转录调控
作为最基础且复杂的生物学研究之一，基因与上游表观系统和下游翻译、代谢系统都密切关联。围绕转录调控多组学研究，
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CircCDC42编码的CDC42-165aa通过Pyrin炎性小体激活调节肺炎克雷伯菌感染中的巨噬细胞焦亡
英文题目：
CircCDC42-encoded CDC42-165aa regulates macrophage pyroptosis in
Klebsiella pneumoniae
infection through Pyrin inflammasome activation
发表期刊：
J Nat Commun
发表时间：
202407
影响因子：
14.7
物种样本：
小鼠肺泡巨噬细胞
公司产品：
circRNA
DOI：
10.1038/s41467-024-50154-x
合作单位：
江苏师范大学
环状RNA（circRNA）家族是一组内源性非编码RNA（ncRNA），在多种生理和病理过程中发挥着关键作用，包括炎症、癌症和心血管疾病。然而，它们在调节先天免疫反应中的作用尚不清楚。该研究定义了由circRNA circCDC42编码的蛋白质CDC42-165aa，该蛋白质在肺炎克雷伯菌（KP）感染的肺泡巨噬细胞中过表达。高水平的CDC42-165aa会诱导Pyrin炎症小体过度激活，加剧肺泡巨噬细胞焦亡，而抑制CDC42-165aa可以通过抑制Pyrin炎症小体介导的焦亡来减轻KP感染后小鼠的肺损伤。总而言之，这些结果表明CDC42-165aa通过抑制CDC42 GTPase激活来刺激Pyrin炎症小体，并为临床实践中的病原菌感染提供了潜在的临床靶点。
Fig1 circCDC42是一种潜在的编码circRNA，在KP感染后在MH-S中过表达
iPSC-MSCs
来源的外泌体miR-9-5p通过抑制心肌细胞衰老改善阿霉素诱导的心肌病
英文题目：
Exosomal miR-9-5p derived from iPSC-MSCs ameliorates doxorubicin-induced cardiomyopathy by inhibiting cardiomyocyte senescence
发表期刊：
J Nanobiotechnology
.
发表时间：
202404
影响因子：
10.6
物种样本：
小鼠干细胞外泌体
公司产品
：
miRNA
DOI：
10.1186/s12951-024-02421-8
合作单位：
南方医科大学
阿霉素（DOX）是一种广泛用于肿瘤治疗的化疗药物。尽管如此，其临床应用受到其心脏毒性的严重限制。越来越多证据表明，间充质干细胞衍生的外泌体（MSC-EXO）移植可以预防 Dox诱导的心肌病（DIC）。本研究旨在检验从人诱导多能干细胞衍生的MSC（iPSC-MSCs）中分离的EXOs对DIC的心脏保护作用，并探讨其潜在机制。研究结果表明，iPSC-MSC-EXOs转移的miR-9-5p通过抑制VPO1/ERK通路来减轻心肌细胞衰老，从而防止DIC。该研究为iPSC-MSC-EXOs作为DIC治疗的新型治疗策略的应用提供了新的见解。
Fig2 miR-9-5p是iPSC-MSC-EXOs减弱DOX诱导的心肌细胞衰老的候选效应子
由耐受性树突状细胞衍生的免疫抑制微泡模拟物靶向T淋巴细胞用于炎症疾病治疗
英文题目：
Immunosuppressive microvesicles-mimetic derived from tolerant dendritic cells to target T-lymphocytes for inflammation diseases therapy
发表期刊：
J Nanobiotechnology
.
发表时间：
202404
影响因子：
10.6
物种样本：
小鼠MVM细胞
公司产品：
miRNA
DOI：
10.1186/s12951-024-02470-z
合作单位：
温州医科大学
在免疫疗法中利用细胞外囊泡（EV），旨在抑制导致炎症的外周免疫细胞。然而，由于EV的靶向能力不足，临床应用面临挑战。此外大部分循环的EV会被肝脏清除，导致全身给药后生物半衰期短。该研究开发了一种免疫抑制微泡模拟物（MVM），MVM继承了DC表面蛋白以归巢至脾脏，且αCD3抗体的结合使其能特异性靶向T细胞。MVM携带的生物活性物质能显著促进调节性T细胞（Treg）的诱导和抗炎M2巨噬细胞的极化，其机制涉及miR-155-3p的上调。在败血症和类风湿性关节炎模型中，MVM通过改善Treg和M2巨噬细胞诱导全身和局部免疫抑制。这些发现为控制感染或组织损伤的炎症反应提供了一种有前途的无细胞策略，有助于维持免疫稳态。
Fig3 MVMchDC通过上调miR-155-3p促进Treg的比例
富含peu-MIR2916-P3的大蒜外泌体通过重塑肠道微生物群，特别是通过增加抗结肠炎的
拟杆菌，来改善小鼠结肠炎
英文题目：
peu-MIR2916-p3-enriched garlic exosomes ameliorate murine colitis by reshaping gut microbiota, especially by boosting the anti-colitic
Bacteroides thetaiotaomicron
发表期刊：
Pharmacol Res
发表时间：
202402
影响因子：
9.1
物种样本：
小鼠肠道微生物
公司产品：
16S、miRNA
DOI：
10.1016/j.phrs.2024.107071
合作单位：
陕西师范大学
植物源性外泌体样纳米颗粒（ELN）在口服结肠疾病治疗中受到广泛关注，然而来自大蒜的ELN对结肠炎的作用仍不清楚。该研究表明，大蒜ELN（GELN）具有理想的粒径并运输大量功能性蛋白质和microRNA，可在肠道中稳定存在并预防溃疡性结肠炎（UC）。在DSS诱导的结肠炎小鼠中，口服GELNs有效改善血性腹泻，使促炎细胞因子的产生，并防止结肠屏障受损。从机制上讲，GELNs被肠道微生物吸收并重塑DSS诱导的肠道微生物群失调，其中拟杆菌属是GELNs处理后的主要响应属。富含GELEN的peu-MIR2916-p3特异性促进了
Bacteroides thetaiotaomicron
（一种对结肠炎有缓解作用的肠道共生细菌）生长。该研究结果为GELNs的药用应用提供了新的见解，并强调了它们作为预防和治疗UC的天然纳米治疗剂的潜力。
Fig4 基于蛋白质和miRNA的GELN功能分析
整合miRNA、转录组和降解组分析，探索芍药花药瓣化中的miRNA-靶标模块
英文题目：
Exploring miRNA-target modules in
Paeonia lactiflora
stamen petalization through integrated miRNAome, transcriptome, and degradome analysis
发表期刊：
Industrial Crops and Products
发表时间：
202409
影响因子：
5.9
物种样本：
芍药
公司产品：
miRNA，降解组
DOI：
10.1016/j.indcrop.2024.118662
合作单位：
北京林业大学
MicroRNA（miRNAs）在花器官的转录后调控中起着关键作用。芍药（
Paeonia lactiflora Pall
.）是一种具有观赏、药用和油用价值的珍贵草本植物。该研究使用关键期花芽检查了芍药雄蕊花瓣化的转录后调控。通过高通量小RNA测序，构建 miRNA 表达谱。利用此图谱鉴定了10个已知、334个保守和255个新miRNAs，其中155、151和44个在三个发育阶段（雄蕊原基、部分瓣化的雄蕊原基和完全瓣化的雄蕊原基）差异表达。降解组分析鉴定了55个miRNAs和127个潜在靶基因。miRNA 靶点网络表明，miR172-P
lRAP2
、miR160-
PlARF
、miR396-
PlGRF
、miR319-
PlTCP4
和miR384\394-
PlFBOX
模块是芍药雄蕊瓣化的关键调控因子。通过在烟草中的瞬时表达验证了miR319和
PlTCP4
在芍药花发育过程中的调控。这项研究提供了对miRNA介导的芍药瓣化雄蕊形成的调控见解，并细化了这一过程中关键阶段的转录后网络。
Fig5 miRNA-靶基因关系
辣椒疫霉新型microRNA pcamiR1调控病原菌孢子囊发育的分子机制
英文题目：
A novel and ubiquitous miRNA-involved regulatory module ensures precise phosphorylation of RNA polymerase II and proper transcription
发表期刊：
PLoS Pathog
发表时间：
202404
影响因子：
5.5
物种样本：
辣椒疫霉
公司产品：
RNA-seq，ChIP-seq
DOI：
10.1371/journal.ppat.1012138
合作单位：
中国农业大学
该研究发现了一个在辣椒疫霉孢子囊阶段特异性表达的新型DCL1依赖性microRNA pcamiR1，通过沉默PcCDK7来精确调控RNA 聚合酶 II（RNPII）羧基末端结构域（CTD）的磷酸化水平，以确保RNPII在染色体上的正确定位和基因转录的正常进行；研究揭示了pcamiR1-CDK7-RNPII模块调控疫霉菌转录谱变化和孢子囊发育的分子机制。以上结果为疫霉菌功能性小RNA的挖掘以及pcamiR1作为潜在的药物分子靶标提供了理论基础，为其他物种中转录调控相关机制的研究提供了重要参考。
Fig6 RNPII的磷酸化状态决定了其染色体占据并诱导不同的转录组
