genewise的常见安装问题

生信百科 · 公众号 · 医学 · 2017-08-19 10:26

正文

Genewise 是用来做蛋白质序列和 DNA 序列之间的比对，软件比对过程中会考虑剪切位点信息，所以能够定义出 intron/exon 结构，同时它和 blast 的最大区别是它能够把基因的多个 exon 的链接起来，从而得到基因整体的比对情况。

Genewise 只能一次进行一条蛋白序列和一条核酸序列的比对，同等运算量的情况下，运行时间较 blast，blat，sim4 等慢，由于进行的是蛋白质水平的比对，所以敏感性比 blat，sim4等要高。

这个软件比较难得安装，折腾了好久终于整好了，我整理了两种方法，在此记一下。

常规安装步骤：

下载安装包，解压后进到src目录里，执行make all命令安装

wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gztar zxf wise2.4.1.tar.gzcd wise2.4.1cd src/make allecho "export WISECONFIGDIR=/path/to/wise2.4.1/wisecfg/" >> ~/.bashrc

按照常规步骤往往会遇到各种各样的错误，而下面这些错误就是我一一都遇到的问题，按照下面两种方法进行操作，即可安装成功，亲测可用！

方法/步骤

一、

1、首先安装glib、glib-devel两个包

用yum安装

yum install glibyum install glib-devel

有的系统yum不能直接安装那就下载这个两个包用rpm手动装

http://pan.baidu.com/s/1jGGFxKa

2、进到src目录里，执行make all命令安装

如果出现

这种错误，进到 wise-2.4.1/src/HMMer2目录里执行

sed 's/getline/getline_new/' sqio.c > a && mv a sqio.c

3、解决2步骤中的问题后，继续在src目录里执行make all安装命令

如果出现

这种错误

修改wise-2.4.1/src/models/phasemodel.c文件

将文件23行的isnumber改成isdigit

然后继续执行make all安装，一般到这里就可以安装完成了

genewise安装

二、不用安装glib库，因为这个软件比较老，使用的glib库是glib1的库，现在较新的系统都用的glib2的库，所以没有glib1，按照软件默认的makefile文件来编译就会报glib-config command not found这种错误，这时我们可以修改软件默认的makefile文件，改用glib2的库来编译，因为不止一个makefile文件，所以我们在wise-2.4.1/src/下用下面这个命令来修改

4. 修改makefile

find ./ -name makefile |xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config --libs glib-2.0/'