提及“川抗所”,时间要追溯到我国历史上一项特殊的重大经济建设战略措施“三线建设”时期。1965年,化工部遴选出十个与国防有关的重要科研机构作为三线建设项目,由沿海迁往内地,其中就包括将上海医药工业研究院抗菌素研究部分人员及设备,迁往成都,建立抗菌素研究所。
建所时,之所以取名“工业研究所”,即是强调研究所为工业开发机构,以区别于科学院、医学科学院及高等院校的纯粹的科研性质,但如何体现其特色并不容易。从科研选题、路线确定、原材料选用、工艺过程及下厂推广等各个方面,都要结合工厂的实际情况。品种开发方面,尽量避免选取纯粹理论性或基础性研究课题,难以在工厂推广的课题也要及时调整。在技术成熟和推广顺利的基础上,川抗所的科技转化率曾一度高达95%以上,有时一个科技成果支持了一个工厂的发展。如当年成都市蔬菜公司下属的一个味精厂在川抗所的协助下扩建生产了卡那霉素和丁胺卡那霉素,不久又建成分厂,成为成都市的一个主要抗菌素厂,生产的丁胺卡那霉素产量曾为全国最大,在同行中处于举足轻重的地位,可说是川抗所科研成果工业化的很好例子。
2000年7月7日,根据科技部等6部局《关于印发建设部等11个部门所属134个科研机构转制方案的通知》,川抗所转制为企业,并整体进入中国医药集团。2004年按照国家对国有大中型企业进行公司制、股份制改造的要求,集团所属二级企业改为多元持股的公司制企业,在集团总公司的部署下,川抗所与国药集团子公司国药控股有限公司又签订了合资重组改制合同,组建了四川抗菌素工业研究所有限公司。
2007年中国医药集团总公司董事会决定将川抗公司由中国医药集团总公司直接管理,并由为行业服务转向为集团服务为主,由技术转让转向技术合作,明确川抗作为集团的科技研发中心,承担服务集团工业企业、支撑集团工业发展、为集团工业输送新品种的重任,成为集团的科研开发中心、科研决策咨询中心、科研信息中心、科研人才培训中心。2013年8月15日,根据国务院国有资产监督管理委员会国资产权〔2013〕784号文件,川抗所全部国有产权自2013年3月1日起无偿划转给成都大学,自此,川抗所正式成为成都大学的一部分。