最近大家一定在熬夜，都在忙着写国自然或者Paper，有的是给自己写的，有的是帮老公的，有的是帮老板的，有的是帮老板娘的，还有的是帮未来女朋友的，就是不知道有没有帮未来丈母娘写的？可谓想尽办法，绞尽脑汁。
我们之前谈到过lncRNA课题设计的时候要把lncRNA的组织表达情况、发文数量的多寡、预后分析(疾病)、能解决的临床问题、胞内定位、机制预测(生信)、上下游表达相关性等，这些确定清楚。
（1）一篇本能早点发6分的lncRNA文章
看完之后我能明白一个想要早点毕业的学生被老板压着发一篇10分的文章的心情
标题：The interaction of lncRNA EZR-AS1 with SMYD3maintains overexpression of EZR in ESCC cells
单位：汕头大学医学院
疾病：食管癌
猪脚：哥哥EZR-AS、弟弟EZR
故事梗概：曾经有一个来自于埃兹蛋白-根蛋白-膜突蛋白 (ERM)家族的基因叫做EZR，其在食管癌中比较活跃。EZR的双胞胎哥哥，反义非编码RNA EZR-AS其和弟弟EZR的表达呈现表达正相关，而且当哥哥EZR-AS活跃的时候，弟弟EZR也特别活跃，食管癌细胞的增殖和转移增强。那么哥哥是如何帮助弟弟助纣为虐的呢？
机制研究发现，EZR-AS通过序列上的互补性，潜伏在EZR启动子区，招募RNA聚合酶2促进EZR的转录，促进EZR的转录。（画外音，说到这里，作者其实可以发发毕业了，但是老板没同意！）
好吧，作者又继续熬夜做实验，发现在EZR启动子区域EZR-AS还可以招募SMYD3(组蛋白甲基转移酶)对EZR区域的组蛋白进行甲基化修饰，促进该区域的染色质解链。
也就是说EZR-AS通过两种分子机制促进EZR的转录，促进食管癌的发生。
（好了，留校任教、开会表彰、衣锦还乡！）
机制路线图
和该文章相关的基金情况
| 项目号 | 项目名称 | 单位 | 起始时间 |
| H1617 | 食管癌功能基因ezrin增强子元件、激活蛋白及其信号通路 | 汕头大学 | 201201 |
| H1602 | LOXL2新剪接亚型促进食管癌细胞分裂增殖分子作用机制研究 | 汕头大学 | 201501 |
（2）讲讲lncRNA和RBP蛋白
大家也都知道任何事物都是符合28原则的，什么是28原则？例如20%炒股者赚的钱是80%的炒股者亏的钱，20%实验状态很好80%状态不佳，于是80%的实验都是阴性的，你只有20%的概率能够早睡的，老板80%的话都是废话，国自然只有20%的人能拿到，你最近有80%的概率会看小张聊科研的文章（阴险脸）。
那么lncRNA和RBP蛋白互作的文章多不多呢？基金多不多呢？咱们来看看421项lncRNA项目中ceRNA有多少？100项左右（23%），而RBP蛋白项目只有10项左右，Pubmed中一年也就10篇左右lncRNA-RBP的文章。
课题名称 | 单位 | 类别 |
E3泛素连接酶相关非编码RNA调控ERK1/2泛素化促进去势抵抗性前列腺癌的机制研究 | 上海交通大学 | 面上 |
长链非编码RNA PCAT1通过调节FKBP51蛋白复合体介导去势抵抗性前列腺癌进展的分子机制 | 天津医科大学 | 面上 |
长链非编码RNA LINC01996 同时维持PTEN的蛋白活性和稳定性从而抑制肺癌发生发展的作用与机制研究 | 中山大学 | 面上 |
DOT1L结合的lncRNA介导自噬通路在小儿MLL-r白血病融合蛋白降解中的作用 | 中山大学 | 面上 |
LncRNA AP000320.6绑定PTEN蛋白抑制C-MET去磷酸化促进胃癌恶性进程机制研究 | 东南大学 | 面上 |
lncRNA AP001605募集DNA甲基转移酶影响损伤的粥样硬化动脉再内皮化的机制研究 | 中山大学 | 青年 |
长链非编码RNA Linc504928参与KRT19磷酸化促进肝癌增殖的机制研究 | 南京医科大学 | 青年 |
长链非编码RNA-MEG3同时吸附微小RNA-376a和RNA结合蛋白YBX1调节卵巢癌微血管生成的分子机制研究 | 第四军医大学 | 青年 |
长链非编码RNA Linc504928参与KRT19磷酸化促进肝癌增殖的机制研究 | 南京医科大学 | 青年 |
lncRNA和RBP蛋白互作都有何种作用呢？ 大家都知道lncRNA可以结合RBP蛋白，这些RBP蛋白呢可以是转录因子、磷酸激酶、泛素化酶、组蛋白等，这样讲故事不会显得像ceRNA那样俗套。
①lncRNA对蛋白质进行表观遗传修饰等；
②蛋白质影响lncRNA的降解速度；
③蛋白质介导了lncRNA的胞内定位；
④lncRNA介导了蛋白质的核内定位；
⑤lncRNA影响蛋白质的三维结构；
（3）lncRNA-RBP蛋白互作预测的方法
有同学问有没有数据库可以预测lncRNA和RBP互作的？有！但是这样非个性化预测出来的，你愿意再花一大笔钱真的去验证一下吗？风险很高！师兄建议ceRNA大家数据库预测一下也就一下还是容易做出来的，但是lncRNA和蛋白之间还是寻求个性化的分析好了，具体来讲就是通过实验挖掘RIP、iCLIP、PAR-CLIP ，贵是贵了点，但是数据是比较可靠的，因为毕竟要发5分以上的文章，有时候省钱反而是在浪费经费和时间，不花钱就能发高分文章，想想也不太合理啊。
推荐几篇预测lncRNA-RBP的算法，早晚会排上用场的。
①RIP实验经典protocol
②lncRNA-RBP的算法文章
LPI-ETSLP: LncRNA-protein interactions prediction using Eigenvalue Transformation-based Semi-supervised Link Prediction
Fusing multiple protein-protein similarity networks to effectively predict lncRNA-protein interactions
生信是一门计算机学科，这些算法也只有依凡和怪阿姨才能看得懂吧。
词汇推荐
“ill-defined”
regulates EZR gene transcription, but the molecular mechanisms of epigenetic regulation remain ill-defined.
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参考文献：
The interaction of lncRNA EZR-AS1 with SMYD3 maintains overexpression of EZR in ESCC cells
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