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轻松玩转转录组+翻译组关联，冲刺高分！

基迪奥生物 · 公众号 · · 2024-11-02 11:00

正文

单一的组学研究往往存在局限，让生物学故事缺少前因后果。翻译组作为中心法则中的中间桥梁，可与上下游转录组、蛋白组串联，探究翻译水平与调控机制，深化转录组分析结果，解释转录组蛋白组结果的不一致。

基迪奥国内翻译组测序服务领先，项目经验丰富。目前已完成 60+ 物种、 80+ 组织类型的翻译组测序，围绕 “翻译组+”的多组学服务模式，助力客户在不同领域斩获高分文章，平均IF 13.6 ！本期为大家盘点q3部分转录组+翻译组关联项目文章，以供各位老师思路参考，欢迎有测序意向的老师与我们联系。

一、医学

案例1

转录组+翻译组分析环状RNA编码的致癌性PIAS1变体通过调节STAT1的SUMO化与磷酸化的平衡来阻断免疫原性铁死亡

英文题目： Circular RNA-encoded oncogenic PIAS1 variant blocks immunogenic ferroptosis by modulating the balance between SUMOylation and phosphorylation of STAT1

发表期刊： Mol Cancer

发表时间： 202409

影响因子： 27.7

物种样本： 小鼠黑色素瘤肿瘤组织

公司产品： RNA-seq，Ribo-seq

DOI： 10.1186/s12943-024-02124-6

合作单位： 中国药科大学

尽管免疫检查点阻断疗法（ICB）在黑色素瘤中得到了广泛应用，但其临床反应率依然很低。circRNA在癌症进展中起着至关重要的作用，可能是限制ICB治疗效果的一个关键因素。通过RNA-seq和Ribo-seq，确定了与单次给药PD-1抑制剂相比，联合给药后下调的circRNA，从而发现了具有高蛋白质编码潜力的circPIAS1。该研究发现了一种新的黑色素瘤免疫逃避机制，该机制由黑色素瘤中circPIAS1编码的一种独特的108aa多肽驱动，它通过调节SUMO化和STAT1磷酸化之间的平衡，显著阻碍了ICB疗法引发的免疫原性铁死亡。这项工作揭示了circPIAS1-108aa是限制黑色素瘤免疫治疗效果的关键因素，并提出了一种改善ICB治疗效果的可行策略。

Fig1 CircPIAS1在黑色素瘤中高表达并促进癌症进展

案例2

转录组+翻译组分析巨噬细胞ILF3通过诱导雄性小鼠炎症失衡促进腹主动脉瘤形成

英文题目： Macrophage ILF3 promotes abdominal aortic aneurysm by inducing inflammatory imbalance in male mice

发表期刊： Nat Commun

发表时间： 202408

影响因子： 14.7

物种样本： 小鼠腹主动脉瘤

公司产品： RNA-seq，Ribo-seq

DOI： 10.1038/s41467-024-51030-4

合作单位： 山东大学齐鲁医院

炎症和抗炎反应失衡在腹主动脉瘤进展中起关键作用。ILF3作为已知先天免疫反应的调节因子，与心血管疾病相关。本研究旨在探究ILF3在腹主动脉瘤形成中的作用。结果显示，巨噬细胞ILF3缺乏减缓瘤体进展，而ILF3水平升高则加剧病变。从机制上，巨噬细胞ILF3通过加速p105 mRNA降解增强NF-κB活性，从而导致巨噬细胞炎症加剧。同时，ILF3通过促进ILF3/eIF4A1复合物增强Keap1翻译效率，抑制Keap1-Nrf2信号通路的抗炎作用。此外，Bardoxolone Methyl治疗可减轻ILF3高表达时腹主动脉瘤的严重程度。这些发现强调了巨噬细胞ILF3在腹主动脉瘤发展中的重要性，并表明它有可能成为腹主动脉瘤的治疗靶点。

Fig2 巨噬细胞ILF3影响p105mRNA稳定性和Keap1翻译效率

二、农学

案例3

eIF(iso)4E.c 基因的编辑使白菜获得对芜菁花叶病毒(TuMV)的抗性

英文题目： Editing of eIF(iso)4E.c confers resistance against Turnip mosaic virus in Brassica rapa

发表期刊： Horticultural Plant Journal

发表时间 ： 202407

影响因子： 5.7

物种样本： 白菜叶片

公司产品： RNA-seq，Ribo-seq

DOI： 10.1016/j.hpj.2024.05.001

合作单位： 北京市农林科学院蔬菜研究中心

芜菁花叶病毒（TuMV）是影响大白菜的主要病害之一。近年研究表明，植物翻译起始因子作为隐性抗病基因，在抗病过程中起着重要的作用。该研究利用进化和基因表达研究，发现 eIF(iso)4E.c 可能是一个潜在的抗TuMV基因。利用Cas9技术获得了 eIF(iso)4E.c 基因编辑突变体。通过表型观察和病毒含量评估，确认了 eIF(iso)4E.c 对TuMV具有抗性。此外，对 eIF(iso)4E.c 突变苗进行了Ribo-seq，揭示了其在应对TuMV时的翻译组景观。这项研究显示了 eIF(iso)4E.c 缺失导致了高度复杂变化的翻译机制与转录机制协同作用，共同对抗TuMV。eIF(iso)4E.c调控白菜抗TuMV机制的解析，为进一步培育抗TuMV病毒病品种提供了可靠的目标基因和指导方向。

Fig3 eIF(iso)4E.c 改变了转录和翻译水平的表达

案例4

转录组+翻译组揭示急性热应激下虹鳟鱼肝脏的翻译和转录调控

英文题目： Ribosome Profiling and RNA Sequencing Reveal Translation and Transcription Regulation under Acute Heat Stress in Rainbow Trout ( Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792 ) Liver

发表期刊： Int J Mol Sci

发表时间： 202408

影响因子 ： 4.9

物种样本： 虹鳟鱼肝脏

公司产品： RNA-seq，Ribo-seq

DOI： 10.3390/ijms25168848

合作单位： 甘肃农业大学

彩虹鳟鱼（ Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792 ）是重要的冷水鱼类，对热应激敏感。目前对彩虹鳟鱼的热应激响应主要在转录水平，翻译水平研究较少。本研究通过Ribo-seq，对彩虹鳟鱼肝脏在正常和热应激条件下的翻译调控进行了研究。RNA-seq和Ribo-seq结果显示，转录水平上的基因表达变化与翻译水平上的变化呈中度相关，共1213个基因在翻译水平上显著改变。809个基因在翻译效率（TE）方面表现出显著差异，受GC含量、编码序列长度和上游开放阅读框（uORF）等因素的影响。此外，在2676个基因中鉴定出3468个潜在uORF，可能会影响主要开放阅读框的TE。该研究首次使用Ribo-seq和RNA-seq揭示鱼类在热应激下转录和翻译的协调调控，为鱼类热应激响应研究提供了新的数据和理论见解。

Fig4 热应激诱导的转录和翻译反应

案例5

转录组+翻译组分析揭示了lncRNA-GRN通过miR-103-3p/FBXW7轴和编码肽调节鸡卵泡闭锁的作用机制

英文题目：

轻松玩转转录组+翻译组关联，冲刺高分！

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