Open Babel编译安装

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-07-05 22:48

正文

Open Babel是一个非常优秀的支持多种分子格式的开源软件，同时可以进行2D 3D格式的转换，也可以编写脚本。编译安装方法如下：

官方教程：点我查看
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解压缩：

tar zxf openbabel-2.3.2.tar.gz 

# (this creates openbabel-2.3.2)

mkdir build

cmake构建软件：

cd build

cmake ../openbabel-2.3.2

如果你需要特别的设置，则需要 -D
来进行设置， -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=~/Tools -D CMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG 两个设置一个设置目录，一个设置类型，自我感觉没有必要使用

make /make -j ｛num｝   

# ｛num｝表示要使用多少核，例如 make -j4  表示四核make install

在cmake时可以参与更多设置：
设置GUI： -DBUILD_GUI=ON linux GUI是wxWidgets制作的，所以你的python必须安装了wxWidgets ，个人觉得linux你都回了就没有必要使用GUI了
语言编译：例如 python -D PYTHON_BINDINGS=ON
然后再设置python的环境变量： export PYTHONPATH=/usr/local/lib:$PYTHONPATH
其中PYTHON可以替换成你的语言类型：PYTHON, CSHARP, PERL, JAVA 或 RUBY，如果都想安装，可以将PYTHON 替换为ALL