking with Diffusion Bridge, ICML 2024(Spotlight)

[5] H Lin, Y Huang, H Zhang, L Wu, S Li, Z Chen, SZ Li, Functional-Group-Based Diffusion for Pocket-Specific Molecule Generation and Elaboration, Advances in Neural Information Processing Systems 2023

[6] L Wu, Y Tian, Y Huang, S Li, H Lin, NV Chawla, SZ Li, MAPE-PPI: Towards Effective and Efficient Protein-Protein Interaction Prediction via Microenvironment-Aware Protein Embedding, ICLR 2024

[7] Y Huang, S Li, L Wu, J Su, H Lin, O Zhang, Z Liu, Z Gao, J Zheng, SZ Li, Protein 3d graph structure learning for robust structure-based protein property prediction, AAAI 2024

[8] L Wu, Y Huang, C Tan, Z Gao, B Hu, H Lin, Z Liu, SZ Li, Psc-cpi: Multi-scale protein sequence-structure contrasting for efficient and generalizable compound-protein interaction prediction, AAAI2024