听说10分以上的杂志，NC灌水最容易？

对大部分的同学来说， 文章发在 10分以上的杂志上基本属于遥不可及的范畴了，特别是很多专业领域的顶级杂志也就5分左右。 所以，在很多单位，文章发在了10分以上的杂志上，不说在单位里面横着走，至少也是一段时间里的热点话题了。但是，很多人一听说文章发在 Nature Communication（NC）上，似乎就释然了： 原来是NC，怪不得呢！灌水杂志，谁还不能发啊！ 似乎，NC与PMOS一样，是人人可以灌水和看轻的。

今天本宫就介绍一篇发表在 NC上研究 lncRNA促进肝纤维化的 文章，大家可以看看这篇文章是不是如同某些同学说的那样水？

这篇文章是7月26刚刚发表的，研究的 是新lncRNA LFAR1通过激活TGFβ和Notch通路促进肝纤维化这一主题：

文章的通讯作者是天津医科大学的洪伟教授， 洪教授去年申请到的国自然面上项目就是研究 lncRNA LFAR1在肝纤维化中作用的：

面上项目获得资助后一年内就发了NC，又有多少人能做到呢？

下面就让我们假设我们是研究团队，一步步地分析思路。

首先，我们明确研究方向，我们是 肝胆科的大夫，肯定研究肝胆疾病，肿瘤做的人太多了， 申请基金肿瘤口挤破头 ，我们就选个肝纤维化吧（ 一、 确定疾病类型 ）。最近听了X湿兄的讲座，觉得 lncRNA相当靠谱（ 到底有多靠谱，单击文末“阅读原文”报名参加8月在北京举办的讲座 ） ，就研究下lncRNA在肝纤维化中的作用机制吧（ 二、选定研究的基因类型 ）。我们的研究是以lncRNA为目标，那么 lncRNA在肝纤维化发生的过程中产生了怎么变化？因何而变化？它的变化进而影响了什么？（ 三个问题 ） 这些问题是我们接下来的研究需要解决的问题。当然了，上述问题可以部分解决，相应的文章深度也会不同。

先说lncRNA在肝纤维化发生的过程中是如何变化的？

要研究这个，自然 需要样本，样本哪里来？来咱这看肝纤维化的又不开刀啥的，没有组织样本，咱只能研究研究老鼠了（ 三、确定研究对象 ）。肝纤维化的动物模型也是比较成熟的，注射CCl4就好了，不算太复杂。如何确定其中的变化？有钱就自己做测序，省钱就挖挖别人的测序数据，再到自己构建的动物模型中进行PCR验证，结果同样靠谱。

有了测序结果怎么筛潜在的值得研究的lncRNA？

1、表达量差异够显著；2、有潜在的生物学意义 （与肝纤维化相关的mRNA做共表达分析初步验证它们之间的表达相关性）。

到这里我们应该已经有两部分实验结果了：

1）动物模型成功构建的结果 （组织形态学和生化指标共同确定模型构建成功）；

2）lncRNA的测序（或生信分析）的结果 （热图表示差异基因以及后续的PCR验证）。

上面的结果表明这10个lncRNA在肝纤维化的过程中都挺“ 特殊 ”的，究竟该翻哪个的牌子，本宫很是纠结。于是本宫在多个组织的纤维化和非纤维化的样本中分别检测上述lncRNA的表达量，结果发现lncRNA-LFAR1在 肝纤维化中具有非常显著的组织特异性 ， 表达量高且差异显著 。所以最后，我们翻了lncRNA-LFAR1的牌子。

lncRNA-LFAR1在不同组织中的表达量

有关表达量变化的研究似乎结束了，但是看了一下文献中所描述的肝纤维化的发展过程，似乎哪里不对。

文献中说肝纤维化是由肝细胞（HC）损伤和肝星形细胞的激活（HSC）共同作用的结果，这两个细胞在肝纤维化的过程中似乎处于此消彼长的状态，而我们做的测序是组织样本的测序，并非单细胞测序，样本中各种细胞类型都有，所以说 同样的分子在不同类型的细胞中的作用机制很有可能是不同的 。

lncRNA-LFAR1在不同细胞中的表达量

此外，动物建模的过程是一个比较漫长的过程，基因的表达可能会随时间变化，lncRNA-LFAR1在这一过程中是如何变化的，也是需要我们研究的。

α-SMA and lnc-LFAR1在HSC中不同时间的表达量

要研究lncRNA-LFAR1影响了什么，我们可以设计敲减和过表达实验，以及挽救实验，结合测序进行下游信号通路的检测。不做测序的话可以直接通过文献搜索，瞄准疾病直接相关的下游通路进行检测。 结合测序的我们叫有的放矢，不做测序的我们叫盲狙 。我们通过生物信息学分析结合后续实验验证（PCR、WB）发现lncRNA-LFAR1影响了下游一大票与肝纤维化相关的基因以及激活Notch信号通路。

下游机制我们可以通过敲减过表达，检测下游基因表达变化进行研究，而上游机制我们得首先通过查阅文章了解些背景资料，筛选潜在的目标。 肝纤维化的过程中，TGFβ可以促进HSC的激活，而激活的HSC能够进一步自分泌TGFβ维持活化过程。 所以我们在设计挽救实验的时候，将TGFβ处理作为另一个实验条件， 即lncRNA-LFAR1能够挽救TGFβ诱导的HSC的活化 。 但是我们知道TGFβ不可能直接影响到lncRNA-LFAR1，中间应该还有一个牵线的家伙（转录因子） 。通过检索肝纤维化过程中差异表达的转录因子，我们发现Smad2/3是潜在目标，接下来我们就验证Smad2/3和lncRNA-LFAR1的关系，包括敲减过表达实验，CHIP实验还有荧光素酶实验，参见 寻找分子差异表达的上游机制（二） 。

其实文章机制做到这里算是可以了，不过我们运气不错，偶然间又发现 lncRNA-LFAR1还能上调Smad2/3 ，怎么调控的？ ceRNA机制？RIP实验结果表明lnc-LFAR1与AGO2没有作用关系（lnc-LFAR1没有调控相应的miRNA），说明不是ceRNA机制；免疫沉淀反应发现lnc-LFAR1与Smad2/3之间存在物理相互作用关系；ChIP实验表明lnc-LFAR1能够提高Smad2/3的启动子活性，促进Smad2/3下游基因的转录。此外我们还通过生物信息学分析结合后续验证发现也被lnc-LFAR1激活。

最后，我们把研究的关键分子： lncRNA LFAR1和TGFβ/Smad通路之间的调控关系在肝纤维化中的作用 通过一张图画出来：

TGFβ促进Smad2/3磷酸化，Smad2/3活化促进lnc-LFAR1转录，lnc-LFAR1反过来能够增强Smad2/3的启动子活性形成正反馈回路，进而激活下游Notch通路，激活HSC，促进肝细胞凋亡，导致肝纤维化。

看到这里，还有同学觉得NC杂志水么？

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