一 PAUP*简介
PAUP* 全称Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods) 是美国佛罗里达大学的David Swofford 博士编写的，是用最大简约法建立进化树最重要的软件，同时与ModelTest 软件一起，是进化模型筛选等的必备软件，也可以进行如极大似然法建树及其他分析。在同类软件中，几乎拥有最快的运行速度，性能卓越。PAIP*能在MacOS， Windows，Unix等平台上运行。目前最新版本为paup4a156
其网址为：http://people.sc.fsu.edu/~dswofford/paup_test/
基本 指令 （如下图 1）
filenameExecute (or exe) filename----->导入比对好的序列文件（ .nex）格式
Cleartrees-----> 清除所有生成的树Quit-----> 退出 PAUP
？------->显示所有命令
基本 的建树步骤： exe(导入文件 )>outgroup（设置外类群或不）>set criterion （设置建树类型 ML or MP DistanceML or MP DistanceML or MP Distance ML or MP DistanceML or MP Distance）>lset (pset/set)（建树参数设置 ）>hsearch（建树策略设置 ）>bootstrap （计算设置 ）>savetrees（保存设置 ）
（一）ML 树(步骤)：
1，exe filename.nex 打开要分析文件
2，cstatus; tstatus 检查文件当前的设置状态
3，outgroup name 指定树的外类群为根（可选择，也可以做无根树后期在其他看
树软件中设置）
4，set criterion=likelihood 设置建树标准为 ML
5，lset参数设置需要先寻找合适的模型及参数，可以用 ModelTest or JModelTest 先对序列进行模型选择 ，再参照选择的 合适模型参数 进行此项设置(见后文 JModelTest 使用说明)：
LestNST=1/2/6 (1-所有模型的替代速率一致；2-默认设置；6-根据选择出的模型 进行多个参数设置)。若设置 NST=6，则继续如下参数设置：
Lestrmatrix=(rAC rAG rAT rCG rCT)---选择的模型中得到的相对应碱基替代速率 值，没有则无需设置
Lsetbasefreq=(frqA frqC frqG) ----选择的模型中计算出的 A,C,G 碱基的频率
Lset rates=gamma/equal---gamma 表示模型+G；equal 或不设置表示平衡（无+G+I） 若设置 rates=gamma，则需要设置 shape=value----数值表示模型的gamma 分布 Lsetpinvar=value---设置数值表示位点不接受替代速率的比率，由选择模型得到， 不设置表示默认为 0
以上可以一并设置，如：
Lsetnst=6 rmatrix=(value) basefreq=(value) rates=gamma shape=value pinvar=value 6，hsearch 参数用来设置和寻找合适的建树策略
Hsearch start=stepwise/NJ-----选择第一个树的策略（stepwise 默认，NJ-NJ 树）；
Addseq=simple/random-----simple单一的，默认设置；random 随机
Nreps=value------随机（random）次数 Rseed=value-----设置随机种子数
Swap=TBR/SPR/NNI/NONE------树枝搜寻策略，常用 TBR 7, bootstrap nreps=value brlens=yes
search=heuristic/nj/UPGMA/faststep/bandBtreefile=name------设置使用 bootstrap 建树的相关参数
8，savetreesfile=name.tre format=nexus/phylip/…(可选设置) root=yes brlens=yes savebootp=brlensfrom=value to=value-----保存从第几个到第几个树，包括根，枝长及 bootstrap
9， pscorestreelist(all/number-number)/ci=yes ri=yes rc=yeshi=yes KHtest=yes-----设置计算所有（all）或者（eg.,11-50 第11 到第 50 个树）的一致性（CI），维持 力（RI），调节一致性（RC），同源性（HI）检测以及对树的拓扑结构进行相似 性（KHtest, K ishino-Hasegawa test; KHtest 不适合检测ML 树）检测（此项更多 用在 MP 方法建树分析中）。
10，contree all/percentvalue（合并计算%value 的树）或者 contree all/strict=yes（计 算一个严格一致树）semistrict=yes（半严格一致树）
11，showtrees 或者 savetrees from=value to=value-----显示树或保存树
12，Quit 回车，退出
PAUP
（二）MP 树
1，exefilename.nex 打开要分析文件
2，cstatus; tstatus 检查文件当前的设置状态
3，outgroup name 指定树的外类群为根（可选择，也可以做无根树后期在其他看 树软件中设置）
4，set criterion=parsimony 设置建树标准为 MP
5，pset gapmode=missing/indel/newstate----定义空位，缺失（missing）或空位（indel） 或第五位点（newstate）-----只能针对 MP 树设置！
6，psetancstates=name-----设置祖先个体（与 outgroup 类似）
7，hsearch start=stepwise/NJaddseq=simple/random nreps=value rseed=value swap=tbr/spr/nni/none-----设置 HSEARCH 参数寻找合适的建树策略
8，bootstrap nreps=value brlens=yes
search=heuristic/nj/UPGMA/faststep/bandB treefile=name------ 设 置 使 用
bootstrap 建树的相关参数
9， savetrees file=name.tre root=yes brlens=yes savebootp=brlens from=value to=value-----保存从第几个到第几个树，包括根，枝长及 bootstrap
10，pscorestreelist(all/number-number)/ci=yes ri=yes rc=yes hi=yes KHtest=yes------ 设置计算所有（all）或者（eg.,11-50 第 11 到第 50 个树）的一致性（CI），维持 力（RI），调节一致性（RC），同源性（HI）检测以及对树的拓扑结构进行相似性（KHtest, Kishino-Hasegawa test）检测。
11，contree all/percent value（合并计算%value的树）或者 contree all/strict=yes（计 算一个严格一致树）semistrict=yes（半严格一致树）
12，showtrees 或者 savetrees from=value to=value-----
显示树或保存树
13，Quit 回车，退出 PAUP
（三）NJ 和 UPGMA 树
1，1，exe filename.nex 打开要分析文件
2，cstatus; tstatus 检查文件当前的设置状态
3，outgroup name 指定树的外类群为根（可选择，也可以做无根树后期在其他看树软件中设置）
4，set criterion=distance 设置建树标准为距离
5，dset 采用距离构建树的参数设置：
Dset distance=user/total/mean/abs/jc/P/f81/tajnei/k2p/f84/hky85/k3p/…-------定义距 离模型，常用K2P/P/HKY85/JC
Rates=equal/gamma----替 代 速 率 ， 默 认 equal ；若 rates=gamma,则需 设置
shape=value pinvar=value（设置参数与 ML 树构建中的模型筛选一样）
6，showdist-------显示距离矩阵； savedist file=nameformat=tabtext/nexus/phylip/onecolumn triangle=lower/upper/both----保存距离文件, 格式及上三角，下三角或矩形格式；
7， NJ （or upgma）brlens=yes showtree=yes treefile=name.tre -------NJ 法(或 UPGMA 法)查找所有的树
8，dset objective=me/lsfit-------设置距离树的构建标准，默认 ME（最小进化树）或 lsfit（最小平方树）；若设置 objective=lsfit, 则需要 power=2（默认） 9，hsearchnreps=value rseed=value swap=tbr/spr/nni/none-----设置 HSEARCH 参数 寻找合适的建树策略
10，bootstrap nreps=value brlens=yes search=heuristic/nj/UPGMA/faststep/bandBtreefile=name------设置使用 bootstrap 建树
11 ， savetreesfile=name.tre root=yes brlens=yessavebootp=brlens from=value to=value-----保存从第几个到第几个树，包括根，枝长及 bootstrap
12，contree all/percentvalue（合并计算%value 的树）或者 contree all/strict=yes（计 算一个严格一致树）semistrict=yes（半严格一致树）
13，showtrees 或者 savetrees from=value to=value-----显示树或保存树
*：使用 MP,ML 和 distance 构建的树保存为.tre 格式都可以用 treeview 等分析树 的软件打开
14，Quit 回车，退出 PAUP
（四）不同类型数据的兼并性检测（ILD test）-----partition homogeneity test
此检测用于检测不同类型数据能够一起合并分析
1， 将需要分析的数据先进行合并，头尾相连后比对，保存为 NEXUS 格式文件
2， Exe filename.nex-------导入文件
3， Charpartition filename=name:start-end,name:start-. -------按序列长度设置不同 数据的分割位置（e.g.,charpartition myfile=AH:1-400,ycf1=401-.; 最后的*. *表示 到最后一个字符，也可以写完整的最后一个字符的位置）
4， Cstatus or tstatus-----查看数据状态
5， Set criterion=parsimony-------设置检测标准为 parsimony
6， Hsearch swap=tbr------设置搜索标准为 TBR
7， Hompartpartition=filename nreps=value------设置检测参数进行检测，最后的 结果P 值不显著表明两个标记不存在显著的冲突，可以合并进行分析（如下图 2）
图2
8， Quit 回车，退出
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